2016年昭阳区新报告HIV-1阳性人群基因亚型及耐药性研究

发布时间：2021-06-03 22:16

　　[目的]了解昭通市昭阳区2016年新报告HIV-1阳性人群基因型、亚型分布特征,为该地区后续HIV-1毒株传播规律和流行趋势的研究提供依据;了解2016年昭阳区新报告HIV-1阳性人群（未经抗病毒治疗）原发耐药毒株流行情况,探索各主要流行亚型与HIV-1耐药发生和流行的关系,为首选治疗方案的制定提供参考,为更好地开展抗病毒治疗提供科学依据。[方法]本研究采用横断面调查方式对2016年云南省昭通市昭阳区境内新报告的HIV-1阳性人群进行流行病学调查,并采集抗凝全血,分离血浆,使用RNA核酸提取试剂盒提取核酸并进行RT-PCR和Nested-PCR扩增HIV-1env和pol基因序列片段,扩增产物送至昆明擎科公司测序,测序结果使用SeqMan软件进行序列拼接和处理;使用MEGA软件进行系统进化树构建和使用SimPlot软件对基因序列进行重组分析;将pol基因序列片段提交至美国斯坦福大学耐药数据库HIV Drug Resistance Database （http://hivdb.stanford.edu/）进行耐药性分析,使用SPSS17.0软件分析HIV-1阳性人群流行病学特征和分子流行... 

【文章来源】：昆明医科大学云南省

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图３?ｐｏｌ区巢式ＰＣＲ原理??

图２?ｅｎｖ区巢式ＰＣＲ原理??（方格表示带扩增的目的基因片段，下方数据表示参考序列ＨＸＢ２上的位置，红色箭??头表示第一轮扩增引物，绿色箭头表示第二轮扩增引物，同时绿色箭头表示测序引物。）??②ｐｏ丨区一步法ＲＴ－ＰＣＲ??原理及及参考序列ＨＸＢ２位置：通过从患者血浆标本中分离得到病毒ＲＮＡ，??然后通过ＲＴ－ＰＣＲ对基因序列中ｐｏｌ区约１１７９ｂｐ目的基因先进行逆转录再使用??ＴａＫａＲａ?Ｏｎｅ?Ｓｔｅｐ?ＲＴ－ＰＣＲ?（ＡＭＶ）试剂盒和一对靶序列的外侧引物扩增从而提高??模板量，然后采用Ｐｒｅｍｉｘ?Ｅｘ?Ｔａｑ?Ｖｅｒｓｉｏｎ?２．０?ｐｌｕｓ?ｄｙｅ试剂和一对内侧引物扩增得??到特异产物，见图３。根据文献报道［５６］，使用相关研宄所用的引物、配置反应体??系、设定反应条件进行试验。??ｒ??（?ｈｃＣＩＳ?：ｔＡ：?ｖ??Ｒ＞Ｂ?．??ｍ，ｉ?ｖ?’??：ｉｖ

??后从电泳槽内取出，置于全自动凝胶成像系统下观察条带并拍照保存，见图４。??＾＾＾．．；２?Ｊ?｝?＾?ｏ?ｆｌ??图４?ＨＩＶ－１?ｅｎｖ，ｐｏｌ基因片段ＰＣＲ扩增产物结果??（Ｍ１０００，?Ｍ２０００?分别为?ｌＯＯＯｂｐ，２０００ｂｐＤＮＡ?Ｌａｄｄｅｒ?Ｍａｒｋｅｒ，?１?为阳性对照，２?为??阴性对照，３－２２为样品）??（６）?ＰＣＲ扩增产物序列测定??挑取ＰＣＲ阳性样本送至昆明硕擎公司完成ＰＣＲ产物纯化及序列测定，ｅｎｖ??区扩增产物长度为５３９ｂｐ，双向测序，测序引物为第二轮扩增引物，见表Ｋｐｏｌ??区扩增长度为１１７９ｂｐ，包含蛋白酶基因全长９９个氨基酸和逆转录酶区至少前??３００个氨基酸，正向测序，测序引物，见表１。???表１?ｅｎｖ区、ｐｏｌ区所用测序引物序列???引物名称?引物序列?方向相对位置??ｅｎｖ－３３ＦＭ＊?５


本文编号：3211353