KRAS基因中肺癌相关的nsSNPs筛选与模拟研究

发布时间：2021-07-18 07:11

　　近些年以来,癌症的发病率越来越高。肺癌是最常见的癌症类型,也是导致身亡的主要癌症类型之一。而非小细胞肺癌（NSCLC）是所有肺癌类型中最为重要的一种。以往的研究发现,肺癌主要是由于基因组变异的累积引起的。其中,KRAS基因是目前最常见的一种由于基因编码突变导致肺癌的重要基因。单核苷酸多态性（SNPs）是一种基因变异,主要指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。单核苷酸多态性（SNPs）是一种很常见的人类可遗传变异,在人类基因组中广泛存在。整个人类基因组中每200-300bp就会有一个SNP变异,占所有已知多态性的80%以上。在多种SNPs突变类型中,发生在外显子区域的非同义替换（nsSNPs）会引起转录或翻译的机制改变,导致蛋白质二级序列改变,从而影响蛋白质的正常基因调控和原始功能。所以,nsSNPs会导致多种类型的疾病,是非常有害的单核苷酸变异。在以往的研究看来,实验是无法在分子机制上探究突变是如何对KRAS基因和蛋白质产生影响的。本课题通过计算筛选和分子动力学方法研究了KRAS基因中与肺癌相关的nsSNPs突变,解决了上述这一问题。我们使用经过高度训练和优化的计... 

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各种癌症发病率和死亡率的百分比[3]

上海交通大学硕士学位论文3三重要癌症类型。就死亡的人数来说，肝癌、胃癌是除了肺癌之外，死亡人数最多的另外两种癌症。在女性的恶性肿瘤中，患病与死亡人数最多的是乳腺癌这种恶性肿瘤，结直肠癌和肺癌是患病和死亡人数排名第二的癌症类型。排名第四的是患宫颈癌，其患病人数和因它死亡的人数见图1-2。在中国的所有恶性肿瘤中，患肺癌和因此去世的人数也是最多的，在刚过去的几年里，患肺癌的数量越来越多，逐年增长，极大的威胁着人类的健康。所以恶性肿瘤的研究是医学及科研人员需要攻克的一个重大难题，也是受到关注的重点方向。然而就目前的阶段而言，各种癌症的发病原因、治疗程序等尚不清楚，因此，对恶性肿瘤的研究显得非常有必要的，且迫在眉睫。特别是患病和死亡人数排名第一的肺癌。图1-1各种癌症发病率和死亡率的百分比[3]Fig.1-1Percentageofmorbidityandmortalityofvariouscancers图1-2全世界所有年龄段的男性、女性癌症发病率和死亡人数估计[3]Fig.1-2EstimatesofcancerincidenceandmortalityinmenandwomenofallagesworldwideTotal:9555027Total:18078957

上海交通大学硕士学位论文8图1-3Ras的信号通路图[10]Fig.1-3TheRassignallingpathway1.4单核苷酸多态性（SNP）1.4.1SNP含义和特点单核苷酸多态性(SNPs)是在生物体的基因组中存在的一种可以被遗传的重要突变[24]，90％以上的遗传多态性都属于单核苷酸多态性。SNP通常发生在同类生物不同个体之间的同一个等位DNA序列上，是指由于一个核苷酸的插入、缺失或被替代变成其它核苷酸，进而造成差异的现象[25,26]。在人类中的整个基因组中每200-300bp就会有一个SNP变异[27]。在人类中SNP存在一定的频率（>1%）[28]，所以人类的基因组才会出现多样性。有一些SNP被称为是功能性的，这些SNP突变会导致其编码表达的蛋白质功能发生变化。在多种突变类型中，发生在外显子区域突变的非同义替换(nsSNP)会使转录或翻译的机制改变，导致蛋白质二级序列改变，从而影响蛋白质的正常基因调控或自然功能，进而引起有机体的许多疾


本文编号：3289105