黑龙江草蜥线粒体基因组全序列分析及不同地理种群Cytb基因的遗传变异

发布时间：2017-04-11 16:16

  本文关键词：黑龙江草蜥线粒体基因组全序列分析及不同地理种群Cytb基因的遗传变异，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：黑龙江草蜥(Takydromus amurensis)隶属于爬行纲(Reptilia),有鳞目(Squamata),蜥蜴亚目(Lacertiformes),蜥蜴科(Lacertidae),草蜥属(Takydromus),主要分布在我国东北部的长白山脉及其延续地区。本研究主要包括3部分,即黑龙江草蜥线粒体基因组全序列的测定、我国蜥蜴科系统发育的研究及对黑龙江草蜥不同地理种群细胞色素B基因(Cytb)的比较。主要的研究结果如下:1.黑龙江草蜥线粒体基因组全序列总长度为17333 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个控制区(D-loop),与已报道的脊椎动物线粒体基因组结构相似,在进化上具有高度的保守性。线粒体基因组中的碱基含量A为31.23%,C为26.06%,G为13.91%,T为28.8%,A+T含量(60.03%)大于G+C含量(39.97%);GC和AT偏斜值分别为-0.304和0.040。黑龙江草蜥与白条草蜥(T.wolteri)、南草蜥(T.sexlineatus)线粒体基因组全序列比较的结果表明,黑龙江草蜥与白条草蜥的亲缘关系较南草蜥近。2.从线粒体基因组全序列的结构、长度、碱基含量、遗传距离等方面对我国蜥蜴科4属12种蜥蜴进行系统发育研究,结果表明,这12种蜥蜴的线粒体基因组全序列长度为17046~19914 bp,平均长度为18471 bp,结构均由13个蛋白基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1个控制区(D-loop)组成;4种碱基含量中,G的含量最低,平均为13.46%,T和C的含量较为接近,平均为28.99%和26.56%,A的含量最高,平均为30.99%,且A+T的平均含量(59.98%)大于G+C的平均含量(40.02%);4个属的遗传距离表明,地蜥属(Platyplacopus)和草蜥属(Takydromus)的遗传距离最近,为0.207;麻蜥属(Eremias)和草蜥属的遗传距离最远,为0.321。3.对黑龙江草蜥5个地理种群的Cytb基因进行测序和遗传多样性分析,结果表明不同地理种群Cytb基因的序列长度相同,均为1143 bp;27个样本共检测到27个变异位点,占总位点的3%,均为碱基转换和颠换;共定义了13种单倍型,单倍型多态度(Hd)为0.932±0.025,核苷酸多态度(pi)为0.00487±0.00038;Tajima's D和Fu’s FS值检测结果表明,这5个黑龙江草蜥种群相对于中性进化的歧异度并没有明显的偏离(P0.1)。
【关键词】：黑龙江草蜥 线粒体基因组 系统发育 细胞色素B基因
【学位授予单位】：哈尔滨师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：Q953
【目录】：

• 摘要6-7
• Abstract7-9
• 第1章 绪论9-14
• 1.1 线粒体DNA简介9
• 1.2 蜥蜴科系统发育研究进展9-10
• 1.2.1 基于形态特征的系统发育研究9-10
• 1.2.2 基于基因序列的系统发育研究10
• 1.3 草蜥属的系统发育研究10-11
• 1.4 黑龙江草蜥特征及分布11-12
• 1.4.1 形态特征11
• 1.4.2 分布11-12
• 1.5 黑龙江草蜥的研究现状12-13
• 1.6 本课题研究的目的和意义13-14
• 第2章 黑龙江草蜥线粒体基因组全序列的测定14-29
• 2.1 实验材料及方法14-15
• 2.1.1 实验材料与选取数据14
• 2.1.2 引物设计和测序14
• 2.1.3 全序列分析14
• 2.1.4 建立系统发育树14-15
• 2.2 结果与分析15-28
• 2.2.1 黑龙江草蜥基因组全序列的结构及主要特征15-22
• 2.2.2 草蜥属3种蜥蜴线粒体基因组的比较22
• 2.2.3 12种蜥蜴线粒体基因组全序列的长度及比较22-26
• 2.2.4 蜥蜴科4个属的遗传距离26
• 2.2.5 蜥蜴科动物的系统演化26-28
• 2.3 讨论28-29
• 第3章 黑龙江草蜥不同地理种群Cytb基因的比较29-40
• 3.1 实验材料及用品29-31
• 3.1.1 实验材料29-31
• 3.1.2 实验仪器及试剂31
• 3.2 实验方法31-33
• 3.2.1 DNA提取31-32
• 3.2.2 琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA32
• 3.2.3 引物设计及PCR扩增32-33
• 3.3 数据处理33-34
• 3.3.1 序列拼接33
• 3.3.2 序列数据分析33-34
• 3.4 结果和分析34-39
• 3.4.1 黑龙江草蜥基因组DNA的检测34
• 3.4.2 黑龙江草蜥Cytb基因PCR的扩增34-35
• 3.4.3 测序结果35
• 3.4.4 核苷酸序列变异35-36
• 3.4.5 遗传多样性与遗传距离36-38
• 3.4.6 系统发育关系38-39
• 3.5 讨论39-40
• 结论与展望40-41
• 结论40
• 展望40-41
• 参考文献41-45
• 攻读学位期间发表的学术论文45-47
• 致谢47

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本文编号：299479