Na + /H + 逆向转运蛋白基因家族在杨属种间的分子进化

发布时间：2021-03-11 02:16

　　杨属,作为具有重要经济和生态价值的落叶乔木树种,其分布覆盖整个北半球树木分布的临界范围。不同杨属树种基因组全序列的测定,为通过比较关键等位基因的变异来研究不同杨属树种对不同环境的适应机制提供了基础。本研究以毛果杨基因组为参照序列共设计64对特异性引物,对杨属29个树种Na⁺/H⁺逆向转运蛋白基因家族（10个基因）进行全长PCR扩增,运用CodonCode Aligner软件对序列数据进行校对;通过PAML计算来检测目的基因是否在不同树种间发生了结构变异和适应性进化;用DnaSP、MEGA和ARLEQUIN等软件进行DNA多态性分析,计算每个种的单倍型遗传多样性,并通过HKA和MKPRF等软件对数据进行计算和中性检验,揭示Na⁺/H⁺逆向转运蛋白基因家族在杨属种间的分子进化机制。结果表明:白杨组的NHX5基因和胡杨组的NHX6、SOS1基因能够检测到正选择信号;Na⁺/H⁺逆向转运蛋白家族基因在胡杨和灰杨野生群体中普遍经历了适应性进化。同时,研究发现胡杨组的... 

【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：64 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
中文摘要
Abstract
前言
    1.1 杨属树种的系统发育
    1.2 正选择
    1.3 基因重复
+/H⁺ 逆向转运蛋白基因家族">    1.4 Na⁺/H⁺ 逆向转运蛋白基因家族
    1.5 本研究的意义
+/H⁺逆向转运蛋白在杨属种间的进化">第二章 Na⁺/H⁺逆向转运蛋白在杨属种间的进化
    2.1 材料与方法
        2.1.1 材料
        2.1.2 引物设计
        2.1.3 杨属基因组DNA提取及凝胶电泳
        2.1.4 基因片段的扩增
    2.2 数据整理与分析
        2.2.1 序列校对
        2.2.2 数据分析
    2.3 结果
        2.3.1 位点模型检验
        2.3.2 分枝模型检验
        2.3.3 分枝位点模型检验
    2.4 讨论
+/H⁺逆向转运蛋白在胡杨、灰杨中的自然选择">第三章 Na⁺/H⁺逆向转运蛋白在胡杨、灰杨中的自然选择
    3.1 实验材料与方法
        3.1.1 材料收集以及样品数量的确定
        3.1.2 引物设计与筛选
    3.2 数据处理与分析
        3.2.1 数据处理
        3.2.2 数据分析
    3.3 结果
        3.3.1 核苷酸多态性
        3.3.2 多态性与差异性
    3.4 讨论
        3.4.1 遗传多样性与种群分化
        3.4.2 自然选择
第四章 胡杨SOS1基因重复与功能互补
    4.1 实验材料及仪器
        4.1.1 实验材料
        4.1.2 试剂
        4.1.3 酶与试剂盒
        4.1.4 质粒与菌株
        4.1.5 实验仪器
    4.2 实验方法
        4.2.1 胡杨RNA的提取
        4.2.2 反转录
        4.2.3 胡杨SOS1b的扩增及胶回收
        4.2.4 胡杨SOS1b的连接、转化、测序及鉴定
        4.2.5 表达载体的构建
        4.2.6 胡杨SOS1b功能互补分析
    4.3 实验结果
        4.3.1 胡杨总RNA的提取
        4.3.2 PeSOS1b基因克隆与筛选
        4.3.3 表达载体的构建与鉴定
        4.3.4 生长曲线的测定
    4.4 讨论
第五章 结论
参考文献
硕士期间发表论文
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]植物进化中的正选择作用[J]. 高远,田李,秦松.  植物学通报. 2008(04)
[2]用ITS序列研究杨属各组之间的系统发育关系[J]. 史全良,诸葛强,黄敏仁,王明庥.  植物学报. 2001(03)
[3]大青杨及其近缘种的遗传变异和系统关系研究[J]. 苏晓华,张绮纹,张望东,卞祖娴.  林业科学. 1996(02)
[4]世界杨柳科植物的起源、分化和地理分布[J]. 丁托娅.  云南植物研究. 1995(03)

博士论文
[1]川西青杨组（Section Tacamahaca Spach）不同种的亲缘关系分析[D]. 陈珂.中国科学院研究生院（成都生物研究所） 2007
[2]杨属AFLP遗传多样性研究和杨树品种分子指纹图谱构建[D]. 宋红竹.中国林业科学研究院 2006



本文编号：3075687