圈养林麝MHC基因和线粒体序列的遗传多样性

发布时间：2017-04-25 13:00

  本文关键词：圈养林麝MHC基因和线粒体序列的遗传多样性，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：林麝(Moschus berezovskii)是一种分布于中国西部和越南北部的高海拔动物。它历史上数量众多,但栖息地丧失和偷猎已经使得这一物种种群数剧烈下降,并因此而被IUCN列为濒危动物。本文主要研究结果为：1.描述了一个主要组织相容性复合体(MHC)基因座位的遗传多样性,并将促使这种多样性产生的动力因子区分开来。作者从四川的一个圈养林麝种群里发现了7个DRB第二外显子的等位基因。和其它濒危或者圈养有蹄类动物相比,圈养林麝的MHC遗传多样性水平较低。2.利用该圈养林麝种群的MHC等位基因进行分析,作者发现,非同义替换主要发生于推定的肽结合区域(PBR),进一步分析表明,重组和选择共同塑造了这一基因座位的遗传多样性。具体来讲,等位基因的重组产生了新的等位基因,正选择作用于PBR区域,而负选择(或净化选择)作用于非PBR区域。了解MHC功能基因的变异有利于优化林麝圈养繁育项目的规划和管理。3.本实验在之前研究的基础上进一步分析了来自四川西部和陕西秦岭两个区域圈养种群的林麝线粒体控制区和MHC DRB基因座位的空间遗传变异,揭示了这两个区域林麝的遗传结构和进化历史。4.本实验观测到两个区域圈养种群之间有中等水平的遗传分化,这种分化可能是由它们祖先的分化所导致的,分化时间可以追溯到大约37,800-56,700年前。MHC数据表明选择作用影响了这两个区域种群的DRB等位基因频率,这很可能反映了林麝对当地病原体的适应性。而且,秦岭种群的DBR等位基因和线粒体序列的遗传多样性水平要高于四川西部的种群,说明了四川西部的林麝历史上可能源于秦岭,种群数量历史的模型基本上支持这一点。5.基于两个区域圈养种群的遗传分化和地理分离,作者建议把这些区域作为不同的管理单元,从而维持这一物种的进化潜力。
【关键词】：林麝 MHC 线粒体 遗传多样性 种群数量
【学位授予单位】：北京林业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S865.41
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 第一部分 引言7-18
• 1. 林麝的研究背景7-11
• 1.1. 林麝的生物学特征7
• 1.2. 林麝的地理分布和栖息地7-8
• 1.3. 林麝濒危状况和原因8-9
• 1.4. 林麝的保护现状9
• 1.5. 人工养麝进展及问题9-10
• 1.6. 林麝的行为生态学研究10
• 1.7. 林麝的生理和疾病研究10-11
• 1.8. 林麝的分子生物学研究11
• 2. 保护遗传学的应用11-14
• 2.1. 保护遗传学的研究进展11-12
• 2.2. 保护遗传学使用的分子标记12-14
• 2.2.1. 线粒体控制区(D-Loop区)12-13
• 2.2.2. 主要组织相容性复合体(MHC)基因13-14
• 3. 基因分型的方法及进展14-16
• 3.1. 基于PCR的基因分型技术15
• 3.2. 基因分型技术的问题15-16
• 4. 本研究的立题依据、目的和内容16-18
• 第二部分 研究内容18-41
• 5. 以四川片仔癀圈养种群为例调查林麝MHC遗传多样性及产生机制18-31
• 5.1. 实验材料18-19
• 5.1.1. 实验样品18
• 5.1.2. 主要实验仪器18-19
• 5.1.3. 主要实验试剂19
• 5.2. 实验方法19-20
• 5.2.1. 血液基因组DNA的提取19
• 5.2.2. PCR扩增及条件19-20
• 5.3. 基因分型20-21
• 5.3.1. 基于克隆测序的基因分型20-21
• 5.3.2. 单链构象多态性(SSCP)分型21
• 5.4. 数据分析21-24
• 5.4.1. 分析序列多态性21-22
• 5.4.2. 检测基因重组22-24
• 5.4.3. 检测选择作用24
• 5.5. 结果分析24-28
• 5.5.1. 林麝基因组DNA提取结果24
• 5.5.2. PCR扩增24-25
• 5.5.3. 序列变异25-26
• 5.5.4. 分析重组和选择26-28
• 5.6. 讨论28-31
• 6. 川西和陕西秦岭圈养林麝种群遗传多样性的差异31-41
• 6.1. 实验材料31-32
• 6.1.1. 实验样品31-32
• 6.1.2. 主要实验仪器32
• 6.1.3. 主要实验试剂32
• 6.2. 实验方法32-33
• 6.2.1. 血液基因组DNA的提取32
• 6.2.2. PCR扩增及条件32-33
• 6.3. 数据分析33-35
• 6.3.1. 线粒体序列分析33-35
• 6.3.2. MHC等位基因分析35
• 6.4. 结果分析35-39
• 6.4.1. 线粒体控制区的种群遗传和系统发生分析35-38
• 6.4.2. 基于MHC基因的林麝种群遗传结构38-39
• 6.5 讨论39-41
• 第三部分 结论41-43
• 7. 结论、创新及展望41-43
• 7.1 结论41
• 7.2 创新41
• 7.3 展望41-43
• 参考文献43-50
• 作者简介50-51
• 导师简介51-52
• 获得成果目录清单52-53
• 致谢53

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