绵羊PHD2基因克

发布时间：2020-07-23 04:02

【摘要】：本试验以甘肃高山细毛羊、藏绵羊、滩羊、塔什库尔干羊、哈萨克羊和湖羊共6个绵羊群体为研究对象,克隆测定藏绵羊PHD2基因CDS序列并对其进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR技术检测PHD2基因mRNA在绵羊十二指肠等13个组织中的相对表达量。运用PCR-SSCP技术分析6个绵羊群体中PHD2基因的遗传多态性,以探讨藏绵羊PHD2基因遗传特异性,丰富藏绵羊高原低氧适应候选基因的研究基础数据。主要研究结果及结论如下:(1)本试验经克隆测序获得藏绵羊PHD2基因CDS序列,序列长2609bp,编码358个氨基酸残基;与Ensemble数据库中绵羊序列比对发现2个SNPs,均为同义突变。蛋白分子式为C1691H2674N496O514S12,分子量为38561.5,理论等电点(PI)为8.64。该蛋白由线粒体合成,为亲水性蛋白和稳定蛋白。预测分析发现藏绵羊PHD2蛋白无信号肽剪切位点和跨膜螺旋结构,存在两个低复杂度区域和三个结构域。该蛋白翻译后修饰的主要方式是磷酸化,在细胞内主要行翻译、氨基酸生物合成、中央中介代谢、调节功能、复制和转录和脂肪酸代谢作用,且以连接酶的形式在细胞内发挥底物合成等酶生物学作用。蛋白二级结以无规卷曲为主,三级结构主要由β折叠和无规卷曲缠绕折叠形成。(2)PHD2基因在绵羊各组织部位中均有表达,但其表达存在组织差异性。其中在十二指肠中表达量最高,大脑和脾脏中该基因中度表达,在其他组织中中度或微量表达。(3)绵羊PHD2基因多态性丰富、遗传变异程度高。在内含子6-外显子7区发现5处核苷酸突变。6个绵羊群体PHD2基因检测到AD、AB、BC、BD共4种基因型,由A、B、C、D四个等位基因调控。序列比对可知,等位基因A序列与GenBank中公布的绵羊PHD2基因原序列无差异;等位基因B序列相较于原序列,在105处插入碱基A;等位基因C序列较原序列,在105处插入碱基A,存在c.278 TC颠换,等位基因D序列较原序列,存在c.188TC颠换、c.286AG颠换和c.290CA颠换;因为扩增序列为内含子序列,因此不造成氨基酸的改变。
【学位授予单位】：甘肃农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S826

【参考文献】

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本文编号：2766820