肺动脉高压关键基因的筛选及生物信息学分析

发布时间：2021-07-21 10:09

　　目的 :筛选肺动脉高压发生的关键基因,推断与肺动脉高压相关的一些微小RNA（microRNA）功能,为进一步探索肺动脉高压可能的潜在调控靶点提供理论依据。方法:从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）下载3个人肺组织来源的基因芯片,应用R语言和GEO2R筛选肺动脉高压患者与正常人肺组织中差异表达基因和差异表达microRNA,并通过DAVID 6.8数据库进行基因功能分析和信号通路富集分析,STRING在线数据库构建蛋白之间相互作用可视化网络图（PPI）,TargetScan数据库预测差异microRNA靶基因,Cytoscape 3.6.1软件构建microRNA-mRNA网络。结果:获得226个差异基因,这些差异基因主要涉及细胞趋化、炎症反应等生物学过程,主要参与造血细胞系、性别等方面的信号通路,从PPI中识别出10个关键基因HGF、KIT、VCAM1、CXCL12、ITGAM、FPR1、CXCL9、CXCR1、TLR8、CXCR2;获得29个差异microRNA,构建了microRNA-mRNA网络,并从网络中识别出5个关键microRNA。结论... 

【文章来源】：中国循环杂志. 2020,35(08)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

PPI网络中的显著簇集模块

226个差异基因的PPI网络

上调差异micro RNA-m RNA网络

【参考文献】：
期刊论文
[1]2018中国肺高血压诊断和治疗指南解读[J]. 沈节艳,庄琦.  中国循环杂志. 2019(S1)
[2]趋化因子与心律失常的关系[J]. 布阿杰尔古丽·纳斯尔,周祁娜.  中国循环杂志. 2018(09)
[3]肺动脉高压免疫炎症机制研究进展[J]. 郑亚国,何建国,熊长明.  中国循环杂志. 2013(06)



本文编号：3294824