胰腺癌生物信息学分析与BCLAF1基因功能验证

发布时间：2021-02-26 19:20

　　第一部分:胰腺疾病的生物信息学分析目的:本课题组前期的蛋白质组学研究筛选胰腺癌患者与胰腺良性肿瘤,慢性胰腺炎与正常胰腺组织之间的差异表达蛋白,探究胰腺癌的发病机制,为胰腺疾病的基因诊断和治疗提供导向。方法:通过本课题组前期的蛋白质组学分析得出的数据,结合Uni Prot数据库筛除反库、污染库、无定量值蛋白。使用R软件对上述每组的差异蛋白分别进行GO和Pathway的分析,通过交互基因检索工具的数据库构建PPI网络,结合Cytoscape处理模块,统计蛋白Z-score。结果:筛出匹配蛋白3927个,胰腺癌组差异蛋白有258个,上调203个,下调55个,功能基因涉及106个相关term;良性胰腺肿瘤组差异蛋白有72个,上调60个,下调12个,功能基因涉及涉及70个相关term;慢性胰腺炎组差异蛋白有205个,上调161个,下调44个,功能基因涉及涉及106个相关term。结论:本文从生物信息学方向寻找胰腺癌、良性胰腺肿瘤、慢性胰腺炎的相干蛋白,鉴定了这些胰腺疾病在分子水平的差异表达和功能特征,为胰腺疾病的治疗提供潜在的治疗靶点。第二部分:胰腺导管腺癌中BCLAF1蛋白的表达及临床意义目的... 

【文章来源】：安徽医科大学安徽省

【文章页数】：59 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

差异蛋白火山图：X轴为差异蛋白质的倍数（log2），Y轴为Pvalue（-log10值），深色点是不显著蛋白质，红点为上调的蛋白质，绿点为下调的蛋白质

安徽医科大学硕士学位论文12图2差异蛋白的GO富集分析：选取每个功能注释本体前5个作图，功能注释本体代表富集的P值从小到大排列。左侧为上调差异基因富集图，右侧为下调差异基因图。三个图从上至下依次对应的为：PC，BPT，CP。红色、绿色、蓝色分别为生物学过程、细胞学组分、分子生物学功能。

安徽医科大学硕士学位论文13图3差异蛋白参与的信号通路：圆圈的直径为参与该通路的蛋白数；点的颜色代表则富集蛋白的显著程度。图ABC依次对应为PC、BPT、CP上调的差异蛋白富集通路；图DEF依次对应为PC、BPT、CP下调的差异蛋白富集通路。结果显示：胰腺癌高表达基因与41个BP、31个CC以及24个MF有关。其主要涉及蛋白靶向内质网、共翻译转运、翻译起始、内质网应激等过程；主要作用于核糖体，胞质、细胞-基质粘附连接、细胞-底物连接、细胞外基质；分子功能主要包括与rRNA、嘌呤核苷、细胞外基质等结合，影响转氨酶、丝氨酸水解酶、谷胱甘肽过氧化物酶、金属内肽酶抑制剂活性。低表达基因与8个CC以及2个MF有关。通路分析发现，癌差异基因主要与SRP依赖的共翻译蛋白靶向膜、真核翻译延伸、肽链延伸等、补体级联等调节有关。胰腺良性肿瘤高表达基因与27个BP、13个CC以及21个MF。其中包括血小板脱粒、一氧化氮调节的信号转导、血管生成的调节过程等。低表达基因涉及9个BP。通路分析发现，高表达基因主要细胞外基质、胶原链三聚化、整合素细胞表面相互作用有关。而低表达基因则与金属硫蛋白、金属离子的反应有关慢性胰腺炎高表达基因与179个BP、63个CC以及40个MF有关。低表达基因与10个BP、2个CC以及4个MF有关。其中参与中性脂质、甘油酸酯分


本文编号：3053050