基于生物信息学分析的肺腺癌诊断及预后相关基因筛选

发布时间：2021-03-31 18:36

　　本文运用生物信息学方法分析肺腺癌潜在的诊断及预后基因,并从分子和蛋白水平上探究其潜在的发病机制。从基因表达数据库（GEO）下载GSE63459、GSE27262和GSE75037的表达数据,将3个微阵列数据集整理取得差异表达基因,得出包括上调82个、下调273个的差异基因,并通过DAVID数据挖掘平台对这些差异基因进行功能及通路富集分析。基因本体（GO）富集分析显示:基因产物与胶原蛋白分解代谢、血管生成以及细胞黏附等生物过程密切相关,主要参与组成细胞外基质、胞外区域、胞外体、胶原三聚体等细胞组分,且主要发挥调节金属内肽酶活性、肝素结合、调节受体活性等分子功能;京都基因基因组百科全书（KEGG）分析主要涉及胞外基质-受体信号通路、黏着斑信号通路、转化生长因子-β（TGF-β）信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K-Akt）信号通路等相关通路。运用STRING在线数据库并结合Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互助（PPI）网络,筛选出最重要的基因模块及10个关键基因,利用Kaplan-Meier曲线分析预后,利用GEPIA和THPA在线数据库从基因和蛋白水平来验证分析关键基因与患者的预... 

【文章来源】：激光生物学报. 2020,29(05)

【文章页数】：11 页

【部分图文】：

差异基因的韦恩图、最重要的DEGs模块和蛋白互助网络图

关键基因的差异表达热图和生物学过程分析

9个核心基因总生存率分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]COL1A1敲除抑制卵巢癌细胞 ES-2增殖[J]. 钱若文轩,杨柳青,石子晴,陈子彦,胡汉寅,邹尚朴,朱恒延,潘巍巍.  中国病理生理杂志. 2020(01)
[2]SPP1对人结直肠癌细胞侵袭、转移及上皮间质化的影响[J]. 巩发海,杨宝,孙书豪,陈托,彭根远,李海.  宁夏医科大学学报. 2019(06)
[3]CTHRC1调控COL1A1过表达促进胃癌细胞增殖的研究[J]. 汤月良,梁永艺,邓冠群,黄延年.  解放军医学杂志. 2019(06)
[4]MMP9、TIMP1、CCL21在结直肠癌患者血清中的表达水平及与预后的关系[J]. 张观朝,徐兵,陈智年.  癌症进展. 2019(05)
[5]Biomarker identification and trans-regulatory network analyses in esophageal adenocarcinoma and Barrett’s esophagus[J]. Jing Lv,Lei Guo,Ji-Han Wang,Yu-Zhu Yan,Jun Zhang,Yang-Yang Wang,Yan Yu,Yun-Fei Huang,He-Ping Zhao.  World Journal of Gastroenterology. 2019(02)
[6]NOX-4调控PI3K信号通路参与TGF-β1诱导肺癌细胞表达Ⅰ型胶原蛋白[J]. 董年,余垭妮,吴登敏,王蓓蓓,应赵建,裘丹萍,董莉,陈成水.  中国病理生理杂志. 2018(06)
[7]浸润性肺腺癌组织上调表达基因的筛选及验证[J]. 刘超武,续力云,陈军,乐涵波.  浙江医学. 2018(03)
[8]萝卜硫素对结直肠癌SW620细胞增殖、凋亡及迁移的影响[J]. 罗真真,张震,乔亚敏,陈新峰,黄岚,张毅.  郑州大学学报(医学版). 2017(03)
[9]肿瘤标志物在肺癌的早期诊断及预后评估中的研究进展[J]. 王柳倩,马为.  现代肿瘤医学. 2014(12)
[10]NF-κB对人结肠癌细胞上皮间质转化及侵袭转移的影响[J]. 刘宝玉,黄杰安,刘诗权,李素艳,徐春燕,梁梦紫,谭林,覃蒙斌.  世界华人消化杂志. 2014(23)



本文编号：3111891