基于TCGA数据库肝细胞癌相关基因筛选及CDK1mRNA表达的预后研究

发布时间：2021-01-31 05:10

　　第一部分:基于TCGA数据库肝细胞癌相关基因的筛选及生物信息学分析目的:通过生物信息学方法,利用R软件从TCGA数据库筛选出肝细胞癌差异性表达的基因,探索肝细胞癌的发病机制。方法:本研究从癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库下载的423个肝细胞癌样本（373个肿瘤样本和50个正常组织样本）的mRNA原始表达数据进行了综合分析,利用R软件和edgeR包筛选出差异表达基因（表达倍数>2倍,P<0.05）,选取表达差异显著上调与下调的前100个基因进行基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析、京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）信号通路富集分析和蛋白互作网络（protein-protein interaction network,PPI network）分析。结果:总共筛选出15508个肝细胞癌中表达显著的基因,其中7010个上调基因,8498个下调基因。GO富集分析总共得到20个条目（P值<0.01,FDR<0.01）,结果显示这... 

【文章来源】：河南大学河南省

【文章页数】：56 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

差异基因火山图（表达倍数>2倍，P<0.05，红色为显著上调，绿色为显著下调）

路（P<0.01）。主要富集于细胞周期、卵母细胞减数分裂、孕激素介导卵母细胞成熟、人T细胞白血病1型病毒感染、p53信号通路、微小RNA在癌症中的作用等信号通路上。（见表1-4）。其中细胞周期信号通路富集程度最高，从图1-3 中可以看出，在所有参与细胞通路的基因中显著表达的有 CCNB2、CCNB1、PLK1、CDC20、CDC6、PKMYT1、CDC25C、CDK1、BUB1、CDKN2A、BUB1B、E2F1、TTK、PTTG1（图1-3中红色标注）。这些基因的注释参考表1-5。表 1-4 KEGG 信号通路富集分析结果ID Term Gene number P-Valuehsa04110 Cell cycle 14 1.06E-12hsa04114 Oocyte meiosis 13 1.08E-11hsa04914 Progesterone-mediated oocyte maturation 9 1.37E-07hsa05166 HTLV-I infection 12 3.57E-07hsa04115 p53 signaling pathway 6 5.20E-05hsa05206 MicroRNAs in cancer 8 3.24E-03hsa04320 Dorso-ventral axis formation 3 9.35E-03hsa04380 Osteoclast differentiation 5 9.59E-03hsa04068 FoxO signaling pathway 5 9.59E-03表 1-5 与细胞周期通路相关的基因注释ID Gene Symbol Description9133 CCNB2 Cyclin B2891 CCNB1 Cyclin B15347 PLK1 Polo Like Kinase 1991 CDC20 Cell Division Cycle 20990 CDC6 Cell Division Cycle 69088 PKMYT1 Protein Kinase, Membrane Associated Tyrosine/Threonine 1995 CDC25C Cell Division Cycle 25C983 CDK1 Cyclin Dependent Kinase 1699 BUB1 BUB1 Mitotic Checkpoint Serine/Threonine Kinase1029 CDKN2

前10个处于蛋白质互作网络中心节点的基因

【参考文献】：
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本文编号：3010263