基于加权基因共表达网络的肿瘤中特异表达基因筛选方法研究
发布时间：2021-06-08 07:53
肿瘤是目前危害到生物体健康的疾病之一,威胁到生命有机体的生存,其发病的概率不低,我国的患病人数占到了全球总患病人数的一半。各种各样类型的肿瘤都是由普通的细胞所转变得到的,肿瘤是缺少了部分正常功能和拥有异常的流动性的细胞形成的。基因有选择性的表达导致了细胞存在各种各样的表型,与此同时,当基因的表达出现异常情况时,这就为肿瘤细胞的产生提供了基础。而基因的表达水平之间的差异能够被检测到,分析这些表达差异的基因,从中寻找到具有生物学意义的信息,为进一步研究相关基因在肿瘤产生发展的过程中的发挥的作用提供了基础,也为进一步的治疗疾病、挖掘基因靶点提供了线索。本文利用GEO（The Gene Expression Omnibus）数据库编码为GES5847基因表达谱芯片数据研究肿瘤组织与正常基质细胞之间的表达差异,以此来研究这些差异在肿瘤发生发展中发挥的作用和意义,期望对挖掘肿瘤的生物学过程有所帮助。加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）通过建立分子网络的思想,利用不同组别基因表达的差别,把网络中表达关联程度高的...
【文章来源】：哈尔滨工程大学黑龙江省 211工程院校
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
中心法则现在人类已经完全进入了生命科学研究阶段的后基因组织的时代，这是因为人类的
一种将生物学科、计算机学科、化学等多种学科结合在一起出数以万计的基因的表达水平。这种芯片采用了杂交测序的胶片或者特殊的有机高分子薄片上使用照相平板印刷技术或下得到许多序列特殊的短链核苷酸或 cDNA 片段，组成为芯本 DNA 上做出特别的标记，标记后的样本放入到基因芯片本杂交后芯片上荧光强度不一样，使用激光来扫描芯片，可芯片图片来测量每个基因的杂交强度，这样就能够判断出芯本中，以及可以从芯片中得知其序列，最终得到检测出的样优点很突出，芯片实验速度快，实验简单，检测过程不需要测的要求，其应用领域广泛，在药物研究、疾病的快速判断都有应用。本文选用的基因表达谱芯片数据就是通过基因表记好的肿瘤细胞样本及正常细胞样本一同与芯片杂交，扫描光的强度进行比较，得到的值可以用来表示样本基因表达的常需要使用到基因表达谱芯片，在判别肿瘤型号、肿瘤机制等方面都有着大量的应用。
图 1.3 基因芯片分类1.2.2.2 DNA 测序技术DNA 测序技术也发展非常迅速，从第一代 DNA 测序技术的产生跳跃到第二代测序技术甚至第三代测序技术的出现，测序的成本大大的降低了，第一代测序技术的准确度虽然非常高，但是其测序成本太高，而且通量太小，使得这种技术得不到广泛的应用[20]。而第二代测序技术使得测序成本大幅度降低的同时，测序的高通量性使得这种技术快速的得到了广泛的关注。高通量测序技术的出现对测序的影响非常深远，颠覆了传统技术，对数万甚至上百万级别的 DNA 序列进行测定只需要一次就可以完成，与此同时成本也是越来越低，这使得用少量花费来测定一个人类基因组的目标越来越成为可能，下图为测序成本的变化。
【参考文献】：
期刊论文
[1]动脉粥样硬化易感基因挖掘与生物信息学分析[J]. 王文栋,常晓彤,杜华阳. 中国老年学杂志. 2017(24)
[2]基因表达数据横向荟萃分析方法综述[J]. 王琳,吴培. 数理统计与管理. 2018(02)
[3]权重基因共表达网络分析在生物医学中的应用[J]. 刘伟,李立,叶桦,屠伟. 生物工程学报. 2017(11)
[4]单核细胞与未成熟树突细胞的细胞骨架相关的核心差异基因表达的生物信息学分析[J]. 谭诚,胡祖权,龙金华,邱伟,刘丽娜,贾义,曾柱. 基因组学与应用生物学. 2017(01)
[5]机器学习方法在基因功能注释中的应用[J]. 李金城,廖奇,沈其君. 中国生物化学与分子生物学报. 2016(05)
[6]基因功能富集分析的研究进展[J]. 王潇,尹天舒,李柏逸,江熹霖,孙慧,窦亚光,倪琦,田卫东. 中国科学:生命科学. 2016(04)
[7]肾肿瘤相关基因的共表达网络构建与分析[J]. 梁栋,邢永强,蔡禄. 中国生物工程杂志. 2016(02)
[8]DNA测序技术方法研究及其进展[J]. 谢浩,赵明,胡志迪,王大巾,孟旭莉,丁先锋. 生命的化学. 2015(06)
[9]一种基于累积适应度遗传算法的SVM多分类决策树[J]. 朱庆生,程柯. 计算机应用研究. 2016(01)
[10]基因芯片数据预处理方法（LnMR和RAln）的评估和比较[J]. 郑乔舒,岳淏伟,杨云锋. 微生物学通报. 2015(05)
博士论文
[1]加权基因共表达网络分析（WGCNA）在食管鳞癌中的应用[D]. 王攀.北京协和医学院 2014
[2]基于转录组测序数据的基因共表达网络研究[D]. 洪胜君.复旦大学 2013
