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斑马鱼IRF11基因的鉴定、亚细胞定位及表达特征

发布时间:2019-11-16 14:05
【摘要】:早期的研究表明IRF11是鱼类特有的IRF家族成员。查询最近解析的斑马鱼第九版基因组时,发现斑马鱼IRF1和IRF11命名出现了混乱。通过对脊椎动物IRF1和IRF11基因位点进行同线型分析表明,IRF11与IRF1是两个不同的基因,不宜命名为IRF1b和IRF1a。系统进化树分析发现,在脊椎动物中IRF11基因比IRF1起源更早;两栖类以后的脊椎动物基因组只有IRF1,没有IRF11,其中原因可能是因为基因丢失。斑马鱼IRF11与脊椎动物IRF1一样,其表达蛋白定位在细胞核中。缺失分析揭示斑马鱼IRF11的DBD有一个能引导蛋白定位进入细胞核的序列。表达分析发现poly(I:C)能诱导斑马鱼IRF11的表达,但其表达水平低于IRF1。
【图文】:

基因位点,物种,大西洋鳕,剑尾鱼


图1不同物种IRF1(A)和IRF11(B)基因位点的同线型分析Fig.1SyntenyanalysisofIRF1(A)andIRF11(B)genelocusfromdifferentspecies查询3种哺乳动物(人、小鼠、狗),1种鸟类(鸡),1种爬行类(安乐蜥)以及12种鱼类(斑马鱼、亚马逊花溕、墨西哥丽脂鲤、矛尾鱼、大西洋鳕、红鳍东方豚、青溕、眼斑雀鳝、三刺鱼、绿河豚、罗非鱼、花斑剑尾鱼)的基因组,分析IRF1(A)和IRF11(B)基因及其上下游基因的组成。由于缺少上下游基因信息,花斑剑尾鱼IRF1、大西洋鳕和罗非鱼IRF11所在基因组片段在图1A和图1B中没有显示BysearchingthegenomedatafromhumanH.sapiens,mouseM.musculus,dogC.familiaris,chickenG.gallus,anoleLizardA.carolinensis,zebrafishD.rerio,amazonmollyP.Formosa,cavefishA.mexicanus,CoelacanthL.chalumnae,codG.morhua,fuguT.rubripes,medakaO.latipes,spottedgarL.oculatus,sticklebackG.aculeatus,tetraodonT.nigroviridis,tilapiaO.niloticus,andplatfishX.maculates,thearrangementofgenesupstreamanddownstreamofIRF1andIRF11wereanalyzed.IRF1ofplatfish(scaffoldJH559106.1)andIRF11sofcod(GeneScaffold_3537)andtilapia(scaffoldGL831287.1)werenotincludedinFig.1AorFig.1Bduetolackofdownstreamorupstreamgenesinthecurrentgenomedata4水生生物学报41卷

脊椎动物,鱼类,两栖类,基因组


一步发现,作为IRF1亚家族的一个分支,鱼类IRF11在进化上相对保守,起源早于脊椎动物的IRF1和IRF2,且IRF11与IRF1和IRF2的进化距离相似。由此可以推测,在鱼类和哺乳类共同祖先物种的基因组中,不仅有IRF1和IRF2基因,而且有IRF11基因。在进化过程中当物种分化进化产生两栖类时,IRF11基因在两栖类基因组中丢失,由此导致两栖类、以及后来的爬行类、鸟类和哺乳类的基因组都没有IRF11基因,只保留了IRF1等其他IRF家族基因。但是鱼类祖先保留了IRF11基因,因此现存鱼类都具有IRF11基因。表达分析发现polyI:C不仅能诱导斑马鱼图2脊椎动物IRF家族的进化树分析Fig.2PhylogenetictreeofIRFfamily利用Mega6.0软件对17种代表性物种的IRF家族成员运用NJ法构建系统进化树;IRF序列信息来源请见表1PhylogenetictreewasmadewithIRFfamilymembersfrom17representativespecies,byusingneighbor-joiningmethodwithinMega6.0program.TheaccessionnumbersofIRFgenesareshowninTab.11期熊亚玮等:斑马鱼IRF11基因的鉴定、亚细胞定位及表达特征5

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