基于生物信息学的宫颈癌枢纽基因筛选及其与预后的关系

发布时间：2021-06-08 11:37

　　目的:运用生物信息学方法筛选宫颈癌（CC）枢纽基因,并挖掘CC预后分析的潜在分子标志。方法:选取基因表达数据库（GEO）中CC表达数据集,利用R语言中的软件包筛选CC组织与正常宫颈组织中存在的差异表达基因（DEGs）;并进行基因本体（GO）分析、基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质相互作用（PPI）网络构建、Cytoscape软件寻找枢纽基因、The Kaplan Meier plotter网站绘制枢纽基因生存曲线图,采用肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库的UALCAN在线数据库验证CC患者枢纽基因的表达,采用人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析相关蛋白的免疫组织化学结果。结果:鉴定219个上调基因和182个下调基因,KEGG通路分析结果显示差异表达基因主要富集在细胞周期、DNA复制、卵母细胞减数分裂、p53信号通路及花生四烯酸代谢等通路;筛选出的枢纽基因CDK1、KIF11、CCNB1、CDC45及CXCL8在CC中表达上调（P <0. 05）,并与CC患者总体生存率（OS）相关（P <0. 05）,同时在TCGA数据库中枢纽基因的表达趋势与GEO数据库中相同（P &l... 

【文章来源】：贵州医科大学学报. 2020,45(12)

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

GSE7803、GSE9750及GSE63514差异表达基因的火山图

GO分析结果显示，DEGs的细胞定位主要在染色体、无膜细胞器、角质包膜及纺锤体中。在生物学过程的分析中，DEGs与细胞周期、有丝分裂细胞周期、细胞周期过程及M期有关;DEGs的分子功能主要富集在丝氨酸型内肽酶活性、丝氨酸型肽酶活性、丝氨酸水解酶活性、细胞周期素依赖性蛋白激酶调节活性及内肽酶活性(表2)。DEGs的KEGG通路富集结果显示，细胞周期、DNA复制、卵母细胞减数分裂、p53信号通路及花生四烯酸代谢是主要途径(表3)。2.3 枢纽基因的筛选及PPI网络构建

401个DEGs被用于构建PPI网络，结果表明，PPI网络具有明显高于预期的交互作用(P<1.0×10-16)，节点数为398，边缘数为4 899。经过12种算法的计算，由于第11个基因与第10个基因在12种算法中出现次数相同，故本研究共筛选出11个枢纽基因(CDK1、KIF11、BUB1B、CCNB1、CC-ND1、CDC20、CDC45、CXCL8、ECT2、ESR1及TOP2A，表4)，其中除了ESR1和CCND1基因在CC组织中表达下调外，其余基因表达上调;11个枢纽基因重新导入STRING数据库后构建PPI网络显示蛋白间有较高的交互作用(P=1.95×10-10，图3)。2.4 枢纽基因的生存分析及TCGA数据库验证枢纽基因的表达结果

【参考文献】：
期刊论文
[1]MELK mRNA表达水平在非小细胞肺癌患者中的预后价值[J]. 石旦,徐斌,蒋敬庭.  临床检验杂志. 2020(05)
[2]宫颈癌进展的生物信息学研究[J]. 毛建英,袁海涵.  内蒙古医科大学学报. 2020(01)
[3]脂肪酸合成酶作为癌症治疗靶点的生物信息学分析[J]. 孙东雷,赵田禾,赵曼羽,张遵真.  现代预防医学. 2020(03)
[4]基于数据库探讨细胞周期蛋白B1（CCNB1）表达对胃癌预后的影响[J]. 杨生辉,黄琰菁,邱纯,李向璐,李赛,孙达统,盛莉,陈邓林,邢雪花,王琳.  中国数字医学. 2020(01)
[5]中晚期宫颈癌综合治疗模式的研究现状和进展[J]. 韦蒙专,陈绍俊,黄海欣.  中国肿瘤. 2019(06)
[6]宫颈癌发病年轻化的趋势分析与相应对策[J]. 谢珊艳,任鹏.  中医药管理杂志. 2018(05)
[7]基于TCGA数据乳腺癌组织UBE2T表达临床意义分析[J]. 罗何三,吴盛喜,许鸿鹞,黄河澄,林连兴.  中华肿瘤防治杂志. 2017(13)
[8]CyclinB1与肿瘤细胞周期调控[J]. 贾未玲,于淼.  哈尔滨商业大学学报(自然科学版). 2016(06)



本文编号：3218366