基于RNA-Seq的3T3-L1前脂肪细胞分化过程中差异表达基因研究
发布时间：2021-01-28 20:29
脂肪细胞不仅是脂肪组织的主要构成组分,而且在整个生命体的新陈代谢稳态调控过程中发挥重要作用。脂肪生成是指由成纤维细胞状的前脂肪细胞发育成为成熟脂肪细胞的过程,并且脂肪生成是一个需要大量转录因子按次序活化的多级精准调控过程,如过氧化物增殖体激活受体γ（peroxisome proliferator activated receptor-γ,PPAR-γ）和CCAAT/增强子结合蛋白（CCAAT/enhancer-binding protein,C/EBP）基因家族。为了研究调控脂肪生成的转录组事件,对3T3-L1前脂肪细胞（D0）和其分化的成熟脂肪细胞（D13）进行了RNA-Seq测序。与前脂肪细胞（D0）相比,成熟脂肪细胞（D13）共有4443个倍性变化≥2.0的差异表达基因。通过对RNA-Seq数据分析,发现在3T3-L1前脂肪细胞脂肪分化过程中甲基固醇单加氧酶1（Methylsterol monooxygenase1,MSMO1）的表达是显著下调的。这表明MSMO1可能是脂肪细胞分化过程中一个新的调控因子,但它在脂肪生成中的作用尚未报道,因此重点对该基因在脂肪生成中的功能进行研究。...
【文章来源】：聊城大学山东省
【文章页数】：48 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
脂肪细胞分化过程及关键调控因子的功能相互关系
2-1. 3T3-L1 前脂肪细胞在体外分化成为成熟脂肪细胞。色；（B）前脂肪细胞(D0)和脂肪细胞(D13)脂肪标志基(**P<0.01. β-actin 作为内参)检测本进行转录组数据分析，由表2-2可见，经过质量（D0-1、D0-2、D13-1和D13-2）RNA完整性指数RIN ≥ 9.0；OD 260/OD 280 ≥ 2.0；28 S/18 S的污染，同时也没有降解，可以用于下一步的RN表 2-2. 样本RNA质量OD 260/OD 280 RIN 22.02 9.1 2.04 9.2 2.03 9.1
肪细胞（D0）和脂肪细胞（D13）中分别获得了约120.5 million和122.8 million的cleeads；在四个样品中，uniquely mapped reads 的范围是43.1~53.9 million；定位到参因组中的比例的范围是88.8 ~ 91.7%（图2-2B）。大约有95.9%的mapped sequeneads定位到外显子区（图2-2C）。总之，这些数据显示RNA-Seq的数据是高质量的表 2-3. 测序数据统计表ample Reads Q20 (%) GC (%)0-1 61216586 93.69 51.760-2 61793042 95.01 51.6713-1 56638666 93.67 53.6713-2 69187806 94.33 53.06注：Q20（%）表示 Phred 数值大于 20 的碱基占总体碱基的百分比，GC content（%）表示 G 和 C 的数量总和占总的碱基数量的百分比。
【参考文献】：
期刊论文
[1]单细胞转录组测序技术原理及其应用[J]. 李丽娟,师书玥,张村宇,贺花,雷初朝,陈宏,黄永震. 中国畜牧杂志. 2019(02)
[2]肉鸡MSMO1基因的克隆及表达模式分析[J]. 徐凤华,宋琪,邢晋祎,孙炜涵. 西南农业学报. 2017(12)
[3]利用RNA-seq技术筛选大白猪皮下和肌内脂肪组织差异表达基因[J]. 黄万龙,张秀秀,李嫒,苗向阳. 遗传. 2017(06)
