基于转录组数据的石刁柏性别差异基因的克隆及表达分析

发布时间：2021-01-03 00:38

　　石刁柏（Asparagus officinalis）是一种广泛栽培的经济作物,同时也是研究性别决定机制的模式植物之一。但是对于其性别决定的分子机制,尤其是其单性性别决定及发育相关基因目前仍不清楚。本研究以石刁柏为材料,在高通量转录组测序数据的基础上,利用生物信息学、RT-PCR、荧光定量PCR、RACE及组织原位杂交技术分析了石刁柏雌雄性别差异表达基因,并对其中3个稳定的性别发育相关基因进行了克隆和表达分析。主要研究结果如下:1、以发育早期的雌雄花为材料,利用Illumina双末端测序技术进行转录组测序,经过整理后得到260 G高质量数据,组装获得平均长度为979 bp的unigenes 72,626个。通过对雌性、雄性和超雄株转录组数据比较分析后获得性别差异表达基因4876个。其中,433个差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）与花的发育相关,包括了285个雄性/超雄性偏向和149个雌性偏向基因。在雄性/超雄偏向表达基因中,102个DEGs可能与花药发育相关。此外,我们发现了43个性别差异表达基因和调控性别发育的激素调节和生物合成相关;... 

【文章来源】：河南师范大学河南省

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

OGI和MeGI的基因功能图

图 3-1 石刁柏转录组数据组装的 unigenes 长度分布图Fig. 3-1 Overview of length distribution of assembled unigenes in asparagus flower buds. 石刁柏转录组数据功能注释和分类利用四个公共数据库（即 Nr，Swiss-Prot，COG 和 KEGG）对组装的 unigen。结果显示这些数据库中分别有约 40.96％，29.39％，24.75％和 16.07％的表 3-2）。在至少 个公共蛋白质数据库中总共有 29,967（41.26％）个 unig功。将 17,973 个 unigenes 进行基因注释分类，共分成 25 个类别（图 3-2A）。”(6564,36.52%)是其中最大的 组，其次是“转录后修饰、蛋白翻转344,18.61%)，“信号转导机制”(2727,15.17%)和“RNA 处理和修饰”(1725,9.60将石刁柏 unigenes 与其他植物基因匹配结果表明，和石刁柏基因匹配基因最物均为单子叶植物，分别为油棕（Elaeis guineensis）（6736 个）、凤仙花（Immina）（5515 个）、野芭蕉（Musa acuminata）（2695 个）、水稻（Oryza sativa）可可树（Theobroma cacao）（943 个）。这 发现与石刁柏是单子叶植物的

21图 3-2 石刁柏花蕾转录组注释注：A 图为石刁柏花蕾转录组在基因数据库的注释；B 图为注释的种类分布柱状图Fig. 3-2 Transcriptome annotation of asparagus flower buds.

【参考文献】：
期刊论文
[1]齿肋赤藓热激蛋白60基因的电子克隆和生物信息学分析[J]. 蔡明,高贝,张道远.  生物信息学. 2013(03)
[2]小家鼠Pitx2基因的生物信息学分析[J]. 郝爱平,熊超超.  生物技术. 2012(06)
[3]拟南芥过氧化物酶序列与功能的生物信息学分析(英文)[J]. 马亭亭,周宜君,高飞,余丽,刘冉,刘楠,隋欣.  Agricultural Science & Technology. 2012(08)



本文编号：2953962