嗜线虫致病杆菌属Pir毒素基因克隆和生物信息学分析

发布时间：2019-03-15 22:18

【摘要】：采用基因组DNA提取法和目的基因PCR扩增对嗜线虫致病杆菌(Xenorhabdus nematophila)HB310(Xn HB310)菌株中的pirA和pirB基因进行克隆及生物信息学分析。结果表明,pirA全长408 bp,pirB全长1 290 bp;其蛋白PirA分子量为14.9 kDa,含135个氨基酸,PirB分子量为48.2 kDa,含429个氨基酸;二级结构分析表明PirA无α-螺旋,含12个β折叠,PirB含8个α螺旋和12个β折叠;亚细胞定位表明PirA和PirB主要分布在细胞核;PirA不含跨膜结构域和信号肽,PirB含有跨膜结构域和凝集素结构域,不含信号肽。
[Abstract]:The pirA and pirB genes of (Xenorhabdus nematophila) HB310 (Xn HB310) were cloned and analyzed by genomic DNA extraction and PCR amplification. The results showed that the molecular weight of the protein PirA was 14.9 kDa, and the molecular weight of PirB was 48.2 kDa, and 429 amino acids, respectively. The total length of pirA 408 bp,pirB was 1 290 bp;, and the molecular weight of PirB was 14.9 kDa,. The secondary structure analysis showed that there were no 伪-helix in PirA, 12 尾-folds in PirB, 8 伪-helix and 12 尾-fold in PirB, subcellular localization showed that PirA and PirB were mainly distributed in nucleus. PirA contains no transmembrane domain and signal peptide, while PirB contains transmembrane domain and lectin domain, and does not contain signal peptide.
【作者单位】： 河北农业大学植物保护学院;河北省承德市滦平国有林场管理处;
【基金】：河北省自然科学基金(C2016204107) 河北省现代农业产业技术体系棉花创新团队(HBCT2013030201)
【分类号】：S476

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本文编号：2441032