[4]番茄转录组学研究进展[J]. 刘冠,赵婷婷,杨欢欢,张冬野,姜景彬,李景富,许向阳. 基因组学与应用生物学. 2016(10)
[5]北京鸭腹部脂肪组织的转录组特征分析[J]. 陈黎,李国勤,田勇,沈军达,陶争荣,徐坚,曾涛,卢立志. 浙江农业学报. 2016(05)
[6]基于RNA-Seq识别山羊肉品质候选基因[J]. 孟宪然,杜琛,王静,付绍印,郑竹清,张文广,李金泉. 畜牧兽医学报. 2015(08)
[7]高通量测序技术的发展及其在生命科学中的应用[J]. 杜玲,刘刚,陆健,刘丑生,哈福. 中国畜牧兽医. 2014(12)
博士论文
[1]KLF3和KLF15基因对牛前体脂肪细胞分化和脂质代谢调控研究[D]. 郭红芳.西北农林科技大学 2018
[2]延黄牛脂肪细胞转录组学及相关功能基因对成脂分化作用的研究[D]. 云巾宴.延边大学 2018
[3]基于转录组桑叶DNJ类多羟基生物碱合成关键酶基因的挖掘及分析[D]. 王笃军.江苏大学 2018
[4]铜代谢及铜转运蛋白CTR1在小鼠脂肪组织中的功能研究[D]. 王超.中国农业科学院 2017
[5]猪皮下与内脏脂肪组织mRNA转录组鉴定和差异分析[D]. 王滔.四川农业大学 2013
[6]脂肪细胞分化相关因子基因表达在猪生长过程中的变化规律研究[D]. 姜俊芳.浙江大学 2006
硕士论文
[1]维生素D受体在SD大鼠原代脂肪细胞分化过程中的表达规律及脂质沉积研究[D]. 杨祎琦.陕西理工学院 2016
[2]ATP抑制小鼠3T3-L1前体脂肪细胞增殖的转录组分析[D]. 何刘军.四川农业大学 2016
[3]基于二代测序数据研究神经母细胞瘤中的RNA编辑现象[D]. 史彩萍.华东师范大学 2014
[4]神经肽Y对3T3-L1前脂肪细胞增殖与分化的影响及其作用机制的研究[D]. 唐浩能.中南大学 2012
[5]棕色脂肪组织特异性基因在抵抗肥胖中作用的研究[D]. 孙慧.华中科技大学 2011
[6]西杂牛PPARγ2、PGC-1α、MEF2C基因表达量及其与肌内脂肪含量、嫩度的相关分析[D]. 李健.四川农业大学 2010
[7]骨髓间质干细胞在高脂饲料诱导肥胖大鼠体内的迁移分化[D]. 蒋茂莹.重庆医科大学 2009
[8]野猪、野家杂交猪及家猪LPL基因表达规律及定量比较研究[D]. 丁琳琳.东北农业大学 2008
本文编号：3005642
【文章来源】：聊城大学山东省
【文章页数】：48 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
脂肪细胞分化过程及关键调控因子的功能相互关系
2-1. 3T3-L1 前脂肪细胞在体外分化成为成熟脂肪细胞。色；（B）前脂肪细胞(D0)和脂肪细胞(D13)脂肪标志基(**P<0.01. β-actin 作为内参)检测本进行转录组数据分析，由表2-2可见，经过质量（D0-1、D0-2、D13-1和D13-2）RNA完整性指数RIN ≥ 9.0；OD 260/OD 280 ≥ 2.0；28 S/18 S的污染，同时也没有降解，可以用于下一步的RN表 2-2. 样本RNA质量OD 260/OD 280 RIN 22.02 9.1 2.04 9.2 2.03 9.1
