基于高通量测序技术鉴定肝细胞肝癌的遗传变异和功能基因

发布时间：2021-06-03 20:22

　　研究背景和目的:肝细胞肝癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）是全球常见的恶性肿瘤之一,每年的发病人数约为523,432例,其中中国发病人数约占总病例数56%。肝细胞肝癌的病因包括:乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus,HBV）和丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus,HCV）感染、酗酒、黄曲霉素以及非酒精性脂肪肝等。目前,对于HCC发生的分子机制有很多新进展。肝癌组织中存在许多基因组的改变,包括表达调控的变化、染色体结构异常以及单核苷酸变异等,已经发现基因突变以及表达调控发生变化均与HCC的发展有重要关系。目前与人类肝癌的发生有关的驱动基因（Drivergene）有:TP53、ARID1A CTNNNB、NRAS、RB1、BCL9、CDKN2 和PTEN等,但仍有许多与肝癌发生发展相关的基因有待进一步确定,并且肝癌组织中体细胞突变表达模式以及表达调控网络未被深入研究。方法:（1）我们以9个HBV相关HCC组织以及匹配的硬化组织为研究对象,对其mRNA测序（RNA-Seq）数据进行加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-e... 

【文章来源】：重庆医科大学重庆市

【文章页数】：108 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１．１?ＷＧＣＮＡ的一Ｍ分析流程??Ｆｉｇｕｒｅ?１．１?Ｔｈｅ?ａｎａｌｙｚｅｄ?ｐｉｐｅｌｉｎｅ?ｆｏｒ?ＷＧＣＮＡ??

?ｍ?ＩＥ６??８?１?８?８?ｉ?§?§?ｓ?８?§?８?ｓ?８?８?§?１?〇?１??图１．３肝癌与硬化组织中有显著意义ＤＥＧｓ的聚类分析。行代表基Ｈ，列代表样本。根据完全连??锁和Ｐｅａｒｓｏｎ距离，ＤＥＧｓ的无监督聚类分析产生树状图。不同的彩条表示不同的簇。??Ｆｉｇｕｒｅ?１．３?Ｃｌｕｓｔｅｒ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ?ＤＥＧｓ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｎｉｎｅ?ｌｉｖｅｒ?ｃａｎｃｅｒ?ａｎｄ?ｃｉｒｒｈｏｔｉｃ?ｔｉｓｓｕｅｓ．??Ｒｏｗｓ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ?ｇｅｎｅｓ，?ａｎｄ?ｃｏｌｕｍｎｓ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ?ｓａｍｐｌｅｓ．?Ｔｈｅ?ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ?ｗａｓ?ｇｅｎｅｒａｔｅｄ?ｆｒｏｍ?ｕｎｓｕｐｅｒｖｉｓｅｄ??ｃｌｕｓｔｅｒ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ＤＥＧｓ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?ｃｏｍｐｌｅｔｅ?ｌｉｎｋａｇｅ?ａｎｄ?Ｐｅａｒｓｏｎ?ｄｉｓｔａｎｃｅｓ．?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｃｏｌｏｕｒｅｄ?ｂａｒｓ??ｉｎｄｉｃａｔｅ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｃｌｕｓｔｅｒｓ．??３０??

本部分研宄使用ＷＧＣＮＡ构建基因共表达网络。我们将基囡模块所含最小基??因数目设定为１５，分析整合特征向黃基因（Ｍｏｄｕｌｅｅｉｇｅｎｇｅｎｅ）模块。ＷＧＣＮＡ合??并相似性模块后共识别了?１１个基因模块（图１．６），模块内包含的基因数目范围为??２１至９４个。然而，２６３个棊因没有与其他基因形成共表达网络，以ＭＥｇｒｅｙ模块??表示９基因模块与ＨＣＣ临床特征（如性别、年龄、肿瘤位置、肿瘤分级和ＡＦＰ??水平）之间的关联被识别（图１．７）。ＭＥｂｌａｃｋ模块与肿瘤分级（Ｔｕｍｏｒ?ｇｒａｄｅ）呈??显著正相关（ｒ＝０．７８，ｐ＝０．０１?）；ＭＥｔａｎ和ＭＥｂｌｕｅ模块分别与血清ＡＦＰ水平（ｒ＝－０．９５，??ｐ＝８ｅ－０５）和ＡＦＰ高／低特征（ｒ＝－０．７７，ｐ＝０．０２）呈显著负相关。本研究中，??３４??

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3211193