大豆种子大小性状的多位点关联分析与候选基因鉴定
发布时间：2021-01-13 03:25
大豆是非常重要的经济作物,早在3,0005,000年前的中国,人们便已经开始对大豆进行了驯化。大豆种子大小是驯化过程中一个非常重要的性状,研究控制大豆种子大小的基因对了解大豆基因的进化具有很重要的意义。在已报道的大豆种子大小性状关联分析中,所用分子标记数目比较少,其密度低,降低了关联分析的功效;所用关联分析方法是基于群体结构和多基因背景控制的单位点全基因组扫描方法,涉及多重检验问题,得到的显著关联位点不多。因此,有关大豆种子大小基因的报道很少,远远小于拟南芥和水稻等植物。针对上述问题,本研究基于286份大豆材料的10组种子大小相关性状的表型数据与106013个高密度SNPs标记的基因型数据,使用5种多位点GWAS方法进行大豆种子大小性状的关联分析,获得其候选基因,并研究优异等位基因在群体的分布与实施设计育种。首先,在5种多位点GWAS分析方法的结果中挑选多次重复检测到的QTNs和同一年同一性状检测结果中物理位置间距小于50kb的位点区间（QTR）作为本研究的大豆种子大小QTNs和QTRs;然后,在候选位点和候选区域中间的前后50kb区域内选取候选基因,通过不同大豆...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：102 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
大豆种子的粒长、粒厚和粒宽Figure1Seedlength（SL）,width（SW）andthickness（ST）insoybean
图 2 2008 年至 2015 年 4 个性状检测到的 1137 个显著 QTNs 在基因组上的分布Figure 2 Distribution of 1137 significant QTNs for four traits in 2008 to 20153.4 大豆种子大小相关性状的候选位点、QTR 和候选基因与驯化基因的确定3.4.1 候选位点和 QTR 的确定为了减小假阳性对分析结果的影响，我们分别选取了 10 组种子大小性状检测结果中同一性状至少4组被检测到的位点和7组种子百粒重性状检测结果中至少 3 组被检测到的位点，最终一共选取了 59 个与种子大小相关的重复 QTNs（表4）。然后对同一年同一性状定位到的位点的物理位置间距进行计算，得到 62 个位点间物理位置小于 50kb 的 QTR（附表 1）。59 个重复 QTNs 的 LOD 值的范围是 3.01～19.52，解释了 0.004%～25.22%
图 3 59 个重复的 QTNs 和 62 个 QTRs 在基因组上的分布Figure 3. Distribution of 59 significant QTNs and 62 QTRs on the genome62 个 QTRs 中，29 个 QTRs 与粒长性状显著关联，31 个 QTRs 与粒宽性状显著关联，12 个 QTRs 与粒厚性状显著关联，22 个 QTRs 与百粒重性状显著关联（图 4）。62 个 QTRs 中也存在多个区间同时与多个性状显著关联，例如，GmQTR23（6 号染色体 5910~5956kb）在粒长和粒宽的性状分析中都被检测到（附表 1）。在 59 个候选 QTNs 和 62 个 QTRs 的中心物理位置的 100kb 范围内，一共定位到了 900 个候选基因。
【参考文献】：
期刊论文
[1]大豆粒形的主基因+多基因混合遗传[J]. 李河南,汪霞,李广军,程利国,何小红,张国政,章元明. 大豆科学. 2009(01)
[2]中国栽培和野生大豆农艺品质性状与SSR标记的关联分析 I.群体结构及关联标记[J]. 文自翔,赵团结,郑永战,刘顺湖,王春娥,王芳,盖钧镒. 作物学报. 2008(07)
[3]植物数量性状关联分析研究进展[J]. 杨小红,严建兵,郑艳萍,余建明,李建生. 作物学报. 2007(04)
[4]大豆粒形性状的遗传效应分析[J]. 梁慧珍,李卫东,王辉,方宣钧. 遗传学报. 2005(11)
[5]籼型黑米粒形性状的遗传效应及其与矿质元素含量的遗传相关性[J]. 张名位,郭宝江,彭仲明. 遗传学报. 2002(08)
[6]玉米籽粒性状的遗传效应分析[J]. 李玉玲,张泽民,许自成,席章营. 遗传. 2000(03)
[7]利用P1F1P2和F2或F2∶3世代联合的数量性状分离分析[J]. 章元明,盖钧镒,张孟臣. 西南农业大学学报. 2000(01)