肪细胞（D0）和脂肪细胞（D13）中分别获得了约120.5 million和122.8 million的cleeads；在四个样品中，uniquely mapped reads 的范围是43.1~53.9 million；定位到参因组中的比例的范围是88.8 ~ 91.7%（图2-2B）。大约有95.9%的mapped sequeneads定位到外显子区（图2-2C）。总之，这些数据显示RNA-Seq的数据是高质量的表 2-3. 测序数据统计表ample Reads Q20 (%) GC (%)0-1 61216586 93.69 51.760-2 61793042 95.01 51.6713-1 56638666 93.67 53.6713-2 69187806 94.33 53.06注：Q20（%）表示 Phred 数值大于 20 的碱基占总体碱基的百分比，GC content（%）表示 G 和 C 的数量总和占总的碱基数量的百分比。
【参考文献】：
期刊论文
[1]单细胞转录组测序技术原理及其应用[J]. 李丽娟,师书玥,张村宇,贺花,雷初朝,陈宏,黄永震. 中国畜牧杂志. 2019(02)
[2]肉鸡MSMO1基因的克隆及表达模式分析[J]. 徐凤华,宋琪,邢晋祎,孙炜涵. 西南农业学报. 2017(12)
[3]利用RNA-seq技术筛选大白猪皮下和肌内脂肪组织差异表达基因[J]. 黄万龙,张秀秀,李嫒,苗向阳. 遗传. 2017(06)
[4]番茄转录组学研究进展[J]. 刘冠,赵婷婷,杨欢欢,张冬野,姜景彬,李景富,许向阳. 基因组学与应用生物学. 2016(10)
[5]北京鸭腹部脂肪组织的转录组特征分析[J]. 陈黎,李国勤,田勇,沈军达,陶争荣,徐坚,曾涛,卢立志. 浙江农业学报. 2016(05)
[6]基于RNA-Seq识别山羊肉品质候选基因[J]. 孟宪然,杜琛,王静,付绍印,郑竹清,张文广,李金泉. 畜牧兽医学报. 2015(08)
[7]高通量测序技术的发展及其在生命科学中的应用[J]. 杜玲,刘刚,陆健,刘丑生,哈福. 中国畜牧兽医. 2014(12)
博士论文
[1]KLF3和KLF15基因对牛前体脂肪细胞分化和脂质代谢调控研究[D]. 郭红芳.西北农林科技大学 2018
[2]延黄牛脂肪细胞转录组学及相关功能基因对成脂分化作用的研究[D]. 云巾宴.延边大学 2018
[3]基于转录组桑叶DNJ类多羟基生物碱合成关键酶基因的挖掘及分析[D]. 王笃军.江苏大学 2018
[4]铜代谢及铜转运蛋白CTR1在小鼠脂肪组织中的功能研究[D]. 王超.中国农业科学院 2017
[5]猪皮下与内脏脂肪组织mRNA转录组鉴定和差异分析[D]. 王滔.四川农业大学 2013
[6]脂肪细胞分化相关因子基因表达在猪生长过程中的变化规律研究[D]. 姜俊芳.浙江大学 2006
硕士论文
[1]维生素D受体在SD大鼠原代脂肪细胞分化过程中的表达规律及脂质沉积研究[D]. 杨祎琦.陕西理工学院 2016
[2]ATP抑制小鼠3T3-L1前体脂肪细胞增殖的转录组分析[D]. 何刘军.四川农业大学 2016
[3]基于二代测序数据研究神经母细胞瘤中的RNA编辑现象[D]. 史彩萍.华东师范大学 2014
[4]神经肽Y对3T3-L1前脂肪细胞增殖与分化的影响及其作用机制的研究[D]. 唐浩能.中南大学 2012
[5]棕色脂肪组织特异性基因在抵抗肥胖中作用的研究[D]. 孙慧.华中科技大学 2011
[6]西杂牛PPARγ2、PGC-1α、MEF2C基因表达量及其与肌内脂肪含量、嫩度的相关分析[D]. 李健.四川农业大学 2010
[7]骨髓间质干细胞在高脂饲料诱导肥胖大鼠体内的迁移分化[D]. 蒋茂莹.重庆医科大学 2009
[8]野猪、野家杂交猪及家猪LPL基因表达规律及定量比较研究[D]. 丁琳琳.东北农业大学 2008
本文编号：3005642
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3005642.html
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