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香蕉全基因组NBS抗病基因密码子使用偏好性分析

发布时间:2019-10-10 18:20
【摘要】:为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助Codon W等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G+C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。
【作者单位】: 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室;广西农业科学院;
【基金】:广西八桂学者专项资金项目([2013]3号) 广西自然科学基金重点项目(2015GXNSFDA139014) 广西农科院科技发展基金(桂农科2015JM28)共同资助
【分类号】:S668.1;Q943.2

【参考文献】

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【共引文献】

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本文编号:2547276

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