园艺植物心皮（室）数基因CLAVATA3生物信息学分析及遗传评价
发布时间：2021-07-30 11:32
心皮是被子植物特有的器官,是植物界进化的产物,是子房的主要组成部分。CLAVATA3（CLV3）基因是调控植物心皮（室）数量的重要基因,对以果实为商品器官和观赏用途的园艺植物具有重要意义。本研究利用生物信息学分析的方法对11个园艺植物的（CLV3）基因进行信息检索、系统发育分析、结构比较等,为阐明CLV3基因在不同物种间的进化关系奠定了基础。多数研究认为,植物心皮（室）是受显隐性基因调控的。黄瓜作为我国大宗园艺植物,其果实既有重要的食用价值,同时不同的果实性状、果皮颜色等极具观赏价值。本研究选择黄瓜作为构建5心皮渗入系的材料,通过分子标记辅助选择的方法进行多代回交,对CsCLAVATA3基因进行遗传评价,为进一步解析CsCLAVATA3基因调控黄瓜果实形状及重量的多效性及其分子机理奠定基础。本研究主要结果如下:1.根据检索到的黄瓜、拟南芥、番茄、胡萝卜、苹果、甜橙、野草莓、碧桃、猴面花、洛杉矶耧斗菜、大花蔷薇等11个物种的CLV3基因,对其进行了信号肽预测、基因分子量、等电点等指标的预测,并将CLV3基因在各物种的染色体上进行了定位。在检索到的所有CLV3基因中,共有66个具有信号肽,...
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：55 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
CLV3蛋白多序列比对图
?⑻?橙具有信号肽的CLV3基因占比均超过60%，分别为69.2%，66.6%，63.6%。对各物种CLV3多肽基因家族的理化性质预测分析，发现该家族氨基酸大小范围在72~229之间，平均大小为102。这11个物种中，亲水性最强的分别是黄瓜CsCLV3-5、拟南芥AtCLV3-12、番茄SlCLV3-1、胡萝卜DcCLV3-11、苹果MdCLV3-1、甜橙CisCLV3-11、野草莓FvCLV3-1、碧桃PpCLV3-1、猴面花MgCLV3-5、洛杉矶耧斗菜AcCLV3-1、大花蔷薇CgCLV3-7。龙凌云[54]认为，蛋白质的亲水性与疏水性是用于评判蛋白质跨膜区域的重要依据，但所有的疏水性区域不都为跨膜区域。图2.3CLV3蛋白基序图Figure2.3CLV3proteinmotif
-28-图3.1亲本材料及果实剖面图Figure3.1Parentmaterialandfruitsection3.1.1.2分子标记筛选根据Yang等发表的黄瓜基因组连锁遗传图谱的SSR标记，结合TrueLemon，JC4和CCMC的基因组重测序数据，运用美国威斯康辛大学WengYiqun博士的In-SlicoPCR（http://cuke.vcru.wisc.edu/wenglab/updata/）分析平台分别对TL和JC4、TL和CCMC的多态SSR进行筛选，进一步根据Yang等发表的黄瓜基因组连锁遗传图谱[60]均匀地在7条染色体上挑选SSR标记，委托南京钟鼎生物技术公司合成并寄送至实验室。3.1.2试验方法3.1.2.1群体构建过程分别以JC4和CCMC为受体亲本（之后均作为轮回母本出现），TL为供体亲本进行杂交；次年，种植杂种F1代，并用两个轮回亲本做母本回交得到BC1F1种子。2016年9月，种植BC1F1群体，结合心皮数关联标记dCAPS1（D1）筛选杂合型植株，并经MAS选择，选出目标单株继续用JC4和CCMC回交，获得BC2F1种子，选择目标单株
【参考文献】：
期刊论文
[1]葡萄全基因组WRKY转录因子鉴定和分析[J]. 苏玲,王鹏飞,杨阳,任凤山,王咏梅,陈万钧. 黑龙江农业科学. 2019(01)
[2]小麦SBP基因家族生物信息学分析[J]. 吕亮杰,陈希勇,胡梦芸,刘玉平,孙丽静,马乐,李辉. 华北农学报. 2018(06)
