基于TCGA数据库的肺腺癌差异基因筛选与EFNA3表达差异验证

发布时间：2021-01-30 19:34

　　[目的]1.通过生物信息学方法,利用R语言及TCGA等生物信息学数据库,筛选在肺癌中差异性表达的基因;2.通过实验对差异表达基因进行验证。[方法]1.使用R语言DEseq包对TCGA数据库LUAD数据集进行筛选,得到差异表达基因;2.GO、KEGG分析差异基因所参与生物功能及通路;3.分子互作分子预测差异基因相互作用因子;4.将EFNA3表达水平与患者预后进行生存分析;5.组织免疫组化与细胞Real Time PCR验证差异基因的表达。[结果]1.TCGA数据库筛选得到3465个表达显著上调的差异表达基因,进一步评估选定EFNA3作为研究靶基因;2.GO、KEGG分析显示EFNA3参与到了细胞间相互作用、轴突导向等生物过程中,并且也参与到了 Ras信号通路、Rap1信号通路、PI3K-Akt信号通路中;3.相互作用因子预测可知EFNA3可与miR210、miR1275等miRNA相互作用;4.生存分析显示EFNA3的表达水平与预后水平呈负相关;5.细胞Real Time PCR显示肺腺癌细胞株中EFNA3的mRNA水平与对照组无统计学差异,而肺癌患者组织切片免疫组化则显示肺癌患者中EF... 

【文章来源】：昆明医科大学云南省

【文章页数】：91 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图３．Ｅｐｈ受体在肿瘤免疫循环中作用模式图Ｅｐｈ受体是ＴＡＡ的来源；Ｅｐｈ??与ｅｐｈｒｉｎ在血管新生过程中的相互作用可调控肿瘤中淋巴细胞迁徙；ＥｐｈＢ受体??还可在肿瘤微环境中作为Ｔ细胞激活的共刺激因子

结果??１差异基因分析结果??使用ＴＣＧＡ数据库ＬＵＡＤ数据集，对肺腺癌组织及其癌旁组织测序数据进??行分析，该数据及包括５３９例肿瘤患者和５９例对照样本的高通量筛选数据，以??Ｆｏｌｄ?ｃｈａｎｇｅ大于２为阈值，总共筛选出３４６５个显著高表达的差异基因＿。我们对??差异表达基因进行了聚类分析，如图１所示，在热图中红色表示升高，蓝色表示??代表下降。得到差异基因后，结合大量的文献查阅及ＧＯ、ＫＥＧＧ分析等，我们??最终把目光集中到了?ＥＦＮ?Ａ３基因。??

图１０．?ＥＦＮＡ３参与肿瘤ｍｉＲＮＡ信号中，红色方格表示ＥＦＮＡ３??Ｆｉｇ?１０．?ＥＦＮＡ３?ｐｌａｙｓ?ａｎ?ｒｏｌｅ?ｉｎＭｉｃｒｏＲＮＡｓ?ｉｎ?ｃａｎｃｅｒ，?ｒｅｄ?ｒｅｃｔａｎｇｌｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ??ＥＦＮＡ３??—?４５?—??

【参考文献】：
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本文编号：3009468