甲状腺乳头状癌预后不良相关基因的生物信息学分析

发布时间：2021-02-14 18:12

　　目的通过甲状腺乳头状癌（papillary thyroid carcinoma,PTC）生物信息学分析,获取与PTC预后显著相关的基因,为PTC的发病机制提供理论依据。方法从NCBI的GEO Databases数据库检索PTC的芯片数据GSE3678、GSE33630和GSE82208,三组基因芯片共包含94例PTC及77例癌旁组织基因表达谱。使用GEO2R工具分析PTC与癌旁组织差异表达的基因;将共表达的基因导入可视化数据库（the database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID）进行基因富集分析（gene ontology,GO）和信号通路分析（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）;使用STRING和Cytoscape进行蛋白质互作网络分析（protein-protein interaction,PPI）;使用GEPIA分析核心基因的生存信息。随后培养PTC细胞株,收集52例临床组织样本,分别验证FN1在PTC组织样本和细胞中的表达情况。结... 

【文章来源】：右江医学. 2020,48(07)

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

三组基因表达芯片的Venn分析

基因芯片的火山图分析,差异表达倍数 |logFC| >2

共有52例临床样本纳入研究,FN1在31例(59.61%)PTC组织中呈上调表达,平均表达倍数变化为(3.75±5.90)倍。见图6A、图6C。与Nthy-ori 3-1细胞相比,BCPAP和TPC-1中FN1的表达水平分别提高了(4.75±1.12)倍、(11.89±3.53)倍(均P<0.01)。见图6B。表明FN1在PTC组织和细胞中的表达增加,可能与PTC病情进展相关。图4 DEGs蛋白质网络互作分析

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3033632