角鳖肝脏转录组比较分析与生长相关基因研究

发布时间：2020-03-19 21:38

【摘要】：角鳖(Apalone Spinifera)别名刺鳖,分布于北美洲中部地区,多生活于池塘、湖泊、沼泽等淡水水域。角鳖作为一种极具经济价值的淡水养殖动物,养殖前景看好,市场开发潜力较大。我国近年虽已开始引进试养,但由于其繁殖力不高,苗种较贵,且性别导致的生长速度差异很大,一直未能形成养殖规模,制约了角鳖养殖业的健康可持续发展。为了探索角鳖生长发育的相关分子机制,本研究采用高通量转录组测序方法,对角鳖肝脏的转录组信息及其生长相关基因进行了研究。结果表明:试验以生长存在显著差异的两组角鳖肝脏为材料,采用Illumina HiSeq~(TM) 2500高通量测序平台进行转录组分析,经过拼接组装共获得264 757 372条Clean reads,148 093个Unigene,序列平均长度为900.8 bp。将Unigene与NR、SWISSPROT、KOG、KEGG和GO进行比对,共有34 666条得到了注释结果。对获得的Unigene进行GO功能注释,共得到了20 973条Unigene的GO注释信息,涉及三大类中64个功能小类。对获得Unigene进行KEGG代谢通路分析,在角鳖肝脏转录组中,共有11 197条unigene比对到364条Pathway中。通过以生长速度快的雌性个体为对照组FM,生长速度慢的雄性个体为实验组M进行基因表达情况对比,结果显示有2 246个基因表达存在差异,其中显著性上调的基因1264个,显著性下调的基因982个。对筛选的差异基因进行GO富集,结果显示共有1264个差异表达基因被注释到2122条GO term中,且这些差异共被注释到272条代谢通路中,通过利用qRT-PCR技术对筛选到的部分生长发育基因进行转录组测序结果验证,结果显示BIRC6、GADD45、GZMB、IGF1、ITPR3、MCM3、MCM5和PERP八个基因下调表达,MAPK1、PI3KR2、SSTR2和YWHAG_H下调表达,并且变化趋势与转录组测序分析结果一致。
【学位授予单位】：湖南农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S917.4

【参考文献】