BRCA2相关的乳腺癌基因内含子与外显子探究

发布时间：2021-07-22 01:54

　　乳腺癌作为一种严重威胁女性生命与健康的癌症,其在世界范围内,发病率与死亡率依然处于逐年上升的趋势。在研究中发现乳腺癌的发病原因主要是由于乳腺基因的突变,并且致病突变是发生在乳腺基因的外显子（Exon）上。BRCA2 （breast cancer 2）是乳腺癌的易感基因,有研究表明,BRCA2基因的外显子序列突变导致了乳腺癌的发病率提高,死亡率也会提高。因此,对BRCA2基因外显子的研究显得尤为重要。而现有的方法对BRCA2外显子序列的预测并非完全准确,本研究利用了m RNA是DNA外显子序列转录结果的原理,以及内含子与外显子的统计显著性,对BLAST比对算法进行改进,用于预测BRCA2基因的外显子序列与内含子序列,并成功预测了BRCA2的外显子序列。预测结果与NCBI中的数据比较,具有更高的可信度。 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(08)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

2012年全世界女性新增癌症患者分布

本研究算法的结果与NCBI上的数据相比较，在第6个、第7个、第9个、第10个、第11个、第12个、第13个、第16个、第17个、第21个、第22个、第23个、第24个外显子都有1～4个核苷酸的差别，在第27个外显子，本研究算法预测的外显子只有1 049个核苷酸，而NCBI中的数据第27个外显子有1 511个核苷酸，本研究算法的结果多出了第28个外显子，其他预测外显子序列与NCBI相同。在最终结果与m RNA的匹配结果中，出现了6个不匹配的核苷酸对。分别在第10个外显子序列第17 113位核苷酸匹配为A对C，第17 795位核苷酸匹配为C对T，在第11个外显子序列第23 439位核苷酸匹配为A对G，第25 389位核苷酸匹配为G对C，在第11个外显子序列第83 659位核苷酸匹配为A对G，第83 663位核苷酸匹配为空位对C。本研究的不匹配核苷酸对在NCBI的数据中也有出现，这是因为在基因测序中可能会出现单个基因的测序错误或者在转录过程中基因突变。NCBI中对BRCA2的预测，外显子序列长度之和比BRCA2的m RNA序列的长度高出462，而本研究算法覆盖了除首位两个核苷酸外的所有m RNA上的核苷酸，并且对比m RNA序列，本算法结果没有多余的核苷酸序列。本研究算法数据在对比BRCA2的NCBI外显子数据和m RNA数据后得出，本算法在对BRCA2的外显子与内含子预测中有较高的准确率，在对短序列外显子的预测中，准确率高于长序列外显子的预测结果，并且在对27号外显子预测结果对比后发现，本算法能够避免在对长序列外显子预测中，预测到多余的外显子核苷酸序列。

通过ORF Finder找到了40个开放性阅读框，ORF Finder使用的验证方法是将开放性阅读框翻译成氨基酸序列，与现有数据库进行BLASTP比对，如果有与翻译成的氨基酸有一个或者多个显著相似序列，则该开放性阅读框的可信性比较高。只有ORF1的序列使用BLASTP进行序列比对有5个高度相似的序列，因此ORF1具有高可信性。ORF1从229个核苷酸开始到10 485个核苷酸结束，包含10 257个核苷酸。ORF4,ORF8,ORF10,ORF23分别有几个低相似度的序列，因此不具有可信性。图4 开放性阅读框

【参考文献】：
期刊论文
[1]Cancer incidence and mortality in China, 2014[J]. Wanqing Chen,Kexin Sun,Rongshou Zheng,Hongmei Zeng,Siwei Zhang,Changfa Xia,Zhixun Yang,He Li,Xiaonong Zou,Jie He.  Chinese Journal of Cancer Research. 2018(01)
[2]细胞周期相关基因CDKN2A、TP53、RB1和BRCA2在恶性肿瘤中的研究进展[J]. 贺小威,徐玲.  现代肿瘤医学. 2018(01)



本文编号：3296205