合浦珠母贝遗传连锁图谱构建、QTL定位及热休克蛋白基因HSP22的克隆与表达研究
发布时间：2021-02-09 07:59
合浦珠母贝（Pinctada fucata）是世界上培育海水珍珠的主要贝种,其分布广泛,在太平洋、印度洋和大西洋的主要热带和温带海洋都有分布。它也是中国重要的海水养殖种类,其培育的珍珠即为闻名遐迩的“南珠”,具有极高的经济价值。中国合浦珠母贝的遗传育种研究经历了十余年的发展,在不同年代提供了针对养殖育种现状和经济需求的多种研究思路及方案,并取得过丰硕成果。随着现代生物技术不断进步发展,各种水产动物包括合浦珠母贝的遗传育种都迎来了新的思考角度和发展机遇。相比传统的家系选育需要多个世代长达十几年的育种年限,现代生物技术能大大加速育种的效率,也能针对种质衰退、养殖环境恶化等现状,提供多水平更精准的遗传育种解决方案。全基因组SNP分型技术能对合浦珠母贝遗传育种工作带来技术上的进步升级,具有广阔的研究及应用前景。为此,本研究以合浦珠母贝为研究对象,开展的研究包括（1）基于GBS简化基因组技术的大规模SNP标记的开发、注释及个体基因分型;（2）利用开发的SNP标记构建高密度遗传连锁图谱,并结合采集的该家系表型信息,进行QTL定位及分析;（3）克隆了合浦珠母贝热休克蛋白基因HSP22,并探究了高温胁...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
合浦珠母贝部分样品基因组DNA琼脂糖凝胶电泳检测结果
上海海洋大学硕士学位论文2.3.3 GBS 测序数据对 978 个合浦珠母贝个体构建了测序文库，并全部获得了测序数据，用 BWA软件将 GBS 测序数据比对到合浦珠母贝参考基因组，通过比对率检测样品与参考基因组的相似程度，全部样品比对率范围为 3.8%~94.0%ǐ根据比对结果统计发现，所有样品获得的标签平均数目为 312,008 个，平均测序深度为 13 ，对参考基因组的覆盖度范围为 0.84%~12.50%，平均覆盖度为 5.43%ǐ为保证分析质量，对所有个体的测序数据进行质控后获得 HighQReads，下图作为示例，是所测样品中的其中л个合浦珠母贝个体质控后 HighQ Reads 的碱基分布和质量分布图，展示了该个体Reads各个位置出现A/C/G/T/N碱基的比例（A）和各个位置上的测序质量分布（B）ǐ可以看出，测序数据的质量主要分布在 Q30以上，表明数据质量较高，这样能保证后续分析的正常进行ǐ
共计获得 129,584 个 SNP 位点，比对率较低且 SNP 分型缺失率高于30%的样品定义为异常样品，异常样品出现 3 个，其信息统计表如表 2-5 所示，剔除异常样品后获得新的分型结果文件，大小为 2,727,057 Kbǐ表 2-5 异常样品信息统计表Tab 2-5Abnormal sample information样品名称 Sample name 分型缺失率 Genotyping missing rateA6.C09.85 41.08%A6.F08.109 95.86%A3.D06.81 95.96%2.3.5 SNP 注释结果SNP 注释用的是 SnpEff 软件，得到详细的 vcf 格式注释结果文件和网页版汇总结果，注释结果涵盖大量信息，图 2-4 是注释结果总览ǐ
【参考文献】：
期刊论文
[1]马氏珠母贝“海选1号”和对照群体生长性状的比较[J]. 陈小宏,蔡强,陈海进,赵军,徐会平. 安徽农业科学. 2018(01)
[2]马氏珠母贝细胞内视黄酸结合蛋白表达及其与类胡萝卜素的相关性分析[J]. 雷超,郑哲,李俊辉,王庆恒,黄荣莲,邓岳文. 南方农业学报. 2017(06)
[3]合浦珠母贝选育组和对照组生长性状相关分析[J]. 郭奕惠,刘宝锁,范嗣刚,张博,陈晓玲,喻达辉. 上海海洋大学学报. 2017(02)
[4]合浦珠母贝章鱼胺受体（OAR）基因的克隆与表达分析[J]. 王德清,李海梅,黄桂菊,张博,范嗣刚,刘宝锁,苏家齐,喻达辉. 南方水产科学. 2017(01)
[5]小分子热休克蛋白的结构与功能[J]. 李艳,张国强,邵东燕,师俊玲,黄庆生,杨慧,李琦,靳明亮. 生命科学. 2017(01)
[6]合浦珠母贝骨形态发生蛋白10（BMP10）基因的克隆与表达分析[J]. 周代志,黄桂菊,刘宝锁,张博,姜松,邓正华,喻达辉. 南方水产科学. 2016(06)
[7]合浦珠母贝完全双列杂交组合生长性状比较[J]. 罗会,刘宝锁,黄桂菊,范嗣刚,喻达辉. 海洋渔业. 2016(06)
[8]马氏珠母贝“南科1号”[J]. 何毛贤,林坚士,刘文广,谢永新. 中国水产. 2016(11)
[9]马氏珠母贝“南珍1号”[J]. 喻达辉,黄桂菊,刘宝锁,范嗣刚,张博,陈明强,郭奕惠,姜松,吴开畅,李有宁,王雨. 中国水产. 2016(10)
[10]热休克蛋白的研究进展[J]. 陈明帅,徐超,宋兴超,刘学庆,邢秀梅,赵家平. 经济动物学报. 2016(01)
博士论文
[1]牡蛎生长与高温耐受性状的遗传解析[D]. 王金鹏.中国科学院研究生院(海洋研究所) 2016
