基于全外显子测序鉴定大肠癌转移相关基因及调节网络分析

发布时间：2021-04-21 14:13

　　目的:本研究主要通过全外显子测序（Whole exome sequencing,WES）检测大肠癌（Colorectal cancer,CRC）转移相关基因及其调节网络分析,从而探究基因突变和CRC转移之间的关系。方法:收集组织样本共22对,其中包含确诊CRC患者原发灶22例和配对转移灶22例,将样本中的DNA提取后进行WES检测和突变位点的鉴定,比较不同发病位置、转移时间及转移部位对突变谱的影响,并对肝转移样本进行深入挖掘及调节网络分析,最终筛选出与CRC转移发生、发展相关的基因。结果:1)原发灶中共发现9669个突变基因,其中628个基因在半数以上的样本中发生突变,365个基因在CRC表达谱中差异表达,6个基因（CDC25B、KCTD9、ATIC、PSMD14、NAT10和MIPEP）在所有CRC相关的表达谱和甲基化谱中均出现统计学差异。2)转移灶中共发现7199个突变基因,其中613个基因在半数以上的样本中发生突变,66个基因（包括MUC12、MUC4、MUC2、MUC5B、NBPF1、AHNAK、GPRIN2、SPON1、UGT2B4）在CRC转移谱中差异表达,这些基因参与免疫... 

【文章来源】：宁波大学浙江省

【文章页数】：138 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
1 引言
    1.1 CRC概述
    1.2 全外显子测序
    1.3 基于WES对 CRC转移的研究
        1.3.1 WES数据分析及软件
    1.4 本研究目的及其意义
2 实验材料与方法
    2.1 实验仪器
    2.2 实验试剂
    2.3 主要耗材
    2.4 样本的准备及测序
        2.4.1 样本的选取
        2.4.2 送检样本的要求
        2.4.3 DNA提取的方法
        2.4.4 DNA质量的检测
        2.4.5 DNA的片段化
        2.4.6 文库的制备
    2.5 全外显子测序
        2.5.1 外显子捕获
        2.5.2 高通量测序
        2.5.3 测序数据的处理及分析
        2.5.4 CNV检测方法
    2.6 甲基化数据的下载及分析
        2.6.1 甲基化数据的下载
        2.6.2 甲基化数据的分析
    2.7 表达谱的下载及分析
        2.7.1 表达谱的下载
        2.7.2 表达谱的分析
    2.8 调节网络构建
        2.8.1 蛋白-蛋白相互作用网络的构建
        2.8.2 转录因子结合关系网络的构建
        2.8.3 RNA结合蛋白关系网络的构建
    2.9 组织特异性指数的计算
    2.10 GO功能和KEGG通路注释分析
3 结果
    3.1 样本及测序结果的基本信息
        3.1.1 样本的筛选流程及基本信息
        3.1.2 组织DNA提取的结果
        3.1.3 WES测序数据的质控
    3.2 原发灶与人类基因组比较
        3.2.1 原发灶突变位点及突变基因的信息
        3.2.2 原发灶突变与表达的关联分析
        3.2.3 原发灶突变与甲基化的关联分析
        3.2.4 小结
    3.3 CRC转移灶与人类基因组比较
        3.3.1 转移灶突变位点及突变基因的信息
        3.3.2 转移灶突变与表达的关联分析
        3.3.3 小结
    3.4 原发灶和转移灶中的突变比较
        3.4.1 原发灶和转移灶中突变位点及突变基因数目
        3.4.2 原发灶特异性基因
        3.4.3 转移灶特异性基因
        3.4.4 转移灶与原发灶交集基因
        3.4.5 小结
    3.5 升结肠、降结肠、直肠的比较
        3.5.1 升结肠、降结肠、直肠的突变位点及基因
        3.5.2 升结肠、降结肠、直肠的突变基因的功能分析
        3.5.3 小结
    3.6 同时性转移与异时性转移的比较
        3.6.1 同时性转移与异时性转移中的突变位点及基因
        3.6.2 同时性转移与异时性转移中的突变基因的功能分析
        3.6.3 小结
    3.7 不同部位转移灶与原发灶的比较
        3.7.1 肺转移
        3.7.2 卵巢转移
        3.7.3 肝转移
        3.7.4 三种转移组织之间的交集及差异
        3.7.5 小结
    3.8 肝转移特异性相关基因分析
        3.8.1 肝转移灶拷贝数变化
        3.8.2 肝转移特异性相关突变基因
        3.8.3 突变位点对基因功能的影响
        3.8.4 组织特异性分析
        3.8.5 基因调节网络分析
        3.8.6 小结
4 讨论
    4.1 CRC原发灶相关的突变基因
    4.2 CRC转移灶相关的突变基因
    4.3 肝转移相关的突变基因
    4.4 不足之处
    4.5 总结
参考文献
附录A 部分中英文对照表
附录B 附表
附录C 综述
    参考文献
在学研究成果
致谢
Abstract
论文摘要


【参考文献】：
期刊论文
[1]Identification of liver metastasis-associated genes in human colon carcinoma by mRNA profiling[J]. Jianling Liu,Dan Wang,Chaoqi Zhang,Zhen Zhang,Xinfeng Chen,Jingyao Lian,Jinbo Liu,Guixian Wang,Weitang Yuan,Zhenqiang Sun,Weijia Wang,Mengjia Song,Yaping Wang,Qian Wu,Ling Cao,Dong Wang,Yi Zhang.  Chinese Journal of Cancer Research. 2018(06)
[2]肿瘤微环境——肿瘤转移的关键因素[J]. 杨芳,于雁.  中国肺癌杂志. 2015(01)
[3]p53 mutations in colorectal cancer-molecular pathogenesis and pharmacological reactivation[J]. Xiao-Lan Li,Jianbiao Zhou,Zhi-Rong Chen,Wee-Joo Chng.  World Journal of Gastroenterology. 2015(01)
[4]Colorectal cancer: From prevention to personalized medicine[J]. Gemma Binefa,Francisco Rodríguez-Moranta,àlex Teule,Manuel Medina-Hayas.  World Journal of Gastroenterology. 2014(22)



本文编号：3151909