基于线粒体16S rDNA基因序列沼虾属的系统发育研究

发布时间：2019-06-14 22:35

【摘要】：为了解沼虾属Macrobrachium各种间的系统发育关系,本文通过PCR方法扩增罗氏沼虾M.rosenbergii线粒体16SrDNA基因片段,并测序。通过比对发现,511个位点中,可变位点178个,简约信息位点162个。在优化的模型中,碱基频率为ηA=0.306 3,ηC=0.065 7,ηG=0.204 6,ηT=0.423 3;替代矩阵为[A-C]=0.042 7,[A-G]=0.248 59,[A-T]=0.028 4,[C-G]=0.032 9,[C-T]=0.629 0,[G-T]=0.018 4;不变位点的比例为0.428 7,变异位点的Gamma参数为0.429 8。在所有物种中,发现转换值高于颠换值,16S基因的转换和颠换未达到饱和。利用贝叶斯法构建了Bayes树,长臂虾属Palaemon与其他沼虾属构成了显著的并系类群。所有的物种聚成3个大的分支,其中马来亚沼虾M.malayanum构成一个大分支,真沼虾M.carcinus、美洲沼虾M.americanum和非洲沼虾M.vollenhovenii构成另一个大的分支,其余32个沼虾品种构成第三大分支。而罗氏沼虾与大和沼虾M.japonicum、南方沼虾M.meridionalis、细额沼虾M.gracilirostre、嘉罗沼虾M.jaroense、霍氏沼虾M.horstii、热带沼虾M.placidulum、拟鳞指沼虾M.lepidactyloides、贪食沼虾M.lar、宽掌沼虾M.latimanus、俄亥俄沼虾M.ohione形成一个群集。
[Abstract]:In order to understand the phylogenetic relationship between the genus Macrobrachium, the M.rosenbergii mtDNA 16SrDNA gene fragment was amplified by PCR and sequenced. Among the 511 loci, 178 were variable loci and 162 were minimized information sites. In the optimized model, the base frequency is 畏 A 鈮，

本文编号：2499751