病理性中性粒细胞增多时关键基因及通路改变的生物信息学分析

发布时间：2021-01-09 15:54

　　背景:增加中性粒细胞的数量对于攻击入侵的病原体是必不可少的,而不适当地增加组织中的中性粒细胞的数量可能会造成不必要的组织损伤。研究中性粒细胞增多的关键基因和通路的变化,可以为阐明炎症性疾病、某些免疫学和血液学疾病的发病机制提供了理论依据。目的:找到中性粒细胞增多时发生明显差异变化的关键基因及信号通路。方法:首先,从GEO（Gene Expression Omnibus）数据系列GSE64457,GSE94923,GSE54644中筛选并下载49个实验样本和22个对照样本的基因芯片数据。这三个数据系列里实验样本分别包括脓毒性休克患者的中性粒细胞、用GM-CSF或PKA激动剂刺激后的正常中性粒细胞、红细胞增多症患者的中性粒细胞。其次,我们在R软件中使用limma包等筛选鉴定出差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,并进行了层次聚类分析。最后,通过将每两个数据集中的上调的DEGs和下调的DEGs分别取交集,得到110个上调DEGs和108个下调DEGs用于进一步分析,然后采用包括DAVID、PATHER、Reactome、STRING及Cyto... 

【文章来源】： 何诚成 西南医科大学

【文章页数】：86 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

三个数据集的热图

西南医科大学硕士学位论文18图3用所有的候选差异表达基因(DEGs)富集得到的前15位基因本体(GO)条目及通路。Figure3.Thetop15ofintegratedresultsofgeneontologyandpathwayenrichmentanalysisusingallcandidateDEGs.图4用表达上调的候选差异表达基因(DEGs)富集得到的前15位基因本体(GO)条目及通路

西南医科大学硕士学位论文18图3用所有的候选差异表达基因(DEGs)富集得到的前15位基因本体(GO)条目及通路。Figure3.Thetop15ofintegratedresultsofgeneontologyandpathwayenrichmentanalysisusingallcandidateDEGs.图4用表达上调的候选差异表达基因(DEGs)富集得到的前15位基因本体(GO)条目及通路

【参考文献】：
期刊论文
[1]CD44 and Hematologic Malignancies[J]. Jianing Liu1 and Guosheng Jiang1, 21Department of Hemato-oncology, Institute of Basic Medicine, Shandong Academy of Medical Science, Jinan 250062, Shandong, China;.  Cellular & Molecular Immunology. 2006(05)



本文编号：2966963