[3]利用回交和标记辅助选择快速培育高油酸花生品种及其评价[J]. 张照华,王志慧,淮东欣,谭家壮,陈剑洪,晏立英,王晓军,万丽云,陈傲,康彦平,姜慧芳,雷永,廖伯寿. 中国农业科学. 2018(09)
[4]不同处理对‘巨峰’葡萄无核化及果实品质的影响[J]. 刘金标,李洪艳,曹雄军,时晓芳,张瑛,周咏梅,谢太理. 西南农业学报. 2017(12)
[5]植物F3’H基因的序列与进化分析[J]. 胡利宗,张佳慧,王秋霞,李俐俐,王红星. 东北农业大学学报. 2015(03)
[6]植物多肽信号分子CLE家族[J]. 高丽. 生物技术通报. 2014(11)
[7]黄瓜成熟瓜网纹基因H遗传定位及候选基因分析[J]. 王敏,顾兴芳,苗晗,刘书林,王烨,Todd C.Wehner,张圣平. 中国农业科学. 2014(08)
[8]不同低温胁迫下野扁桃与栽培扁桃花原基解剖结构观察[J]. 钟海霞,陆婷,刘立强,李疆,李古权. 西北农业学报. 2013(12)
[9]弱光胁迫对不同基因型玉米雌雄花发育和授粉结实能力的影响[J]. 周卫霞,王秀萍,穆心愿,李潮海. 作物学报. 2013(11)
[10]CLE多肽参与植物分生组织维持与分化平衡的信号转导研究[J]. 吴锦斌,宋银,乔睿,强毅,王国栋. 生命科学. 2013(04)
博士论文
[1]黄瓜种质群体遗传结构分析和黄瓜心皮数基因Cn的克隆[D]. 李森.山西农业大学 2015
[2]拟南芥STM、WUS和CLV3相互作用调控茎端分生组织干细胞活性的研究[D]. 周超.山东农业大学 2015
硕士论文
[1]中国十字花科果实及种子形态学研究[D]. 曹董玲.哈尔滨师范大学 2015
[2]豆科3亚科5属5种植物花发育形态学研究[D]. 周晶.西北农林科技大学 2015
[3]模式植物CLE多肽基因家族的生物信息学分析与鉴定[D]. 张宇.天津大学 2015
[4]中国木莲属植物的观赏性状研究和观赏价值评价[D]. 唐浩君.云南农业大学 2012
[5]灰杨再生体系的建立和PcHMA3的克隆及生物信息学分析[D]. 龙凌云.西北农林科技大学 2012
[6]CLAVATA1-ECD与CpTI的克隆表达纯化及初步功能的研究[D]. 李锋.北京林业大学 2011
[7]蔷薇科三种植物的比较解剖研究[D]. 张松梅.东北师范大学 2008
[8]毛茛科心皮多样性及其系统学研究[D]. 唐小华.陕西师范大学 2008
[9]拟南芥、荠菜心皮发育相关基因CRABS CLAW cDNA克隆及交互转化[D]. 赵燕.湖南农业大学 2007
本文编号：3311324
【文章来源】：山西农业大学山西省
【文章页数】：55 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
CLV3蛋白多序列比对图
?⑻?橙具有信号肽的CLV3基因占比均超过60%，分别为69.2%，66.6%，63.6%。对各物种CLV3多肽基因家族的理化性质预测分析，发现该家族氨基酸大小范围在72~229之间，平均大小为102。这11个物种中，亲水性最强的分别是黄瓜CsCLV3-5、拟南芥AtCLV3-12、番茄SlCLV3-1、胡萝卜DcCLV3-11、苹果MdCLV3-1、甜橙CisCLV3-11、野草莓FvCLV3-1、碧桃PpCLV3-1、猴面花MgCLV3-5、洛杉矶耧斗菜AcCLV3-1、大花蔷薇CgCLV3-7。龙凌云[54]认为，蛋白质的亲水性与疏水性是用于评判蛋白质跨膜区域的重要依据，但所有的疏水性区域不都为跨膜区域。图2.3CLV3蛋白基序图Figure2.3CLV3proteinmotif
