前列腺癌差异基因表达及信号通路的生物信息学分析

发布时间：2021-07-17 19:22

　　目的通过生物信息挖掘技术对前列腺癌基因表达谱进行分析后得到差异基因及所涉及生物学信号通路。方法使用生物信息挖掘技术对GSE46602、GSE55945、GSE69223基因表达谱芯片数据集进行分析后取交集得到差异表达基因（DEGs）,后使用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论（GO）及生物信号通路（KEGG）富集分析,使用STRING数据库及Cytoscape的cytoHubba应用程序得到蛋白互作（PPI）网络及关键基因并进行排序,最后将所得关键基因在TCGA数据库中进行验证。结果通过对GEO数据库前列腺癌的3个数据集使用R软件等工具进行分析,总共发现了225个DEGs,其中55个表达上调、170个表达下调。通过GO功能富集分析及KEGG通路分析发现这些基因富集在细胞迁移调节和血管生成等功能中,以及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶（PI3K/Akt）和p53等信号上。构建DEGs的PPI互作网络并通过cytoHubba筛选出最重要的10个基因并与TCGA数据库数据进行对比,发现碱性螺旋环螺旋转录因子1（TWIST1）、Snail家族转录抑制因子2（SNAI2）、血管内皮生长因子受体2（... 

【文章来源】：中华实验外科杂志. 2020,37(12)北大核心CSCD

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本文编号：3288784