[3]基于GO的基因功能及疾病相关通路分析[D]. 王靖.电子科技大学 2012
[4]统计建模分析高通量生物数据及其应用[D]. 王文惠.山东大学 2009
硕士论文
[1]通过共表达网络分析（WGCNA）研究前列腺癌症中的特异表达因子[D]. 黄克非.南昌大学 2014
[2]利用基因芯片筛选乳腺癌相关差异表达基因[D]. 郭明明.山东大学 2011
本文编号：3217996
【文章来源】：哈尔滨工程大学黑龙江省 211工程院校
【文章页数】：69 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
中心法则现在人类已经完全进入了生命科学研究阶段的后基因组织的时代，这是因为人类的
一种将生物学科、计算机学科、化学等多种学科结合在一起出数以万计的基因的表达水平。这种芯片采用了杂交测序的胶片或者特殊的有机高分子薄片上使用照相平板印刷技术或下得到许多序列特殊的短链核苷酸或 cDNA 片段，组成为芯本 DNA 上做出特别的标记，标记后的样本放入到基因芯片本杂交后芯片上荧光强度不一样，使用激光来扫描芯片，可芯片图片来测量每个基因的杂交强度，这样就能够判断出芯本中，以及可以从芯片中得知其序列，最终得到检测出的样优点很突出，芯片实验速度快，实验简单，检测过程不需要测的要求，其应用领域广泛，在药物研究、疾病的快速判断都有应用。本文选用的基因表达谱芯片数据就是通过基因表记好的肿瘤细胞样本及正常细胞样本一同与芯片杂交，扫描光的强度进行比较，得到的值可以用来表示样本基因表达的常需要使用到基因表达谱芯片，在判别肿瘤型号、肿瘤机制等方面都有着大量的应用。
图 1.3 基因芯片分类1.2.2.2 DNA 测序技术DNA 测序技术也发展非常迅速，从第一代 DNA 测序技术的产生跳跃到第二代测序技术甚至第三代测序技术的出现，测序的成本大大的降低了，第一代测序技术的准确度虽然非常高，但是其测序成本太高，而且通量太小，使得这种技术得不到广泛的应用[20]。而第二代测序技术使得测序成本大幅度降低的同时，测序的高通量性使得这种技术快速的得到了广泛的关注。高通量测序技术的出现对测序的影响非常深远，颠覆了传统技术，对数万甚至上百万级别的 DNA 序列进行测定只需要一次就可以完成，与此同时成本也是越来越低，这使得用少量花费来测定一个人类基因组的目标越来越成为可能，下图为测序成本的变化。
【参考文献】：
期刊论文
[1]动脉粥样硬化易感基因挖掘与生物信息学分析[J]. 王文栋,常晓彤,杜华阳. 中国老年学杂志. 2017(24)
[2]基因表达数据横向荟萃分析方法综述[J]. 王琳,吴培. 数理统计与管理. 2018(02)
[3]权重基因共表达网络分析在生物医学中的应用[J]. 刘伟,李立,叶桦,屠伟. 生物工程学报. 2017(11)
[4]单核细胞与未成熟树突细胞的细胞骨架相关的核心差异基因表达的生物信息学分析[J]. 谭诚,胡祖权,龙金华,邱伟,刘丽娜,贾义,曾柱. 基因组学与应用生物学. 2017(01)
[5]机器学习方法在基因功能注释中的应用[J]. 李金城,廖奇,沈其君. 中国生物化学与分子生物学报. 2016(05)
[6]基因功能富集分析的研究进展[J]. 王潇,尹天舒,李柏逸,江熹霖,孙慧,窦亚光,倪琦,田卫东. 中国科学:生命科学. 2016(04)
[7]肾肿瘤相关基因的共表达网络构建与分析[J]. 梁栋,邢永强,蔡禄. 中国生物工程杂志. 2016(02)
[8]DNA测序技术方法研究及其进展[J]. 谢浩,赵明,胡志迪,王大巾,孟旭莉,丁先锋. 生命的化学. 2015(06)
[9]一种基于累积适应度遗传算法的SVM多分类决策树[J]. 朱庆生,程柯. 计算机应用研究. 2016(01)
[10]基因芯片数据预处理方法（LnMR和RAln）的评估和比较[J]. 郑乔舒,岳淏伟,杨云锋. 微生物学通报. 2015(05)
博士论文
[1]加权基因共表达网络分析（WGCNA）在食管鳞癌中的应用[D]. 王攀.北京协和医学院 2014
[2]基于转录组测序数据的基因共表达网络研究[D]. 洪胜君.复旦大学 2013
[3]基于GO的基因功能及疾病相关通路分析[D]. 王靖.电子科技大学 2012
[4]统计建模分析高通量生物数据及其应用[D]. 王文惠.山东大学 2009
硕士论文
[1]通过共表达网络分析（WGCNA）研究前列腺癌症中的特异表达因子[D]. 黄克非.南昌大学 2014
[2]利用基因芯片筛选乳腺癌相关差异表达基因[D]. 郭明明.山东大学 2011
本文编号：3217996
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3217996.html
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