[2]虾夷扇贝橘红色闭壳肌产生的原因及其在育种中的应用[D]. 李宁.中国海洋大学 2009
硕士论文
[1]类胡萝卜素含量和SCD基因表达水平对合浦珠母贝高温适应性的影响[D]. 孟子豪.上海海洋大学 2017
[2]马氏珠母贝SNP标记开发与其生长性状的关联分析[D]. 温海洋.海南大学 2014
[3]栉孔扇贝、海湾扇贝热休克蛋白22基因的克隆和表达及其与栉孔扇贝抗热性状相关SNP位点的筛查[D]. 张蕾.中国海洋大学 2009
本文编号：3025325
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：78 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
合浦珠母贝部分样品基因组DNA琼脂糖凝胶电泳检测结果
上海海洋大学硕士学位论文2.3.3 GBS 测序数据对 978 个合浦珠母贝个体构建了测序文库，并全部获得了测序数据，用 BWA软件将 GBS 测序数据比对到合浦珠母贝参考基因组，通过比对率检测样品与参考基因组的相似程度，全部样品比对率范围为 3.8%~94.0%ǐ根据比对结果统计发现，所有样品获得的标签平均数目为 312,008 个，平均测序深度为 13 ，对参考基因组的覆盖度范围为 0.84%~12.50%，平均覆盖度为 5.43%ǐ为保证分析质量，对所有个体的测序数据进行质控后获得 HighQReads，下图作为示例，是所测样品中的其中л个合浦珠母贝个体质控后 HighQ Reads 的碱基分布和质量分布图，展示了该个体Reads各个位置出现A/C/G/T/N碱基的比例（A）和各个位置上的测序质量分布（B）ǐ可以看出，测序数据的质量主要分布在 Q30以上，表明数据质量较高，这样能保证后续分析的正常进行ǐ
共计获得 129,584 个 SNP 位点，比对率较低且 SNP 分型缺失率高于30%的样品定义为异常样品，异常样品出现 3 个，其信息统计表如表 2-5 所示，剔除异常样品后获得新的分型结果文件，大小为 2,727,057 Kbǐ表 2-5 异常样品信息统计表Tab 2-5Abnormal sample information样品名称 Sample name 分型缺失率 Genotyping missing rateA6.C09.85 41.08%A6.F08.109 95.86%A3.D06.81 95.96%2.3.5 SNP 注释结果SNP 注释用的是 SnpEff 软件，得到详细的 vcf 格式注释结果文件和网页版汇总结果，注释结果涵盖大量信息，图 2-4 是注释结果总览ǐ
【参考文献】：
期刊论文
[1]马氏珠母贝“海选1号”和对照群体生长性状的比较[J]. 陈小宏,蔡强,陈海进,赵军,徐会平. 安徽农业科学. 2018(01)
[2]马氏珠母贝细胞内视黄酸结合蛋白表达及其与类胡萝卜素的相关性分析[J]. 雷超,郑哲,李俊辉,王庆恒,黄荣莲,邓岳文. 南方农业学报. 2017(06)
[3]合浦珠母贝选育组和对照组生长性状相关分析[J]. 郭奕惠,刘宝锁,范嗣刚,张博,陈晓玲,喻达辉. 上海海洋大学学报. 2017(02)
[4]合浦珠母贝章鱼胺受体（OAR）基因的克隆与表达分析[J]. 王德清,李海梅,黄桂菊,张博,范嗣刚,刘宝锁,苏家齐,喻达辉. 南方水产科学. 2017(01)
[5]小分子热休克蛋白的结构与功能[J]. 李艳,张国强,邵东燕,师俊玲,黄庆生,杨慧,李琦,靳明亮. 生命科学. 2017(01)
[6]合浦珠母贝骨形态发生蛋白10（BMP10）基因的克隆与表达分析[J]. 周代志,黄桂菊,刘宝锁,张博,姜松,邓正华,喻达辉. 南方水产科学. 2016(06)
[7]合浦珠母贝完全双列杂交组合生长性状比较[J]. 罗会,刘宝锁,黄桂菊,范嗣刚,喻达辉. 海洋渔业. 2016(06)
[8]马氏珠母贝“南科1号”[J]. 何毛贤,林坚士,刘文广,谢永新. 中国水产. 2016(11)
[9]马氏珠母贝“南珍1号”[J]. 喻达辉,黄桂菊,刘宝锁,范嗣刚,张博,陈明强,郭奕惠,姜松,吴开畅,李有宁,王雨. 中国水产. 2016(10)
[10]热休克蛋白的研究进展[J]. 陈明帅,徐超,宋兴超,刘学庆,邢秀梅,赵家平. 经济动物学报. 2016(01)
博士论文
[1]牡蛎生长与高温耐受性状的遗传解析[D]. 王金鹏.中国科学院研究生院(海洋研究所) 2016
[2]虾夷扇贝橘红色闭壳肌产生的原因及其在育种中的应用[D]. 李宁.中国海洋大学 2009
硕士论文
[1]类胡萝卜素含量和SCD基因表达水平对合浦珠母贝高温适应性的影响[D]. 孟子豪.上海海洋大学 2017
[2]马氏珠母贝SNP标记开发与其生长性状的关联分析[D]. 温海洋.海南大学 2014
[3]栉孔扇贝、海湾扇贝热休克蛋白22基因的克隆和表达及其与栉孔扇贝抗热性状相关SNP位点的筛查[D]. 张蕾.中国海洋大学 2009
本文编号：3025325
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