乳腺癌肿瘤巨噬细胞相关基因挖掘以及机制研究

发布时间：2021-07-09 05:20

　　目的:乳腺癌是全世界女性中最常见的癌症,也是与癌症相关死亡的主要原因之一。在乳腺癌中,肿瘤相关巨噬细胞（Tumour-associated macrophages,TAM）可以大量存在,并且可能占肿瘤细胞总数的50%以上。有研究表明TAM与乳腺癌预后不良密切相关,而且TAM会影响常规疗法（如化学疗法和放射疗法）和免疫疗法的治疗效果,因此减少巨噬细胞浸润,抑制所涉及的信号传导途径或中断TAM与肿瘤细胞之间的相互作用可能是乳腺癌潜在的治疗手段。本研究将免疫浸润与加权网络共表达分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）将结合,旨在找出乳腺癌TAM相关的核心节点基因,为乳腺癌诊断与治疗提供新的思路。方法:1.乳腺癌芯片数据来源于GEO（Gene Expression Omnibus）数据库,利用R语言中的affy包对芯片数据标准化。将标准化的基因表达数据上传到CIBERSORT,计算出22种浸润免疫细胞的相对比例作为临床表型。2.将分析得到的浸润免疫细胞比例与WGCNA的基因模块联合分析,筛选与乳腺癌TAM相关性最高的基因模块,... 

【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

TCGA-BRCARNAseq下载界面

第1章免疫浸润分析21.1材料与方法1.1.1数据来源乳腺癌数据主要来源于开源数据库TheCancerGenomeAtlas（TCGA）（https://portal.gdc.cancer.gov/），包括两部分：一是乳腺癌转录组数据（RNAseq），包括1101个癌症样本和121个癌旁样本；二是乳腺癌患者临床数据，共有1097乳腺癌患者临床信息．在TCGA数据库选择HTSeq-FPKM-UQ乳腺癌数据进行下载，HTSeq-FPKM-UQ是经过标准化质量控制的，以此消除批次效应或文库大小带来的差异。图1.1、1.2分别为乳腺癌转录组数据和乳腺癌患者临床信息的下载界面。图1.1TCGA-BRCARNAseq下载界面图1.2TCGA-BRCA临床数据下载

第1章免疫浸润分析41.2分析结果1.2.1免疫细胞比例图1.3免疫细胞比例柱状图，不同颜色代表22种不用免疫细胞，纵坐标代表不同免疫细胞所占百分比，横坐标代表TCGA乳腺癌样本编号。图1.4免疫细胞比例热图，纵坐标代表不同的免疫细胞在组织中所占比例，横坐标代表TCGA乳腺癌样本编号。不同的免疫细胞在组织中所占比例越高，颜色越红，type中的con代表乳腺癌癌旁组织，treat代表乳腺癌组织。


本文编号：3273112