马氏珠母贝类胡萝卜素代谢相关基因的筛选及SNP分析

发布时间：2021-02-24 04:53

　　本研究以马氏珠母贝类胡萝卜素高含量个体（HC）与类胡萝卜素低含量个体（LC）为材料进行RNA-Seq测序,筛选类胡萝卜素代谢相关差异基因,并用实时荧光定量PCR技术（qRT-PCR）对相关基因在马氏珠母贝不同组织的表达模式进行探究。对PmSR-BI-b、PmβCDIOX基因的外显子区和5′调控区SNP标记与类胡萝卜素含量相关性分析,筛选优异基因型。主要研究结果如下:1、本研究利用Illumina测序技术对类胡萝卜素高含量和类胡萝卜素低含量个体的闭壳肌进行RNA-Seq测序,两个样本之间发现18,527个差异表达基因,以LC为对照组,其中12,253个上调,6,274个下调;以FDR≤0.001且倍数差异在2倍以上为条件进行显著差异基因的筛选,发现上调的基因有867个,下调的基因有158个。富集到了2条与类胡萝卜素代谢相关的pathway,分别是脂肪酸生物合成,脂肪的消化和吸收。2、结合unigene注释与动物体内类胡萝卜素代谢通路,筛选4个可能参与贝类胡萝卜素代谢的基因（PmApoL2、PmSR-BI-a、PmSR-BI-b与PmβCDIOX）,利用cDNA末端快速扩增技术获得候选基因... 

【文章来源】：广东海洋大学广东省

【文章页数】：99 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
1 文献综述
    1.1 类胡萝卜素结构、分布与功能
    1.2 水产动物体内类胡萝卜素的研究进展
    1.3 类胡萝卜素在动物体内的转运与代谢
    1.4 新一代高通量测序技术的转录组测序（RNA-seq）
        1.4.1 新一代高通量测序技术简介
        1.4.2 新一代高通量测序技术的转录组测序的应用
    1.5 单核苷酸多态性（SNP）简介与应用
        1.5.1 单核苷酸多态性的特点
        1.5.2 单核苷酸多态性分型方法
        1.5.3 SNP在水产动物遗传学与育种学研究中的运用
    1.6 贝类类胡萝卜素抗逆性的研究
    1.7 本研究的目的及意义
    1.8 本研究的技术路线
2 RNA-seq技术筛选类胡萝卜素代谢相关差异基因
    2.1 材料与方法
        2.1.1 实验材料
        2.1.2 实验方法
    2.2 实验结果与分析
        2.2.1 类胡萝卜素含量与RNA质量的检测
        2.2.2 测序结果及质量分析
    2.3 讨论
3 马氏珠母贝类胡萝卜素代谢相关基因的克隆和表达分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 实验材料
        3.1.2 实验方法
    3.2 实验结果与分析
        3.2.1 候选基因的克隆
        3.2.2 候选基因的生物学信息分析
    3.3 候选基因的组织特异性表达分析
    3.4 讨论
4 PmSR-BI-b和PmβCDIOX基因SNPs的筛选及与类胡萝卜素含量的关联性分析
    4.1 实验材料
        4.1.1 实验动物
        4.1.2 主要试剂
        4.1.3 主要仪器
    4.2 实验方法
        4.2.1 基因组DNA提取
        4.2.2 闭壳肌总类胡萝卜素的提取
        4.2.3 PmSR-BI-b和PmβCDIOX外显子区与5′调控区重测序实验
        4.2.4 SNP位点与类胡萝卜素含量相关性分析
    4.3 实验结果与分析
        4.3.1 PmSR-BI-b外显子区和5′调控区SNP位点的遗传多态性分析
        4.3.2 PmSR-BI-b基因SNP位点的连锁不平衡分析
        4.3.3 PmSR-BI-b基因位点及单倍型与类胡萝卜素含量的关联分析
        4.3.4 PmβCDIOX基因外显子区和5′调控区SNP位点的遗传多态性分析
        4.3.5 PmβCDIOX基因SNP位点的连锁不平衡分析
        4.3.6 PmβCDIOX基因位点及单倍型与类胡萝卜素含量的关联分析
    4.4 讨论
5 外显子区非同义突变点的验证
    5.1 材料与方法
        5.1.1 实验材料
        5.1.2 实验方法
    5.2 实验结果与分析
A的验证">        5.2.1 PmSR-BI-b基因位点g.87315G>A的验证
A的验证">        5.2.2 PmβCDIOX位点g.204216T>A的验证
    5.3 讨论
6 结论
参考文献
附录1 PmSR-BI-b外显子区和5′调控区引物序列
附录2 PmβCDIOX外显子区物序列
附录3 PmβCDIOX5′调控区引物序列
附录4 PmSR-BI-b基因分型电泳图
附录5 PmβCDIOX基因分型电泳图
致谢
作者简介
导师简介


【参考文献】：
期刊论文
[1]马氏珠母贝载脂蛋白-2基因的克隆与表达分析[J]. 雷超,郑哲,王庆恒,黄荣莲,邓岳文,李俊辉.  广东海洋大学学报. 2017(03)
[2]马氏珠母贝肌肉生长抑制素基因eSNP多态性与生长性状的关联分析[J]. 黄文,李琴,林坚士,何毛贤.  海洋通报. 2016(01)
[3]家禽及哺乳动物类胡萝卜素氧化酶BCMO1及BCO2研究进展[J]. 王艳,舒鼎铭.  中国家禽. 2015(20)
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[5]类胡萝卜素代谢及功能研究进展[J]. 靳青,毕宇霖,刘晓牧,万发春.  动物营养学报. 2014(12)
[6]不同颜色珍珠层的三角帆蚌组织中类胡萝卜素含量的分析[J]. 闻海波,聂志娟,曹哲明,华丹,顾若波,徐跑.  大连海洋大学学报. 2012(03)
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博士论文
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[7]鲤连锁图谱及生长、肉质性状QTL定位研究[D]. 郑先虎.上海海洋大学 2012
[8]家蚕B型清道夫受体（Class B Scavenger Receptor）基因的克隆鉴定及功能研究[D]. 董占鹏.西南大学 2011
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硕士论文
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[2]大菱鲆生长性状相关SNP位点的筛选鉴定及生物信息学分析[D]. 田涛.上海海洋大学 2016
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[7]“黄海2号”中国对虾高通量SNP筛选及其与抗WSSV性状的关联分析[D]. 逄锦菲.上海海洋大学 2013
[8]HRM技术在大豆异黄酮合成关键酶基因SNP分型中的研究应用[D]. 焦丽.吉林大学 2012
[9]家蚕基因Cameo2与CBP对叶黄素转运的功能初探[D]. 黄茂华.西南大学 2012
[10]马氏珠母贝生长与生物矿化相关基因的SNP标记开发[D]. 张楠.海南大学 2012



本文编号：3048816