西红花实时荧光定量PCR内参基因筛选

发布时间：2021-01-15 00:31

　　为筛选西红花不同组织间稳定表达的最佳内参基因,以西红花的根、球茎、主芽、花丝、叶片、侧芽共6个组织为试验材料,运用实时荧光定量PCR方法分析了18S核糖体RNA （18S rRNA）、肌动蛋白基因（ACT）、转录延伸因子-1α（EF1α）、3-磷酸-甘油醛脱氢酶基因（GAPDH）、微管蛋白基因（TUB）和多聚泛素基因（UBQ）共6个内参基因在不同组织中的表达差异情况。基于Ct值,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper分析6个内参基因表达稳定性。结果表明,3个软件筛选出的最佳内参基因略有不同。综合分析结果显示,GAPDH和UBQ表达较为稳定,其次为18S rRNA和ACT,而EF1α和TUB不适合作为西红花不同组织的内参基因。本研究确定西红花q RT-PCR分析的合适内参基因为GAPDH和UBQ,可用于种球发育、花发育、次生代谢产物形成和积累等机理研究。 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(22)北大核心

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

西红花不同组织的RNA

通过ge Norm软件计算配对变异值(Vn/n+1)以确定最适内参基因数目，软件参数和分析方法参照叶新如等(2019)。经ge Norm软件分析，V2/3、V3/4、V4/5、V5/6的值分别为0.149、0.122、0.107和0.160。由此可见，仅V5/6的值大于0.15，而V2/3、V3/4、V4/5均小于0.15，表明对于西红花不同组织最适的内参基因数目为2个，无需加入第3个内参基因。结合基因稳定值(M)结果(表2)，可选择表达稳定性最佳的2个基因(GAPDH和UBQ)作为西红花不同组织的内参基因。1.4.2 Norm Finder软件

Best Keeper软件作为内参基因稳定性分析常用软件之一，其分析结果中标准偏差(SD)和变异系数(CV)越小，则表明内参基因越稳定。Best Keeper分析结果可知(表2),6个内参基因基于SD值的稳定性排名为GAPDH>UBQ>ACT>18S r RNA>TUB>EF1α，基于CV值的稳定性排名为UBQ>GAPDH>ACT>18S-r RNA>TUB>EF1α。综合SD值和CV值结果，GAPDH和UBQ的SD、CV值均较小，表明其表达稳定性高，适合作内参基因，这与ge Norm软件分析的结果一致。EF1α的SD和CV值均最大，说明其表达稳定性最差，不适合作为西红花内参基因。Best Keeper与ge Norm和Norm Finder分析结果相似的是，18S-r RNA、EF1α和TUB相对稳定性差，前2个软件的分析结果为18S r RNA>EF1α>TUB，而Best Keeper的结果为18S r RNA>TUB>EF1α。因此，综合3个内参基因稳定性排名结果(表2)，西红花6个内参基因的排名为GAPDH>UBQ>ACT>18S r RNA>EF1α=TUB。图4 西红花内参基因Ct值分布区间


本文编号：2977856