肝脏X受体激动剂相关阿尔茨海默病的关键基因和信号通路研究
发布时间：2021-01-16 08:09
目的探索肝脏X受体（LXR）激动剂相关阿尔茨海默病（AD）的分子机制,为AD治疗的研究提供指导。方法自GEO数据库中下载数据集GSE31624的原始基因芯片数据,按照AD动物模型（Tg2576小鼠）的处理方法（注射和不注射LXR激动剂苯甲磺酰胺）,将所有样本的基因芯片数据分为LXR组和AD组两组,每组11只。对原始数据进行标准化,用R语言中的Limma包通过贝叶斯检验分析得到差异表达基因（DEGs）。之后利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论（GO）分析,通过KEGG数据库对DEGs进行通路富集分析,并利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Cytoscape软件进行可视化处理,利用CytoHubba插件分析得到互作强度最高的基因（Hub基因）。结果总共得到665个DEGs,其中上调基因284个,下调基因381个。GO分析结果表明,DEGs主要位于乙酰胆碱门控通道复合物,其功能主要集中于突触传递、脂蛋白运输、细胞内信号转导的正调节和神经肌肉突触传递等过程。KEGG分析结果显示Ras信号通路、5-腺嘌呤核苷酸（AMP）依赖的蛋白激酶（AMPK）信号通路、...
【文章来源】：中国神经免疫学和神经病学杂志. 2020,27(04)北大核心
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
原始数据标准化图:A图为原始芯片数据图,B图为标准化后的数据图
通过对数据集GSE31624中原始数据进行标准化,标准化前不同样本芯片数据的表达差异较大(图1A),标准化之后明显减少了芯片数据的表达差异(图1B)。利用limma包分析得到665个DEGs,其中上调DEGs 284个,下调DEGs 381个。通过火山图展示了DEGs的分布情况(图2)。2.2 GO分析和KEGG分析
表1 GO分析和KEGG分析所得DEGs情况 类型 通路ID 通路名称 富集个数 P值 GOTERM_BP GO:0007271 胆碱能突触传递 5 0.004 GOTERM_BP GO:0042953 脂蛋白转运 4 0.005 GOTERM_BP GO:1902533 细胞内信号转导的正调控 3 0.013 GOTERM_BP GO:0007274 神经肌肉突触传递 4 0.022 GOTERM_BP GO:0071320 细胞对cAMP的反应 5 0.026 GOTERM_BP GO:0007155 细胞黏附 19 0.026 GOTERM_BP GO:0018108 肽基酪氨酸磷酸化 5 0.049 GOTERM_BP GO:0007219 Notch信号通路 7 0.033 GOTERM_BP GO:0045893 转录的正调控,DNA模板 20 0.006 GOTERM_BP GO:0007405 神经母细胞增殖 3 0.007 GOTERM_BP GO:0042742 对细菌的防御反应 9 0.007 GOTERM_BP GO:0000165 MAPK级联 5 0.007 GOTERM_CC GO:0005892 乙酰胆碱门控通道复合物 6 <0.001 GOTERM_CC GO:0005737 细胞质 188 0.005 GOTERM_CC GO:0045211 突触后膜 12 0.019 GOTERM_CC GO:0045202 突触 21 0.021 GOTERM_CC GO:0031410 细胞质囊泡 25 0.025 GOTERM_CC GO:0030054 细胞连接 26 0.043 GOTERM_CC GO:0043235 受体复合体 8 0.044 GOTERM_CC GO:0030133 运输小泡 5 0.007 GOTERM_CC GO:0030659 细胞质囊泡膜 7 0.007 GOTERM_CC GO:0043204 周核 8 0.007 GOTERM_CC GO:0009986 细胞表面 22 0.008 GOTERM_CC GO:0042995 细胞投射 24 0.094 GOTERM_MF GO:0042166 乙酰胆碱结合 7 <0.001 GOTERM_MF GO:0004896 细胞因子受体活性 8 <0.001 GOTERM_MF GO:0005230 细胞外配体门控离子通道活性 6 0.003 GOTERM_MF GO:0005216 离子通道活性 9 0.042 GOTERM_MF GO:0005179 激素活性 7 0.033 GOTERM_MF GO:0004672 蛋白激酶活性 19 0.009 GOTERM_MF GO:0004842 泛素蛋白转移酶活性 13 0.049 KEGG_PATHWAY mmu04630 Jak-STAT信号通路 15 <0.001 KEGG_PATHWAY mmu04060 细胞因子与细胞因子受体的相互作用 15 0.002 KEGG_PATHWAY mmu04151 PI3K-Akt信号通路 16 0.017 KEGG_PATHWAY mmu04010 MAPK信号通路 12 0.032 KEGG_PATHWAY mmu04725 胆碱能突触 7 0.048 KEGG_PATHWAY mmu04152 AMPK信号通路 7 0.008 KEGG_PATHWAY mmu04620 Toll样受体信号通路 6 0.009 KEGG_PATHWAY mmu04014 Ras信号通路 10 0.0093 讨论
