一种基于MALDI TOF MS的G6PD基因热点突变检测方法的初步应用

发布时间：2021-06-25 13:10

　　背景葡萄糖-6-磷酸脱氢酶（G6PD）缺乏症是人类最常见的遗传性酶缺陷疾病之一。我国南方地区被列为致病突变位点频率较高的地区。酶缺乏可导致新生儿高胆红素血症、急性溶血性贫血（AHA）和慢性非球形细胞溶血性贫血。G6PD缺乏症的新生儿胆红素脑病的发病率高,并可造成永久的神经损害,预后不良。目前诊断手段常为斑点杂交法或荧光定量分析法进行酶活性筛查,但对女性杂合子的诊断效能有限。基因层面的检测主要有一代测序法、新一代测序法以及荧光定量熔解曲线法等,但无法兼顾高准确性、高通量和低成本。目的本研究使用了一种建立在基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOFMS）技术平台的检测G6PD缺乏症的方法,旨在研究中国人群常见的葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症致病位点,并为建立新的快速检测方法提供基础研究及验证。方法本文根据现有的中国流行病学研究,包括专家共识及诊治指南等,选取了中国人群常见的16种葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症致病突变位点,检测了共411例临床诊断为“葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症”患者的血样标本。提取核酸后,按照本实验设计的16个突变位点的对应引物,进行多重PCR以及单碱基延伸反应,通... 

【文章来源】：南方医科大学广东省

【文章页数】：74 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－１全球Ｇ６ＰＤｄ等位基因地理分布图（来自Ｈｏｗｅｓ，２０１２）??Ｆｉｇ?１－１?Ｗｏｒｌｄｗｉｄｅ?ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃａｌ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｍａｐ?ｏｆ?Ｇ６ＰＤｄ?（ｆｒｏｍ?Ｈｏｗｅｓ，?２０１２）??ｌ??

?硕士学位论文???基情况。Ａｓｓａｙ为检测位点名称，Ｃａｌｌ即是检测出的碱基情况，Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ则代??表分析结果是否可靠，由Ａ、Ｂ、Ｃ和Ｄ组成，依次是Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ、Ｍｏｄｅｒａｔｅ、??Ａｇｇｒｅｓｓｉｖｅ、Ｌｏｗ?Ｐｒｏｂａｂｉｌｉｔｙ，如点样操作失败或ＰＣＲ过程出现问题，则出现Ｉ．??Ｂａｄ?Ｓｐｅｃｔｒｕｍ。如果未能读取到位点情况，则显示ｎｏ?ｃａｌｌ。图４－１中，位点ｃ．１３８８??被机器判读为检测到Ｇ?（Ｇｕａｎｉｎｅ，鸟嘌呤）和Ａ?（Ａｄｅｎｉｎｅ，腺嘌呤）两个碱基，??根据资料ｃ．１３８８处碱基为Ｇ，该例样本中同时存在Ｇ和Ａ，则可以判定该样本??ｃ．１３８８位点为Ｇ＞Ａ杂合突变。??Ａｓｓａｙ?Ｃａｌｌ?Ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎ??ｃｉＳ０４?Ｃ?ＡＸｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ??ｃ．１８２４?Ｃ?＾Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ??Ｃ１３３９?Ｇ?ＡＣｏｎｓｅｒｖａｔ＾ｅ??ｃ．１３６０?Ｃ?Ａ，Ｃｏｎｓｅｎ？ａｔｌｖｅ??ｃ．１３７６?Ｇ?ＡｖＣｏｎｓｅｒｖａｔｔｖｅ??ｃ．１３８７?Ｃ?Ａ．Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ??ｃ．１３?＆８?ＧＡ?／＾Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ??Ｃ１４６６?Ｃ?Ａ．Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｈ／ｅ??ｃ．２０２?Ｇ?＾Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ??Ｔ?Ａ．?Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ??Ｃ３９２?Ｇ?Ａ，Ｃ＿ｅｒｖａ＿??ｃ４７３?Ｇ?ＡＣｏｎｓｅｒｖａｔｔ＾ｅ??ｃ．４８７?Ｇ?九?Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ??ｃＡ９３?Ａ?Ａ．Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ??ｃ５９２?Ｃ?Ａ．Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｈ？ｅ??ｃ８７ｌ?Ｇ?Ａ．?Ｃ

位点情况??男女??６９?ｃｉ?ｃｉ３７６?■■■■■■■■■■■■■■?ｓ〇??８９?Ｃ１３８８?Ｃｌ?３８８?５７??２６?Ｃ９５?Ｃ９５?■■Ｍ?２２??９?■阴性?阴性■■■?１８??１５?■■?Ｃ８７１?Ｃ８７１?■?７??８?■?Ｃ１０２４?Ｃｌ０２４?Ｉ?５??９?■?Ｃ３９２?Ｃ３９２?｜?４??７?＿?Ｃ１３６０?Ｃ１３６０?１??２?Ｃ１００４?Ｃ１００４?〇??１?Ｃ２０２?Ｃ２０２?０??１?Ｃ５９２?Ｃ５９２?０??图４－３位点检出情况??Ｆｉｇ?４－３?Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ｄｅｔｅｃｔｅｄ?ｍｕｔａｔｉｏｎｓ??（２）纯合突变??共检出２７９例纯合突变，详见表４－２，占比例最高的是ｃ．１３８８，共有１０４例，??占总数的３７．３％，其次是ｃ．?１３７６，共有９６例，占３４．４％，而ｃ．９５排在第三位，??检出３２例纯合突变，占１１．５％。前三个位点占总纯合突变的８３．２％，其他位点??突变具体为?ｃ．８７１，共?１４?例（５．０％），?ｃ．１０２４，?１３?例（４．７％）；?ｃ．３９２，共?１１?例??（３．９％）；?ｃ．１３６０，?６例（２．１％）；其余位点除ｃ．１００４和ｃ．２０２分别检出２例和１??例外，余位点均未能检出纯合突变。??（３）杂合突变??杂合位点的情况如表４－３。杂合突变最多的是ｃ．１３７６，有４０例，占总杂合突??变的４６．５％，?ｃ．１３８８位点共有２７例（３１．４％），?ｃ．９５位点共１０例（１１．６％），其余??检出杂合突变位点的有ｃ．８７１，６例（７．０％），ｃ．３９２、ｃ．１３６０、ｃ．５９２则均为１例??

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本文编号：3249266