榔梅果实转录组分析及其柠檬酸生物合成途径关键酶基因结构与功能预测

发布时间：2021-02-15 10:41

　　榔梅作为孑遗树种,果实极具药用价值。为研究榔梅柠檬酸的生物合成途径,采用Illumina HiSeq XTen高通量测序技术对榔梅果实进行转录组测序,经过拼接组装后得到38 936条unigene,其中28 311条unigene被公共数据库成功注释,15 193条unigene映射到265条KEGG代谢通路;18 908条unigene可归类到59个GO功能亚类。在柠檬酸合成与代谢途径中,共有103条unigene编码15个关键酶参与柠檬酸循环。对柠檬酸合酶进行序列分析和同源建模,结果显示榔梅的柠檬酸合酶是以α螺旋为主的同源二聚体蛋白,酶的活性中心氨基酸高度保守。该研究为榔梅果实中柠檬酸生物合成途径的解析奠定了基础,促进了榔梅基因资源的保护和开发。 

【文章来源】：中国中药杂志. 2020,45(19)北大核心

【文章页数】：11 页

【部分图文】：

组装的转录本序列长度分布

表2 unigene注释结果统计Table 2 Statistics of unigene annotated results 数据库 unigene/条 占比/% CDD 20 180 51.83 TrEMBL 25 982 66.73 NR 26 426 67.87 NT 18 350 47.13 KEGG 15 193 39.02 Swiss-Prot 19 830 50.93 Pfam 18 023 46.29 GO 18 908 48.56 KOG 14 688 37.722.2.2 KOG分类

榔梅转录组的KOG分类

【参考文献】：
期刊论文
[1]多花黄精甾体皂苷生物合成途径分析及关键酶基因研究[J]. 单春苗,王晨凯,施圆圆,张声祥,赵历强,吴家文.  中国中药杂志. 2020(12)
[2]基于多花黄精转录组的多糖及薯蓣皂苷生物合成路径研究[J]. 祝明珠,俞年军,王秋丽,周安,顾晓,韩荣春,童小慧,彭代银.  中国中药杂志. 2020(01)
[3]蕲蛇毒腺的转录组分析及蛇毒蛋白功能基因的挖掘[J]. 张声祥,施圆圆,单春苗,王涛,汪振兴,汪胜松,吴家文.  中国中药杂志. 2019(22)
[4]基于转录组数据对七叶树中三萜皂苷合成途径的研究[J]. 魏一丁,熊超,张天缘,高翰,尹青岗,姚辉,孙伟,胡志刚,陈士林.  中国中药杂志. 2019(06)
[5]基于Illumina MiSeq高通量测序分析黄芪内生真菌的多样性[J]. 刘蓬蓬,陈江宁,贾天柱.  中国实验方剂学杂志. 2018(12)
[6]川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发[J]. 袁灿,彭芳,杨泽茂,钟文娟,牟方生,龚一耘,戢沛城,蒲德强,黄海燕,杨晓,张超.  中国中药杂志. 2017(17)
[7]基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析[J]. 谢冬梅,俞年军,黄璐琦,彭代银,刘丛彬,朱月健,黄浩.  中国中药杂志. 2017(15)
[8]油茶柠檬酸合成酶（CS）基因的克隆和表达分析[J]. 叶思诚,姚小华,王开良,林萍,龚洪恩,卓仁英.  植物研究. 2016(04)
[9]柑橘果实柠檬酸降解代谢途径与调控研究进展[J]. 杨滢滢,高阳,郑嘉鹏,甘武,向妙莲,陈明,陈金印.  江西农业大学学报. 2016(03)
[10]柠檬酸发酵工艺新进展[J]. 肖克.  食品安全导刊. 2015(27)

硕士论文
[1]小金海棠柠檬酸合成酶基因MxCS2的克隆与功能分析[D]. 石岩.东北农业大学 2016



本文编号：3034693