地塞米松诱导小鼠胚胎腭裂发生中相关差异表达基因的生物信息学分析

发布时间：2021-04-18 06:28

　　目的地塞米松（DEX）是经典的构建动物腭裂模型的药物,但目前尚未有学者对其诱导动物腭裂发生中的基因表达变化进行测序研究,文章试图利用DEX诱导小鼠腭裂发生的模型进行基因测序,以构建完整的差异表达基因库。方法胚胎第10.5天（E10.5）时随机数字表法将孕鼠分为DEX组与等渗盐水组,DEX组按照6 mg/kg的浓度腹腔注射DEX（DEX预先溶于等渗盐水中,于E10.5-12.5每天同一时间连续注射3 d）,等渗盐水组则按照同样剂量和同样时间腹腔注射等渗盐水,于E14.5收集小鼠颌面部中份组织,利用Illumina平台对提取的样本进行测序,筛选出差异表达基因（DEGs）并选择部分基因进行qPCR验证,最后利用生物信息学技术对DEGs进行GO和KEGG分析,推测其参与的生物学功能及信号通路。结果样本中检测出的DEGs有796条,其中Dio1、Gm867、Grm5、Kcnk12、Otp等上调表达492条,Krt71、Ccer2、Cryba1、Crygf、Gja8等下调表达304条,且qPCR验证结果与测序结果一致。生物信息学分析发现DEGs参与细胞发育、细胞分化、细胞黏附等多个生物学过程,并富... 

【文章来源】：医学研究生学报. 2020,33(10)北大核心

【文章页数】：5 页

【部分图文】：

本组样本差异表达基因火山图

通过对筛选出来的DEGs进行GO功能分析,可知DEGs主要涉及多细胞有机体发育、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控、离子转运、细胞分化和细胞黏附等生物学过程。根据enrich factor值的大小,按降序排列作图,取前20个结果,见图2。2.4 差异表达基因的通路显著性富集分析

将DEGs以P<0.05为筛选条件进行KEGG pathway分析,结果显示DEGs可能涉及PI3K-AKT、Wnt及Hedgehog等信号通路,这与之前的研究结果相吻合。根据enrich factor值的大小,按降序排列作图,取前20个结果,见图3。2.5 q-PCR验证

【参考文献】：
期刊论文
[1]唇腭裂的分子遗传学研究进展[J]. 何淼,边专.  口腔生物医学. 2017(01)
[2]非综合征型唇腭裂与新疆维吾尔族、汉族MTHFR基因多态性的研究[J]. 余雷,代红燕,潘慧文,祁恩春,古力巴哈·买买提力,洪玉.  实用口腔医学杂志. 2016(02)
[3]地塞米松诱导小鼠腭裂及E-钙黏素基因表达的研究[J]. 庞骁霄,李丽,马利,郑谦,李承浩.  华西口腔医学杂志. 2015(06)
[4]中国人群叶酸/同型半胱氨酸代谢基因多态性与非综合征型唇腭裂关联研究[J]. 王苹,王红,吴雅慧,叶晓茜,黄尚志,石冰,梁赓义7,曹卫华,吴涛,Terri H.BEATY.  北京大学学报(医学版). 2013(03)
[5]新一代高通量RNA测序数据的处理与分析[J]. 王曦,汪小我,王立坤,冯智星,张学工.  生物化学与生物物理进展. 2010(08)
[6]不同剂量地塞米松对小鼠胚胎腭裂发生的影响[J]. 何苇,卢胜军,李承浩,蒙田,周京琳,石冰.  国际口腔医学杂志. 2009(03)

博士论文
[1]环境因素（地塞米松、维甲酸和二噁英）诱导腭裂的发病机制[D]. 胡晓.南方医科大学 2013



本文编号：3144990