辣椒Aux/IAA基因家族的鉴定与表达分析
发布时间：2021-01-11 05:51
辣椒原产地墨西哥,茄科辣椒属,因富含辣椒素和维生素而风味独特,是人类喜食的蔬菜之一。据不完全统计,我国辣椒拥有2000万亩的栽培面积,产量高达2800万吨,辣椒的销售已逐渐成为农民重要的经济来源,因此栽培面积仍在不断扩大。生长素具有极其复杂的作用机制。目前,与生长素调控相关的基因转录表达研究已取得突破性进展,其中转录抑制蛋白Aux/IAA在生长素信号转导通路中起着关键作用。然而,有关辣椒Aux/IAA基因家族的报道却较少。本文借助生物信息学方法对辣椒Aux/IAA基因家族成员进行鉴定,并对其理化性质、进化关系、染色体定位、基因结构与组织表达模式等信息进行具体分析,采用qRT-PCR技术验证辣椒Aux/IAA基因家族成员在果肉、种子和胎座中以及在脱落酸ABA、茉莉酸JA、赤霉素GA3、高温和低温胁迫下叶片中的表达情况。主要研究结果如下:1.从Zunla-1基因组中共鉴定到22个辣椒Aux/IAA基因家族成员,可将其分成A、B、C、D、E、F和G等7个组。在辣椒所有染色体中只有7条分布了这些基因,第三条染色体分布最多,并且其上、下两端各有4个和3个基因形成基因簇。这些...
【文章来源】：湖南大学湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
辣椒Aux/IAA基因家族的典型保守序列比对Fig2.2TypicalconservedsequencealignmentofpepperAux/IAAgenefamily
Capana06g002018、Capana06g000110、Capana03g000311 这些蛋白序列都含有 4个保守基序，但是每条序列所含基序的种类都不尽相同，且含 motif4 、motif3 、motif5 和 motif2 这 4 个 基 序 的 基 因 居 多 ， 表 明 这 4 个 基 序 高 度 保 守 。Capana09g001096、Capana00g002758、Capana06g001465、Capana06g001308、Capana02g000711 、 Capana00g000845 这 些 蛋 白 序 列 都 包 含 三 个 保 守 基 序 ；Capana07g000391 含 2 个基序，分别为 motif2 和 motif3；Capana07g000990 只含modif5；Capana00g002644 只含 modif2；Capana01g001423 和 Capana03g000548只含 modif1。综上所述，大多数基因都含有 3-4 个保守基序，只有极少数只含 1个保守基序，它们的结构相对简单。
辣椒Aux/IAA基因家族的鉴定与表达分析-18-芥Aux/IAA基因，包含CaIAA–ATIAA、ATIAA–ATIAA和CaIAA–CaIAA各1对；C组含有2个辣椒Aux/IAA基因和4个拟南芥Aux/IAA基因，包含1对ATIAA–ATIAA。D组含有6个辣椒Aux/IAA基因和1个拟南芥Aux/IAA基因，包含1对CaIAA–ATIAA，2对CaIAA–CaIAA。E组含有5个辣椒Aux/IAA基因和3个拟南芥Aux/IAA基因，包含1对CaIAA–CaIAA，2对CaIAA–ATIAA。F组含有1个辣椒Aux/IAA基因和6个拟南芥Aux/IAA基因，包含3对ATIAA–ATIAA。G组含有1个辣椒Aux/IAA基因和7个拟南芥Aux/IAA基因，包含3对ATIAA–ATIAA。图2.4辣椒Aux/IAA基因家族的系统进化树Fig2.4TheunrootedphylogenetictreeofAux/IAAgenefamilyinpepper红色代表拟南芥Aux/IAA基因家族成员，蓝色代表辣椒Aux/IAA基因家族成员。2.2.6辣椒Aux/IAA基因结构分析辣椒22个Aux/IAA基因都含有内含子，每个基因所含内含子的数目或相位则不相同（图2.5）。Capana09g000285含5个内含子，相位分别为2、2、1、2和1；Capana03g004567、Capana06g003073、Capana03g000310、Capana09g001096、Capana03g004455和Capana03g000244都有4个内含子，相位为1或2；
【参考文献】：
期刊论文
[1]辣椒Aux/IAA基因家族的鉴定与表达分析[J]. 张帆,马艳青,李雪峰,杨博智,郑井元,邹学校,谢玲玲,刘峰. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2018(06)