-28-图3.1亲本材料及果实剖面图Figure3.1Parentmaterialandfruitsection3.1.1.2分子标记筛选根据Yang等发表的黄瓜基因组连锁遗传图谱的SSR标记，结合TrueLemon，JC4和CCMC的基因组重测序数据，运用美国威斯康辛大学WengYiqun博士的In-SlicoPCR（http://cuke.vcru.wisc.edu/wenglab/updata/）分析平台分别对TL和JC4、TL和CCMC的多态SSR进行筛选，进一步根据Yang等发表的黄瓜基因组连锁遗传图谱[60]均匀地在7条染色体上挑选SSR标记，委托南京钟鼎生物技术公司合成并寄送至实验室。3.1.2试验方法3.1.2.1群体构建过程分别以JC4和CCMC为受体亲本（之后均作为轮回母本出现），TL为供体亲本进行杂交；次年，种植杂种F1代，并用两个轮回亲本做母本回交得到BC1F1种子。2016年9月，种植BC1F1群体，结合心皮数关联标记dCAPS1（D1）筛选杂合型植株，并经MAS选择，选出目标单株继续用JC4和CCMC回交，获得BC2F1种子，选择目标单株
【参考文献】：
期刊论文
[1]葡萄全基因组WRKY转录因子鉴定和分析[J]. 苏玲,王鹏飞,杨阳,任凤山,王咏梅,陈万钧. 黑龙江农业科学. 2019(01)
[2]小麦SBP基因家族生物信息学分析[J]. 吕亮杰,陈希勇,胡梦芸,刘玉平,孙丽静,马乐,李辉. 华北农学报. 2018(06)
[3]利用回交和标记辅助选择快速培育高油酸花生品种及其评价[J]. 张照华,王志慧,淮东欣,谭家壮,陈剑洪,晏立英,王晓军,万丽云,陈傲,康彦平,姜慧芳,雷永,廖伯寿. 中国农业科学. 2018(09)
[4]不同处理对‘巨峰’葡萄无核化及果实品质的影响[J]. 刘金标,李洪艳,曹雄军,时晓芳,张瑛,周咏梅,谢太理. 西南农业学报. 2017(12)
[5]植物F3’H基因的序列与进化分析[J]. 胡利宗,张佳慧,王秋霞,李俐俐,王红星. 东北农业大学学报. 2015(03)
[6]植物多肽信号分子CLE家族[J]. 高丽. 生物技术通报. 2014(11)
[7]黄瓜成熟瓜网纹基因H遗传定位及候选基因分析[J]. 王敏,顾兴芳,苗晗,刘书林,王烨,Todd C.Wehner,张圣平. 中国农业科学. 2014(08)
[8]不同低温胁迫下野扁桃与栽培扁桃花原基解剖结构观察[J]. 钟海霞,陆婷,刘立强,李疆,李古权. 西北农业学报. 2013(12)
[9]弱光胁迫对不同基因型玉米雌雄花发育和授粉结实能力的影响[J]. 周卫霞,王秀萍,穆心愿,李潮海. 作物学报. 2013(11)
[10]CLE多肽参与植物分生组织维持与分化平衡的信号转导研究[J]. 吴锦斌,宋银,乔睿,强毅,王国栋. 生命科学. 2013(04)
博士论文
[1]黄瓜种质群体遗传结构分析和黄瓜心皮数基因Cn的克隆[D]. 李森.山西农业大学 2015
[2]拟南芥STM、WUS和CLV3相互作用调控茎端分生组织干细胞活性的研究[D]. 周超.山东农业大学 2015
硕士论文
[1]中国十字花科果实及种子形态学研究[D]. 曹董玲.哈尔滨师范大学 2015
[2]豆科3亚科5属5种植物花发育形态学研究[D]. 周晶.西北农林科技大学 2015
[3]模式植物CLE多肽基因家族的生物信息学分析与鉴定[D]. 张宇.天津大学 2015
[4]中国木莲属植物的观赏性状研究和观赏价值评价[D]. 唐浩君.云南农业大学 2012
[5]灰杨再生体系的建立和PcHMA3的克隆及生物信息学分析[D]. 龙凌云.西北农林科技大学 2012
[6]CLAVATA1-ECD与CpTI的克隆表达纯化及初步功能的研究[D]. 李锋.北京林业大学 2011
[7]蔷薇科三种植物的比较解剖研究[D]. 张松梅.东北师范大学 2008
[8]毛茛科心皮多样性及其系统学研究[D]. 唐小华.陕西师范大学 2008
[9]拟南芥、荠菜心皮发育相关基因CRABS CLAW cDNA克隆及交互转化[D]. 赵燕.湖南农业大学 2007
本文编号：3311324
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3311324.html
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