五味子PLR基因及其启动子的克隆与表达分析

发布时间：2021-01-21 23:31

　　目的从五味子中克隆木脂素生物合成途径松脂醇-落叶松脂素还原酶（Pinoresinol-lariciresinol reductases,PLR）基因及其启动子序列,并进行生物信息学与表达分析。方法根据转录组PLR测序序列设计特异性引物,克隆ScPLR并进行生物信息学分析;采用TAIL-PCR对Sc PLR启动子序列扩增,并进行序列分析;采用实时荧光定量PCR（q RT-PCR）分析果实不同发育时期ScPLR的表达。结果 Sc PLR基因开放阅读框（ORF）全长837bp,编码278个氨基酸;ScPLR蛋白相对分子质量31419.85,理论等电点8.97;具有跨膜结构,无信号肽,为稳定性疏水蛋白,主要由α-螺旋和无规卷曲构成;亚细胞定位预测Sc PLR主要定位于细胞质;系统进化显示Sc PLR与蓖麻PLR亲缘关系较近。克隆到Sc PLR基因启动子长994bp,具有TATA-box、CAAT-box基本元件、光调控、生长素响应、厌氧诱导、防御和应激反应的多种调控元件;qRT-PCR结果显示ScPLR表达量呈现果实膨大期快速增加而进入着色期迅速降低的变化趋势。结论获得了Sc PLR基因及其启... 

【文章来源】：中草药. 2020,51(18)北大核心

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【部分图文】：

五味子ScPLR核苷酸序列及其氨基酸序列

图1 五味子ScPLR核苷酸序列及其氨基酸序列利用SOMPA预测ScPLR蛋白质二级结构（图3），其中α-螺旋所占比例最大，为38.85%，无规则卷曲为34.89%，延伸链为18.35%，β-转角为7.91%，由此可见，ScPLR为混合型蛋白，α-螺旋和无规卷曲是其主要的结构元件。运用Phyre2数据库预测分析ScPLR蛋白质三级结构，运用Rasmol软件分析Sc PLR基因编码的蛋白质产物三级结构，跨膜螺旋预测显示蛋白有跨膜结构，这与跨膜结构分析结果相一致，序列相似度为56%，三级结构预测结果与二级结构相符（图4）。

利用SOMPA预测ScPLR蛋白质二级结构（图3），其中α-螺旋所占比例最大，为38.85%，无规则卷曲为34.89%，延伸链为18.35%，β-转角为7.91%，由此可见，ScPLR为混合型蛋白，α-螺旋和无规卷曲是其主要的结构元件。运用Phyre2数据库预测分析ScPLR蛋白质三级结构，运用Rasmol软件分析Sc PLR基因编码的蛋白质产物三级结构，跨膜螺旋预测显示蛋白有跨膜结构，这与跨膜结构分析结果相一致，序列相似度为56%，三级结构预测结果与二级结构相符（图4）。图4 五味子ScPLR基因编码蛋白质产物的三级结构


本文编号：2992089