青稞转录组SSR位点及其基因功能分析

发布时间：2019-11-24 20:47

【摘要】：为了探讨青稞转录中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,使用MISA软件分析青稞转录组中SSR的分布频率和重复基元的基本类型,通过BLASTX对含有SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行比对和功能注释。结果表明,在青稞转录组拼接得到的58 065个Unigene中发现9 576条序列中含有11 930个SSR位点,SSR发生频率为16.49%,平均每6.63kb出现1个SSR位点,共有119种重复基元(motif)。青稞转录组SSR出现频率最高的是三核苷酸重复基元(64.19%),其次是二核苷酸重复基元(24.05%)。AG/CT和AGG/CCT、CCG/CGG、AGC/CTG分别是二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元。在转录组中SSR重复次数以5~12次为主,基序长度主要集中在12~25bp,平均长度为21.15bp。9 576个含SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行BLASTX比对,分别得到7 987、5 559、5 588和2 077个注释。通过基因功能注释发现青稞转录组中含SSR的序列主要与生物的基础代谢相关。
【图文】：

序列,转录组,青稞,重复序列

ＣＴ）长度为２６ｂｐ的ＳＳＲ重复仅有１个。未出现基元长度为２９ｂｐ的ＳＳＲ。图１青稞转录组ＳＳＲ重复序列长度的分布频率Ｆｉｇ．１Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙｏｆｒｅｐｅａｔｓｅｑｕｅｎｃｅｌｅｎｇｔｈｉｎｈｕｌｌｅｓｓｂａｒｌｅｙｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ２．２青稞转录组中含ＳＳＲ序列的基因功能注释通过ＭＩＳＡ软件的搜索，，共有９５７６条Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ含有ＳＳＲ。为了解青稞转录组中含有ＳＳＲ序列的基因功能，本研究通过与公共蛋白数据库进行比对，以期得到含有ＳＳＲ序列的Ｕｎｉｇｅｎｅ的功能注释及分类信息。结果发现，有７９８７、５５５９、５５８８、２０７７条Ｕｎｉｇｅｎｅ分别与ｎｒ、ＣＯＧ、Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ和ＫＥＧＧ比对得到注释信息，有１６８３条Ｕｎｉｇｅｎｅ在上述４个数据库中得到共同注释信息。ＧＯ注释用于描绘基因及其基因产物的特点，将基因功能分为３个本体，即细胞组分（ｃｅｌｌｕ－ｌａｒｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、分子功能（ｍｏｌｅｃｕｌａｒｆｕｎｃｔｉｏｎ）和生物进程（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｐｒｏｃｅｓｓ）。其下又分了很多亚类，各类间互相关联，从不同角度对基因的功能进行分类注释。通过对含ＳＳＲ的青稞Ｕｎｉｇｅｎｅ进行ＧＯ注释，可以全面描述青稞中含ＳＳＲ基因和基因产物的属性。将搜索到含有ＳＳＲ的Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ序列使用ＢＬＡＳＴＸ比对到ｎｒ蛋白数据库，取比对分值最高的为序列的注释信息。其中７９８７条Ｕｎｉｇｅｎｅ序列得到了注释信息，１５８９条Ｕｎｉｇｅｎｅ序列无注释信息。再

序列,转录组,青稞,重复序列

ＣＴ）长度为２６ｂｐ的ＳＳＲ重复仅有１个。未出现基元长度为２９ｂｐ的ＳＳＲ。图１青稞转录组ＳＳＲ重复序列长度的分布频率Ｆｉｇ．１Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙｏｆｒｅｐｅａｔｓｅｑｕｅｎｃｅｌｅｎｇｔｈｉｎｈｕｌｌｅｓｓｂａｒｌｅｙｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ２．２青稞转录组中含ＳＳＲ序列的基因功能注释通过ＭＩＳＡ软件的搜索，共有９５７６条Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ含有ＳＳＲ。为了解青稞转录组中含有ＳＳＲ序列的基因功能，本研究通过与公共蛋白数据库进行比对，以期得到含有ＳＳＲ序列的Ｕｎｉｇｅｎｅ的功能注释及分类信息。结果发现，有７９８７、５５５９、５５８８、２０７７条Ｕｎｉｇｅｎｅ分别与ｎｒ、ＣＯＧ、Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ和ＫＥＧＧ比对得到注释信息，有１６８３条Ｕｎｉｇｅｎｅ在上述４个数据库中得到共同注释信息。ＧＯ注释用于描绘基因及其基因产物的特点，将基因功能分为３个本体，即细胞组分（ｃｅｌｌｕ－ｌａｒｃｏｍｐｏｎｅｎｔ）、分子功能（ｍｏｌｅｃｕｌａｒｆｕｎｃｔｉｏｎ）和生物进程（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｐｒｏｃｅｓｓ）。其下又分了很多亚类，各类间互相关联，从不同角度对基因的功能进行分类注释。通过对含ＳＳＲ的青稞Ｕｎｉｇｅｎｅ进行ＧＯ注释，可以全面描述青稞中含ＳＳＲ基因和基因产物的属性。将搜索到含有ＳＳＲ的Ｕｎｉ－ｇｅｎｅ序列使用ＢＬＡＳＴＸ比对到ｎｒ蛋白数据库，取比对分值最高的为序列的注释信息。其中７９８７条Ｕｎｉｇｅｎｅ序列得到了注释信息，１５８９条Ｕｎｉｇｅｎｅ序列无注释信息。再

【参考文献】

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【共引文献】

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