基于变动窗口和移动序列的基因识别算法

发布时间：2019-02-25 09:29

【摘要】：采用信号处理技术来识别DNA碱基序列中的基因片段的方法,已经成为一种重要的基因识别途径,重新编码的DNA序列存在大量噪声信息,使得目前很多识别算法无法准确的识别外显子片段的起始位置。本研究通过对"固定长度滑动窗口-频谱曲线法"和"移动序列-信噪比法"的实现与改进,提出了一种基于变动窗口和移动序列的基因识别算法。首先,对已有基因识别算法进行编程实现;采用小波分析对识别结果进行消噪处理;探讨识别最优固定长度M的选择,提出基于变动窗口和移动序列的基因预测模型,并编程实现。最后使用该模型对已有基因序列进行识别,其识别准确度达到77.57%。
[Abstract]:The method for identifying the gene segment in the DNA base sequence by adopting the signal processing technology has become an important gene recognition way, and the re-encoded DNA sequence has a large amount of noise information, so that the present many identification algorithms can not accurately identify the starting position of the exon fragments. Through the realization and improvement of the "fixed-length sliding window-spectrum curve method" and the "mobile sequence-to-noise ratio method", a genetic identification algorithm based on the change window and the moving sequence is proposed. First, the existing gene recognition algorithm is programmed and realized; the recognition result is de-noising by using the small wave analysis; the selection of the optimal fixed length M is discussed, and a gene prediction model based on the change window and the moving sequence is proposed, and the realization is realized. Finally, this model was used to identify the existing gene sequence, and the recognition accuracy was 77. 57%.
【作者单位】： 首都师范大学资源环境与旅游学院;首都师范大学生命科学学院;
【基金】：国家自然科学基金项目(41171335)资助
【分类号】：Q811.4

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本文编号：2430033