基于最大信息系数的柑橘黄龙病差异表达基因分析

发布时间：2020-04-06 09:09

【摘要】：柑橘黄龙病是柑橘生产中的严重灾害,被称为柑橘“癌症”,对全球柑橘产业造成了巨大的破坏。利用基因的差异表达信息,可以精确地洞察生物学过程和功能紊乱,并发现相关的致病基因,明确黄龙病菌对柑橘基因表达的关键影响。研究把一种新型的非参数统计方法最大信息系数引入到柑橘黄龙病差异表达基因识别,并与常用的Rank Products和Wilcoxon符号秩检验两种方法对比分析,讨论了最大信息系数在柑橘黄龙病差异表达基因识别中的可行性及有效性。基于柑橘黄龙病基因表达数据集GSE33459的研究表明,最大信息系数方法识别的差异表达基因不仅与对照方法有相同之处,而且该方法在5-9wai数据中还找到了较Wilcoxon符号秩检验法多8437个新基因,较Rank Products法多8892个;在13-17wai数据中较Wilcoxon符号秩检验法多10189个,较Rank Products法多11611个。虽然三种方法得到的差异表达基因数有明显不同,但最大信息系数与其它两种方法的富集分析结果占比基本相同,从而说明最大信息系数在识别差异表达基因上没有偏倚。另外,基于柑橘黄龙病基因表达数据集GSE29633的进一步实验,也验证了上述结果。研究表明,最大信息系数用于柑橘黄龙病差异表达基因的识别是可行且有效的。
【学位授予单位】：赣南师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：S436.66

【参考文献】

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本文编号：2616310