赤眼鳟β-肌动蛋白基因克

发布时间：2021-06-20 11:30

　　为探究赤眼鳟（Squaliobarbuscurriculus）β-肌动蛋白（β-actin）基因的结构和表达特性,本文采用RT-PCR技术和RACE法,从赤眼鳟肝脏中获得了赤眼鳟β-actin cDNA全长序列（GenBank:MT119965）,该基因c DNA全长共1 816 bp,由94 bp的5’端非编码区, 594 bp的3’端非编码区和1 128 bp的开放阅读框（95-1222）组成,阅读框共编码375个氨基酸。通过序列比对和系统进化树的构建,赤眼鳟β-actin与鲤科鱼类聚为一支且与鲮鱼、鲫鱼、黄颡鱼等多个物种的β-actin氨基酸同源性都为99%。荧光定量（qPCR）表达分析显示,β-actin在赤眼鳟肌肉、肠、脾脏、皮肤、血液、鳃、体肾、头肾、心脏和肝脏十个组织中都有表达,但不同组织的表达量存在差异。利用Best keeper软件对赤眼鳟体内的延伸因子1（elongation factor 1, EF1）和β-actin基因进行稳定性对比,发现β-actin基因稳定性低于EF1基因。以上结果为赤眼鳟的分子系统进化研究提供证据,也为赤眼鳟功能基因表达研究提供参考依据。 

【文章来源】：湖南文理学院学报(自然科学版). 2020,32(03)

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

SWISS-MODEL预测赤眼鳟β-肌动蛋白同源三级结构模型

利用Best Keeper软件计算得到β-actin与EF1两个基因的CP最小值(min)、CP最大值(max)、相关系数(r)、标准偏差(SD)和变异系数(CV),β-actin的三个数值均高于EF1,相关系数两者相差不大,但EF1的标准偏差和变异系数均显著小于β-actin(表2)。根据Best Keeper软件稳定性的判定标准[26],综合可得,EF1的稳定性高于β-actin,EF1更适合作为赤眼鳟的内参基因。3 讨论

赤眼鳟β-actin基因c DNA全长共1 816 bp(GenBank:MT119965),开放阅读框(95-1222)1 128 bp,编码375个氨基酸,5’端非编码区为94 bp,3’端非编码区为594 bp,推算的分子量约为41.75 kDa,理论等电点5.30。3’端非编码区还含有1个“AATAAA”的m RNA加尾信号(图1)。图1 赤眼鳟β-actin基因序列

【参考文献】：
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硕士论文
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本文编号：3239108