本文编号：2980460
【文章来源】：中国神经免疫学和神经病学杂志. 2020,27(04)北大核心
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
原始数据标准化图:A图为原始芯片数据图,B图为标准化后的数据图
通过对数据集GSE31624中原始数据进行标准化,标准化前不同样本芯片数据的表达差异较大(图1A),标准化之后明显减少了芯片数据的表达差异(图1B)。利用limma包分析得到665个DEGs,其中上调DEGs 284个,下调DEGs 381个。通过火山图展示了DEGs的分布情况(图2)。2.2 GO分析和KEGG分析
表1 GO分析和KEGG分析所得DEGs情况 类型 通路ID 通路名称 富集个数 P值 GOTERM_BP GO:0007271 胆碱能突触传递 5 0.004 GOTERM_BP GO:0042953 脂蛋白转运 4 0.005 GOTERM_BP GO:1902533 细胞内信号转导的正调控 3 0.013 GOTERM_BP GO:0007274 神经肌肉突触传递 4 0.022 GOTERM_BP GO:0071320 细胞对cAMP的反应 5 0.026 GOTERM_BP GO:0007155 细胞黏附 19 0.026 GOTERM_BP GO:0018108 肽基酪氨酸磷酸化 5 0.049 GOTERM_BP GO:0007219 Notch信号通路 7 0.033 GOTERM_BP GO:0045893 转录的正调控,DNA模板 20 0.006 GOTERM_BP GO:0007405 神经母细胞增殖 3 0.007 GOTERM_BP GO:0042742 对细菌的防御反应 9 0.007 GOTERM_BP GO:0000165 MAPK级联 5 0.007 GOTERM_CC GO:0005892 乙酰胆碱门控通道复合物 6 <0.001 GOTERM_CC GO:0005737 细胞质 188 0.005 GOTERM_CC GO:0045211 突触后膜 12 0.019 GOTERM_CC GO:0045202 突触 21 0.021 GOTERM_CC GO:0031410 细胞质囊泡 25 0.025 GOTERM_CC GO:0030054 细胞连接 26 0.043 GOTERM_CC GO:0043235 受体复合体 8 0.044 GOTERM_CC GO:0030133 运输小泡 5 0.007 GOTERM_CC GO:0030659 细胞质囊泡膜 7 0.007 GOTERM_CC GO:0043204 周核 8 0.007 GOTERM_CC GO:0009986 细胞表面 22 0.008 GOTERM_CC GO:0042995 细胞投射 24 0.094 GOTERM_MF GO:0042166 乙酰胆碱结合 7 <0.001 GOTERM_MF GO:0004896 细胞因子受体活性 8 <0.001 GOTERM_MF GO:0005230 细胞外配体门控离子通道活性 6 0.003 GOTERM_MF GO:0005216 离子通道活性 9 0.042 GOTERM_MF GO:0005179 激素活性 7 0.033 GOTERM_MF GO:0004672 蛋白激酶活性 19 0.009 GOTERM_MF GO:0004842 泛素蛋白转移酶活性 13 0.049 KEGG_PATHWAY mmu04630 Jak-STAT信号通路 15 <0.001 KEGG_PATHWAY mmu04060 细胞因子与细胞因子受体的相互作用 15 0.002 KEGG_PATHWAY mmu04151 PI3K-Akt信号通路 16 0.017 KEGG_PATHWAY mmu04010 MAPK信号通路 12 0.032 KEGG_PATHWAY mmu04725 胆碱能突触 7 0.048 KEGG_PATHWAY mmu04152 AMPK信号通路 7 0.008 KEGG_PATHWAY mmu04620 Toll样受体信号通路 6 0.009 KEGG_PATHWAY mmu04014 Ras信号通路 10 0.0093 讨论
本文编号：2980460
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