黄瓜CsHSP20基因克隆和生物信息学分析

发布时间：2021-06-22 01:43

　　以5个黄瓜自交系为亲本,按照同亲回归方法,将"D0708-2"作为共同父本,分别与其他4个自交系"D1101-1-2、D0528-2、D1104-2-4和D1158-2"杂交,以黄瓜产量杂种优势显著组合"D1104-2-4×D0708-2"为试验材料,通过转录组测序筛选得到在亲本和F1代差异表达基因克隆。通过生物信息学分析,获得黄瓜HSP基因全长CDS,分析该基因编码蛋白理化性质、鉴定亲水性与疏水性、亚细胞定位、预测蛋白质结构和比对系统进化树。结果表明,该基因编码区全长1 820 bp,编码212个氨基酸,编码蛋白属于alpha-crystallin-Hsps_p23-like super-family,属于亲水蛋白,亚细胞定位于线粒体中,不存在明显信号肽且不具有跨膜结构。与南瓜亲缘关系最为接近,属于一个分支。根据其编码蛋白将该基因命名为CsHSP20。结果为进一步开展CsHSP20基因功能及其在黄瓜杂种优势中作用研究奠定基础。 

【文章来源】：东北农业大学学报. 2020,51(09)北大核心CSCD

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【部分图文】：

黄瓜总RNA提取

蛋白质跨膜区域通常为α螺旋，且跨膜区蛋白质中大多数氨基酸为疏水性氨基酸。通过软件TMPRED(http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED＿from.html/）预测Cs HSP20蛋白是否存在跨膜区域，结果显示Cs HSP20蛋白不存在明显跨膜区域，不是可跨膜蛋白（见图4）。图4 Cs HSP20蛋白跨膜结构预测

Cs HSP20蛋白跨膜结构预测


本文编号：3241861