肝癌基因表达谱的生物信息学分析及关键基因的功能探讨

发布时间：2021-04-24 16:09

　　第一部分加权基因共表达网络（WGCNA）在肝癌基因表达谱中的应用目的:采用加权基因共表达网络等生物信息学方法研究肝癌基因表达谱与临床特征的关系。方法:从NCBI-GEO数据库（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/）下载所有芯片数据及附带的临床信息,GSE14520为训练集、GSE6764、GSE76427及GSE54236验证集。对GSE14520原始数据CEL文件进行质量控制后,并用RMA算法对数据集进行背景校及标准化处理,利用R语言加载程序包“limma”进行分析差异表达基因,采用“WGCNA”程序包构建加权基因共表达网络,在模块-特征关系图中寻找最高相关性的显著性模块和临床特征,利用函数函数“networkScreening”寻找模块内枢纽基因,并结合蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络筛选出关键基因。对筛选出的关键基因进行COX比例风险模型（proportional hazards model,简称COX模型）建模,并对模型进行预后预测,GSE6764验证集对关键基因的临床分期进行验证、GSE... 

【文章来源】：武汉大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：92 页

【学位级别】：博士

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缩略词表
引言
第一部分 加权基因共表达网络（WGCNA）在肝癌基因表达谱中的应用
    1.1 前言
    1.2 材料与方法
    1.3 结果
    1.4 讨论
第二部分 ABAT基因在肝癌中的表达水平及预后相关性
    2.1 前言
    2.2 材料与方法
    2.3 结果
    2.4 讨论
第三部分 ABAT基因在肝癌细胞中的表达及功能研究
    3.1 前言
    3.2 材料与方法
    3.3 结果
    3.4 讨论
全文总结
参考文献
综述
    参考文献
攻博期间发表的科研成果
致谢



本文编号：3157660