人INO80染色质重塑复合物调控基因的分析与基因间调控网络的构建

发布时间：2017-04-25 11:15

  本文关键词：人INO80染色质重塑复合物调控基因的分析与基因间调控网络的构建，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：在真核细胞中,染色质的高次结构处于动态变化的状态:当染色质结构排列紧密时,会阻止初始转录因子和RNA聚合酶募集到相应基因启动子上特定序列的DNA位点,从而使相应基因的转录受到抑制;而当染色质结构疏松时,初始转录因子及RNA聚合酶更易于接近到其基因启动子上,激活相应基因的转录。染色质重塑因子对染色质结构转换起到重要的作用,同时染色质重塑因子在基因转录调控过程中,经由特异的转录因子/特异的DNA序列募集到靶基因上,并作为一个激活或抑制因子而发挥改变染色质结构作用,进而调控相应基因转录的生物学功能。人源INO80染色质重塑酶是ATP酶依赖的染色质重塑复合物属于SWI/SNF2超家族的成员,参与了多种染色质依赖的不同生物学过程。做为染色质重塑酶的一种,h INO80复合物不仅参与基因转录调控、DNA复制和DNA损伤修复等多种重要的生命过程,在小鼠胚胎发育及其干细胞分化过程中也起着重要的作用。在本论文中,我们集中研究h INO80染色质重塑复合物可以影响的下游基因,及其基因间的调控关系网络。其中,h INO80复合物酶活性中心结构域中核心亚基Arp8、Ies2、Ies6和INO80亚基是进化过程中保守的亚基,在其ATP水解酶依赖的核小体在DNA上的滑动中起着重要的作用。本论文主要通过生物芯片和生物信息学方法从转录组水平上研究人源INO80调控的下游基因及其基因间的网络关系,首先通过si RNA干扰的方法敲低h INO80复合物中4个关键保守亚基(Arp8、Ies2、Ies6和INO80催化亚基);然后应用统计学方法和Gene Ontology聚类分析来探索复合物调控的核心通路,包括免疫应答(GO:0051607 defense response to virus)、细胞分化(GO:0045597:positive regulation of cell differentiation)和多糖和脂肪酸代谢(GO:0006027glycosamin-oglycan catabolic process和GO:0006633 fatty acid biosynthetic process)等细胞信号通路;另外我们筛选到了20个h INO80可能直接调控的基因,包括(M160、FAM65B、SIRT4和LAMP2等)。通过以上分析,我们基本阐明了人源INO80染色质重塑酶复合物调控的下游基因及其相关网络结构。
【关键词】：INO80染色质重塑酶复合物 基因调控网络 WGCNA 基因本体 信号传导通路
【学位授予单位】：吉林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：Q78
【目录】：

• 内容提要4-6
• ABSTRACT6-8
• 关键词及缩写8-12
• 第1章 绪论12-26
• 1.1 表观遗传学概述12-13
• 1.2 染色质重塑复合物13-18
• 1.3 INO80染色质重塑复合物18-20
• 1.4 论文中涉及的生物信息学概念20-21
• 1.5 芯片(MICRO-ARRAY)和RNA-SEQ数据库介绍21-23
• 1.6 基因关系网络概述23-25
• 1.7 立体依据与研究意义25-26
• 第2章 实验材料26-30
• 2.1 分子生物学实验仪器26-27
• 2.2 分子生物学所用化学试剂27-28
• 2.3 分子生物学实验试剂组成28-29
• 2.4 生物信息计算平台29
• 2.5 生物信息所用软件平台以及软件包29-30
• 第3章 实验方法30-37
• 3.1 细胞培养与基因敲低30-31
• 3.2 REAL-TIME PCR检测基因敲低效率31-32
• 3.3 WESTERN-BLOT检测基因敲低效率实验步骤32-33
• 3.4 基因芯片实验步骤33-34
• 3.5 调控基因筛选与获得34
• 3.6 基因本体注释34-35
• 3.7 加权基因共表达网络分析（WGCNA）35-36
• 3.8 基因调控网络可视化36-37
• 第4章 实验结果37-47
• 4.1 人源INO80染色质重塑复合物调控基因的获取与筛选37-39
• 4.2 INO80复合物调控的基因注释39-40
• 4.3 利用WGCNA构建基因簇40-44
• 4.4 人源INO80染色质重塑复合物调控基因的调控网络关系44-47
• 第5章 总结与讨论47-50
• 参考文献50-55
• 附录55-59
• 表一、GENE ONTOLOGY通路富集分析结果55-57
• 表二、人INO80复合物可能直接调控的基因57-59
• 致谢59-60
• 硕士期间科研成果60

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 龚燕华;ATP依赖的染色质重塑复合体[J];国外医学(分子生物学分册);2002年06期

  本文关键词：人INO80染色质重塑复合物调控基因的分析与基因间调控网络的构建，由笔耕文化传播整理发布。

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本文编号：326224