[8]陆地棉种子性状直接效应和母体效应的遗传分析[J]. 吴吉祥,王国建,朱军,许馥华,季道藩. 作物学报. 1995(06)
[9]籼型杂交稻稻米外观品质的种子和母体遗传效应分析[J]. 石春海,朱军. 北京农业大学学报. 1993(S3)
硕士论文
[1]大豆GmMFT基因克隆、表达模式及功能分析[D]. 李清.中国农业科学院 2012
本文编号：2974116
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：102 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
大豆种子的粒长、粒厚和粒宽Figure1Seedlength（SL）,width（SW）andthickness（ST）insoybean
图 2 2008 年至 2015 年 4 个性状检测到的 1137 个显著 QTNs 在基因组上的分布Figure 2 Distribution of 1137 significant QTNs for four traits in 2008 to 20153.4 大豆种子大小相关性状的候选位点、QTR 和候选基因与驯化基因的确定3.4.1 候选位点和 QTR 的确定为了减小假阳性对分析结果的影响，我们分别选取了 10 组种子大小性状检测结果中同一性状至少4组被检测到的位点和7组种子百粒重性状检测结果中至少 3 组被检测到的位点，最终一共选取了 59 个与种子大小相关的重复 QTNs（表4）。然后对同一年同一性状定位到的位点的物理位置间距进行计算，得到 62 个位点间物理位置小于 50kb 的 QTR（附表 1）。59 个重复 QTNs 的 LOD 值的范围是 3.01～19.52，解释了 0.004%～25.22%
图 3 59 个重复的 QTNs 和 62 个 QTRs 在基因组上的分布Figure 3. Distribution of 59 significant QTNs and 62 QTRs on the genome62 个 QTRs 中，29 个 QTRs 与粒长性状显著关联，31 个 QTRs 与粒宽性状显著关联，12 个 QTRs 与粒厚性状显著关联，22 个 QTRs 与百粒重性状显著关联（图 4）。62 个 QTRs 中也存在多个区间同时与多个性状显著关联，例如，GmQTR23（6 号染色体 5910~5956kb）在粒长和粒宽的性状分析中都被检测到（附表 1）。在 59 个候选 QTNs 和 62 个 QTRs 的中心物理位置的 100kb 范围内，一共定位到了 900 个候选基因。
【参考文献】：
期刊论文
[1]大豆粒形的主基因+多基因混合遗传[J]. 李河南,汪霞,李广军,程利国,何小红,张国政,章元明. 大豆科学. 2009(01)
[2]中国栽培和野生大豆农艺品质性状与SSR标记的关联分析 I.群体结构及关联标记[J]. 文自翔,赵团结,郑永战,刘顺湖,王春娥,王芳,盖钧镒. 作物学报. 2008(07)
[3]植物数量性状关联分析研究进展[J]. 杨小红,严建兵,郑艳萍,余建明,李建生. 作物学报. 2007(04)
[4]大豆粒形性状的遗传效应分析[J]. 梁慧珍,李卫东,王辉,方宣钧. 遗传学报. 2005(11)
[5]籼型黑米粒形性状的遗传效应及其与矿质元素含量的遗传相关性[J]. 张名位,郭宝江,彭仲明. 遗传学报. 2002(08)
[6]玉米籽粒性状的遗传效应分析[J]. 李玉玲,张泽民,许自成,席章营. 遗传. 2000(03)
[7]利用P1F1P2和F2或F2∶3世代联合的数量性状分离分析[J]. 章元明,盖钧镒,张孟臣. 西南农业大学学报. 2000(01)
[8]陆地棉种子性状直接效应和母体效应的遗传分析[J]. 吴吉祥,王国建,朱军,许馥华,季道藩. 作物学报. 1995(06)
[9]籼型杂交稻稻米外观品质的种子和母体遗传效应分析[J]. 石春海,朱军. 北京农业大学学报. 1993(S3)
硕士论文
[1]大豆GmMFT基因克隆、表达模式及功能分析[D]. 李清.中国农业科学院 2012
本文编号：2974116
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/2974116.html
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