[2]植物果实发育调控的分子机理研究进展[J]. 易婷,刘峰,梁成亮,冯文鹏,张帆,邹学校. 湖南农业科学. 2018(10)
[3]不同浓度赤霉素对长苞冷杉种子发芽的影响[J]. 杨文宏,黄杏娥,和加卫,杨正松,和建平,李燕. 贵州农业科学. 2018(09)
[4]赤霉素、6-糠氨基嘌呤与萘乙酸对风信子花期及叶绿素含量的影响[J]. 邱振鲁,李筱涵,朱蕾,张稳轩,刘文薪,于洪泉. 绿色科技. 2018(16)
[5]非生物胁迫对芍药属植物生长发育影响的研究进展[J]. 张夏燕,刘慧娜,苏江洪,陶俊,赵大球. 分子植物育种. 2018(15)
[6]辣椒疫病抗性与形态学性状相关分析[J]. 赫卫,张慧,贲海燕,董延龙,王莹. 北方园艺. 2018(13)
[7]拟南芥泛素连接酶RING1A参与ABA信号途径的调控[J]. 张峻川,张力,李苏迪,石武良. 福建农林大学学报(自然科学版). 2018(02)
[8]辣椒类甜蛋白基因家族鉴定及表达分析[J]. 刘潮,韩利红,宋培兵,王德琴,王海波,唐利洲. 江苏农业学报. 2018(01)
[9]赤霉素对植物生长影响的研究进展[J]. 李琦. 农家参谋. 2018(05)
[10]水稻与病原物互作中植物激素功能的研究进展[J]. 旷永洁,柳浪,严芳,任斌,闫大琦,张大伟,林宏辉,周焕斌. 生物技术通报. 2018(02)
博士论文
[1]小ERF转录因子参与调控拟南芥对ABA和盐胁迫的响应[D]. 王晓苹.东北师范大学 2016
[2]盐碱胁迫及外源植物激素对小麦和羊草生长发育的影响[D]. 李晓宇.东北师范大学 2010
[3]拟南芥Aux/IAA家族基因IAA2的反向遗传学功能研究[D]. 林伟强.浙江大学 2007
[4]番茄Aux/IAA基因的克隆与功能分析[D]. 张俊红.华中农业大学 2006
硕士论文
[1]山新杨生长素关键基因响应木霉和链格孢菌诱导的转录组分析[D]. 姜传英.东北林业大学 2017
[2]辣椒SBP-box基因家族分析及CaSBP11和CaSBP12基因功能的鉴定[D]. 张淮霞.西北农林科技大学 2016
[3]生长素相关转录因子家族基因在西瓜果实膨大过程中的调控作用分析[D]. 袁静贤.华中农业大学 2015
[4]山核桃嫁接过程中Aux/IAA基因功能研究和小RNA测序分析[D]. 司马晓娇.浙江农林大学 2015
[5]茉莉酸甲酯调控刺槐抗盐性的生理机制研究[D]. 庞洪影.东北林业大学 2012
[6]拟南芥中一个SAUR基因的功能研究[D]. 朱宇斌.浙江大学 2010
[7]陆地棉Aux/IAA家族九个基因的克隆和表达分析[D]. 韩晓勇.南京农业大学 2010
本文编号：2970214
【文章来源】：湖南大学湖南省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：60 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
辣椒Aux/IAA基因家族的典型保守序列比对Fig2.2TypicalconservedsequencealignmentofpepperAux/IAAgenefamily
Capana06g002018、Capana06g000110、Capana03g000311 这些蛋白序列都含有 4个保守基序，但是每条序列所含基序的种类都不尽相同，且含 motif4 、motif3 、motif5 和 motif2 这 4 个 基 序 的 基 因 居 多 ， 表 明 这 4 个 基 序 高 度 保 守 。Capana09g001096、Capana00g002758、Capana06g001465、Capana06g001308、Capana02g000711 、 Capana00g000845 这 些 蛋 白 序 列 都 包 含 三 个 保 守 基 序 ；Capana07g000391 含 2 个基序，分别为 motif2 和 motif3；Capana07g000990 只含modif5；Capana00g002644 只含 modif2；Capana01g001423 和 Capana03g000548只含 modif1。综上所述，大多数基因都含有 3-4 个保守基序，只有极少数只含 1个保守基序，它们的结构相对简单。
