垂穗披碱草细胞质基因变异性分析

发布时间：2021-06-12 23:11

　　利用PCR产物单克隆测序的方法,对3个垂穗披碱草材料的叶绿体基因组非编码区序列trnL-F和线粒体基因nad4片段进行了变异分析。结果表明:在同一个个体中可以检出1个以上的trnL-F和nad4变异型,不同变异型在不同材料中占比不同;在3个垂穗披碱草材料的38个克隆序列中共检测到7种trnL-F变异型,7种变异型中共检测到13个突变位点,共有14个突变,变异型突变以碱基转换为主（92.3%）,变异型1为3个材料的共享类型,在3个材料所测克隆中占比分别为53.3%、100%和61.1%;在3个材料的62个克隆序列中共检测到17种nad4变异型,17种变异型中检测到变异位点55个,变异型突变以碱基转换（58.2%）和碱基颠换为主（34.5%）,变异型2为3个材料的共享类型,在3个材料所测克隆中占比分别为68.4%、15.0%和13.0%,另外有11个变异型为2个材料所共享类型。 

【文章来源】：中国草地学报. 2020,42(06)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

叶绿体与线粒体基因组PCR扩增片段测序波峰图

因推测细胞质基因PCR扩增产物目标条带中可能包含有不止1条序列,因此对来自同一个个体的PCR产物进行回收纯化,然后对产物进行连接,转化入大肠杆菌培养,挑取单克隆进行常规测序, 结果测序峰图规则,波峰和波谷清晰,无套峰存在(图3)。对材料nw6-5的trnL-F和nad4基因片段各10个以上克隆测序结果的初步分析表明,不同克隆间目标序列同源性并不为100%,存在SNP变异序列。由于在获取目标序列的过程中要经过基因组PCR扩增、目标序列克隆等分子生物学操作过程,有必要进一步排除PCR扩增偏差或序列克隆过程中有可能产生的人为误差。2.3 PCR产物单克隆测序误差结果排除

以垂穗披碱草总基因组DNA为模板,对3个垂穗披碱草个体分别用trnL-F和nad4引物(表1)进行叶绿体tRNA基因trnF-L区段以及线粒体乙酰脱氢酶基因nad4区段的扩增,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测,条带清晰单一(图1)。所扩增的叶绿体片段长度为600bp左右,线粒体片段长度为500bp左右,符合预期目标片段大小(表1)。对经琼脂糖检测合格的PCR产物进行测序,将所测序列进行序列人工校对时发现测序峰图规则,波峰和波谷清晰,但是部分个体序列中有明显的套峰存在(图2)。排除是测序起始或结束时所产生的测序错误,认为某些序列中的套峰为真实存在。由于PCR产物是在1%琼脂糖凝胶中进行检测,类凝胶很难对几个bp的差异进行区分,更不能区分单核苷酸(SNP)差异,因此推测利用基因组DNA进行细胞质基因扩增的产物可能并不为单一的序列。将PCR产物所测序列在NCBI数据库进行Blast比对,结果所测trnL-F和nad4序列与数据库中trnL-F和nad4的序列相似性在96%～100%之间,表明所获目标序列正确。图2 叶绿体与线粒体基因组PCR扩增片段测序波峰图

【参考文献】：
期刊论文
[1]青海高原披碱草属种间天然杂种的细胞学鉴定[J]. 路兴旺,刘博,刘瑞娟,窦全文.  植物研究. 2019(06)
[2]线粒体DNA异质性[J]. 巫小倩,张顺华,朱砺.  中国生物化学与分子生物学报. 2017(01)
[3]青藏高原垂穗披碱草种质资源形态多样性分析[J]. 陈仕勇,陈智华,周青平,李世丹,马啸,张新全.  中国草地学报. 2016(01)
[4]6个小叶锦鸡儿种群叶绿体DNA trnL-trnF序列变异及其遗传结构分析[J]. 孙果丽,高洪文,王学敏,冯光燕,王赞.  中国草地学报. 2015(03)



本文编号：3226481