N-myc下游调控基因家族在肝细胞癌中的诊断及预后价值

发布时间：2021-04-09 15:54

　　目的基于生物信息挖掘技术,分析N-myc下游调控基因（NDRG）家族在肝细胞癌（HCC）患者组织中的表达情况及与病理特征和预后的相关性。方法利用ONCOMINE、GEPIA和Kaplan-Meier Plotter挖掘了HCC患者的NDRG表达和生存数据。共收集419例HCC组织的基因表达数据分析NDRG家族表达差异,将其分为肝癌组（n=369）和正常肝组织组（n=50）。生存分析共收集364例HCC组织的NDRG家族基因表达数据,分为低表达组[NDRG1（212例）、NDRG2（185例）、NDRG3（182例）、NDRG4（184例）]和高表达组[NDRG1（152例）、NDRG2（179例）、NDRG3（182例）、NDRG4（180例）]。计量资料两组间比较采用t检验,多组间比较采用单因素方差分析,进一步比较采用Dunnett-t检验;生存分析采用log-rank检验。结果 HCC组织中NDRG1/3的表达水平高于正常肝组织,而NDRG2在癌组织中的表达水平低于正常肝组织（P值均<0. 05）。不同病理分期NDRG1/2/3/4表达差异组间比较差异均有统计学意义（F值分别... 

【文章来源】：临床肝胆病杂志. 2020,36(06)北大核心

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

NDRG家族mRNA高低转录水平的生存差异

利用ONCOM-INE数据库比较不同类型癌组织与正常组织中的NDRG家族的转录水平(图1)。对Chen Liver的数据集中197个标本进行测序发现，与正常肝组织相比，HCC中的NDRG1和NDRG3过表达(P值均<0.05)，但NDRG4在HCC组织中的表达低于正常肝组织(P=0.657)(表1)。对Wurmbach Liver数据集75个标本进行测序发现，与正常肝组织相比，HCC中NDRG2低表达(P=1.000)(表1)。因差异倍数log2FC<2，进一步进行亚组分析。从GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/?acc=GSE6764)中检索Wurmbach Liver的测序数据，分析NDRG2在HCC不同病理分期的转录水平，各分期分别与正常肝组织比较差异均有统计学意义(P值均<0.05)(图2)。

对Wurmbach Liver数据集75个标本进行测序发现，与正常肝组织相比，HCC中NDRG2低表达(P=1.000)(表1)。因差异倍数log2FC<2，进一步进行亚组分析。从GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/?acc=GSE6764)中检索Wurmbach Liver的测序数据，分析NDRG2在HCC不同病理分期的转录水平，各分期分别与正常肝组织比较差异均有统计学意义(P值均<0.05)(图2)。2.2 NDRG家族mRNA水平与HCC临床病理特征的关系


本文编号：3127900