辣椒Aux/IAA基因家族的鉴定与表达分析-18-芥Aux/IAA基因，包含CaIAA–ATIAA、ATIAA–ATIAA和CaIAA–CaIAA各1对；C组含有2个辣椒Aux/IAA基因和4个拟南芥Aux/IAA基因，包含1对ATIAA–ATIAA。D组含有6个辣椒Aux/IAA基因和1个拟南芥Aux/IAA基因，包含1对CaIAA–ATIAA，2对CaIAA–CaIAA。E组含有5个辣椒Aux/IAA基因和3个拟南芥Aux/IAA基因，包含1对CaIAA–CaIAA，2对CaIAA–ATIAA。F组含有1个辣椒Aux/IAA基因和6个拟南芥Aux/IAA基因，包含3对ATIAA–ATIAA。G组含有1个辣椒Aux/IAA基因和7个拟南芥Aux/IAA基因，包含3对ATIAA–ATIAA。图2.4辣椒Aux/IAA基因家族的系统进化树Fig2.4TheunrootedphylogenetictreeofAux/IAAgenefamilyinpepper红色代表拟南芥Aux/IAA基因家族成员，蓝色代表辣椒Aux/IAA基因家族成员。2.2.6辣椒Aux/IAA基因结构分析辣椒22个Aux/IAA基因都含有内含子，每个基因所含内含子的数目或相位则不相同（图2.5）。Capana09g000285含5个内含子，相位分别为2、2、1、2和1；Capana03g004567、Capana06g003073、Capana03g000310、Capana09g001096、Capana03g004455和Capana03g000244都有4个内含子，相位为1或2；
【参考文献】：
期刊论文
[1]辣椒Aux/IAA基因家族的鉴定与表达分析[J]. 张帆,马艳青,李雪峰,杨博智,郑井元,邹学校,谢玲玲,刘峰. 湖南农业大学学报(自然科学版). 2018(06)
[2]植物果实发育调控的分子机理研究进展[J]. 易婷,刘峰,梁成亮,冯文鹏,张帆,邹学校. 湖南农业科学. 2018(10)
[3]不同浓度赤霉素对长苞冷杉种子发芽的影响[J]. 杨文宏,黄杏娥,和加卫,杨正松,和建平,李燕. 贵州农业科学. 2018(09)
[4]赤霉素、6-糠氨基嘌呤与萘乙酸对风信子花期及叶绿素含量的影响[J]. 邱振鲁,李筱涵,朱蕾,张稳轩,刘文薪,于洪泉. 绿色科技. 2018(16)
[5]非生物胁迫对芍药属植物生长发育影响的研究进展[J]. 张夏燕,刘慧娜,苏江洪,陶俊,赵大球. 分子植物育种. 2018(15)
[6]辣椒疫病抗性与形态学性状相关分析[J]. 赫卫,张慧,贲海燕,董延龙,王莹. 北方园艺. 2018(13)
[7]拟南芥泛素连接酶RING1A参与ABA信号途径的调控[J]. 张峻川,张力,李苏迪,石武良. 福建农林大学学报(自然科学版). 2018(02)
[8]辣椒类甜蛋白基因家族鉴定及表达分析[J]. 刘潮,韩利红,宋培兵,王德琴,王海波,唐利洲. 江苏农业学报. 2018(01)
[9]赤霉素对植物生长影响的研究进展[J]. 李琦. 农家参谋. 2018(05)
[10]水稻与病原物互作中植物激素功能的研究进展[J]. 旷永洁,柳浪,严芳,任斌,闫大琦,张大伟,林宏辉,周焕斌. 生物技术通报. 2018(02)
博士论文
[1]小ERF转录因子参与调控拟南芥对ABA和盐胁迫的响应[D]. 王晓苹.东北师范大学 2016
[2]盐碱胁迫及外源植物激素对小麦和羊草生长发育的影响[D]. 李晓宇.东北师范大学 2010
[3]拟南芥Aux/IAA家族基因IAA2的反向遗传学功能研究[D]. 林伟强.浙江大学 2007
[4]番茄Aux/IAA基因的克隆与功能分析[D]. 张俊红.华中农业大学 2006
硕士论文
[1]山新杨生长素关键基因响应木霉和链格孢菌诱导的转录组分析[D]. 姜传英.东北林业大学 2017
[2]辣椒SBP-box基因家族分析及CaSBP11和CaSBP12基因功能的鉴定[D]. 张淮霞.西北农林科技大学 2016
[3]生长素相关转录因子家族基因在西瓜果实膨大过程中的调控作用分析[D]. 袁静贤.华中农业大学 2015
[4]山核桃嫁接过程中Aux/IAA基因功能研究和小RNA测序分析[D]. 司马晓娇.浙江农林大学 2015
[5]茉莉酸甲酯调控刺槐抗盐性的生理机制研究[D]. 庞洪影.东北林业大学 2012
[6]拟南芥中一个SAUR基因的功能研究[D]. 朱宇斌.浙江大学 2010
[7]陆地棉Aux/IAA家族九个基因的克隆和表达分析[D]. 韩晓勇.南京农业大学 2010
本文编号：2970214
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