基于生物信息学筛选炎症相关结直肠癌基因及其特征分析

发布时间：2021-02-10 23:53

　　目的通过对炎症性肠病差异基因的筛选以及结直肠癌队列生存特征和表达模式的探究,为炎症相关结直肠癌的发生与发展的后续研究提供候选基因。方法从GEO数据库中选择RNA测序表达谱数据集GSE95473和GSE107597,通过常规转录组表达谱差异分析,筛选出炎症性肠病差异表达基因（DEG）,利用GO数据库获取DEG的功能注释,并利用KEGG数据库进行通路富集分析。同时基于TCGA数据库进一步在结直肠癌数据集中筛选具有预后意义的基因,并评价其在结直肠肿瘤中的表达特征。结果两个数据集筛选到了共有DEGs 100个,通过主成分分析证实这些基因能够对结直肠癌肿瘤和黏膜区分良好。进一步筛选,获得ALDOB,SPINK4,REG4,IL1B,C2CD4A,CXCL8,NOS2,CXCL3等候选基因。这些基因在结直肠肿瘤中高表达,并且这些基因的高表达往往提示患者预后较好。结论 ALDOB,SPINK4,REG4,IL1B,C2CD4A,CXCL8,NOS2,CXCL3可能在炎症相关结直肠癌的发生发展中发挥重要作用,有待于后续炎癌转化相关功能验证和机制探究。 

【文章来源】：中华结直肠疾病电子杂志. 2020,9(03)

【文章页数】：9 页

【文章目录】：
资料与方法
    一、在GEO数据库中筛选炎症性肠病相关基因
    二、功能富集分析
    三、通过TCGA进一步筛选结直肠癌预后相关基因及数据库内验证
    四、统计学分析
结 果
    一、GEO数据库中炎症性肠病相关基因筛选结果
    二、炎症性肠病相关差异表达基因的功能富集分析
    三、通过TCGA筛选出提示结直肠癌预后不良的基因
    四、在TCGA数据库中探索候选基因在结直肠癌中的表达模式
讨 论



本文编号：3028180