皮肤鳞状细胞癌的基因表达及信号传导通路的生物信息学分析

发布时间：2021-05-08 08:12

　　目的通过对皮肤鳞状细胞癌（cSCC）基因表达的数据分析找到异常表达的基因群,明确这些差异基因的功能、参与的信号传导通路,并找出具有标志性功能的枢纽基因,进一步探讨cSCC的分子机制。方法从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中下载GSE66359的基因表达数据,对差异基因进行基因本体论（GO）分析和基于京都基因和基因组数据库的通路分析（KEGG通路分析）,并应用Cytoscape软件构建差异基因产物的蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选枢纽基因。结果该cSCC基因芯片数据中共有894个差异基因,其中438个上调基因,456个下调基因。GO分析显示上调基因主要富集的生物进程为:有丝分裂细胞周期过程,染色体分离;下调基因:角质形成细胞分化。KEGG分析显示,上调基因主要富集的信号通路:DNA复制、细胞周期;下调基因:MAPK信号通路、Notch信号通路。通过构建PPI网络得到了前10位枢纽基因SHC1、AURKB、SMC4、PLK1、PCNA、PTTG1、BRCA1、MCM2、EphB2、HDAC,这些基因参与3条重要通路,包括细胞周期、DNA复制和蛋白酶体。结论 ... 

【文章来源】：青岛大学学报(医学版). 2018,54(02)

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 基因芯片数据
    1.2 差异基因筛选
    1.3 差异基因的基因本体论 (GO) 分析和通路分析
    1.4 蛋白相互作用 (PPI) 网络整合及模块分析
2 结果
    2.1 筛选差异表达基因
    2.2 GO分析
    2.3 KEGG信号通路分析
    2.4 蛋白质PPI分析
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]中国西部两医院1905例皮肤恶性肿瘤回顾分析[J]. 高天文,孙东杰,李春英,何弘,李青,刘友生,刁庆春,黄高升,郝飞,钟白玉,马福成,柳凤轩,闫小初,刘东梅,刘玉峰,刘荣卿.  北京大学学报(医学版). 2004(05)



本文编号：3174991