狐狸TYRP1和PMEL基因核心启动子区及转录因子结合位点研究

发布时间：2021-08-02 06:18

　　狐狸具有丰富多彩的毛色,是创制天然彩色毛皮的最佳材料,其颜色的变化对自身对抗疾病的能力和生产性能具有重要的反映作用。狐狸酪氨酸相关蛋白1（tyrosinase related protein 1,TYRP1）基因和前黑素小体蛋白（premelanosome protein,PMEL）基因是调控狐狸毛色的主要候选基因。本研究旨在筛选调控狐狸毛色基因TYRP1和PMEL的启动子核心区域及转录因子结合位点,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据,并为狐狸毛皮品质分子育种和彩色毛皮新材料的创制提供思路。本研究通过全基因组测序技术,获得了狐狸TYRP1和PMEL基因上游启动子序列。下载EPD数据库中人和小鼠的TYRP1和PMEL基因启动子序列,与已知狐狸启动子序列进行BLAST比对。发现狐狸TYRP1基因已知序列-866/-512（355bp）区域和-866/-508（359bp）区域与人和小鼠TYRP1基因核心启动子序列相似度较高,分别为82%和74%。发现EPD数据库中存在人的两种PMEL基因核心启动子序列分别比对上狐狸PMEL基因已知启动子序列A区域-1669/-684（986 bp）和B... 

【文章来源】：河北农业大学河北省

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
1 引言
    1.1 影响哺乳动物黑色素形成的基因研究现状
    1.2 TYRP1基因与毛色关系的研究现状
    1.3 PMEL基因与毛色关系的研究现状
    1.4 狐狸TYRP1和PMEL基因与毛色关系的研究现状
    1.5 启动子研究方法
        1.5.1 真核生物启动子结构特征
        1.5.2 真核生物启动子研究方法
    1.6 转录因子结合位点的研究方法
        1.6.1 真核生物转录因子研究
        1.6.2 真核生物转录因子结合位点的研究方法
    1.7 主要研究内容和研究意义
        1.7.1 研究内容
        1.7.2 研究意义
2 材料与方法
    2.1 材料
        2.1.1 狐狸样品采集
        2.1.2 试验菌株来源
        2.1.3 载体和细胞种类
        2.1.4 数据分析工具
        2.1.5 主要试验试剂及来源
        2.1.6 试验仪器设备
    2.2 方法
        2.2.1 狐狸样品DNA提取
        2.2.2 狐狸TYRP1基因引物设计
        2.2.3 狐狸PMEL基因引物设计
        2.2.4 基因5’侧翼区的PCR扩增
        2.2.5 PCR扩增产物检测和纯化
        2.2.6 PCR扩增产物克隆载体的构建
        2.2.7 连接产物转化和阳性克隆载体的筛选
        2.2.8 阳性质粒的小量提取
        2.2.9 阳性质粒和pGL3-Basic质粒的双酶切和片段回收
        2.2.10 酶切目的片段的表达载体构建
        2.2.11 无内毒素阳性目的重组质粒的大量提取
        2.2.12 转染细胞的培养
        2.2.13 细胞的瞬时转染
        2.2.14 重组质粒活性检测与数据处理
3 结果与分析
    3.1 狐狸TYRP1和PMEL基因上游序列同源性分析
        3.1.1 狐狸TYRP1基因已知上游序列的同源性分析
        3.1.2 狐狸PMEL基因已知上游序列的同源性分析
    3.2 狐狸TYRP1和PMEL基因上游序列与EPD数据库比对分析
        3.2.1 狐狸TYRP1基因已知上游序列比对分析结果
        3.2.2 狐狸PMEL基因已知上游序列比对分析结果
    3.3 狐狸TYRP1基因上游序列启动子预测
        3.3.1 狐狸TYRP1基因上游序列Promoter2.0预测结果
        3.3.2 狐狸TYRP1基因上游序列Neural Network Promoter Prediction预测结果
        3.3.3 狐狸TYRP1基因上游序列GPMiner预测结果
        3.3.4 狐狸TYRP1基因上游序列MethPrimer预测结果
    3.4 狐狸PMEL基因上游序列启动子预测
        3.4.1 狐狸PMEL基因上游序列Promoter2.0预测结果
        3.4.2 狐狸PMEL基因上游序列Neural Network Promoter Prediction预测结果
        3.4.3 狐狸PMEL基因上游序列GPMiner预测结果
        3.4.4 狐狸PMEL基因上游序列MethPrimer预测结果
    3.5 狐狸TYRP1和PMEL基因启动子缺失片段的载体构建
        3.5.1 狐狸DNA的提取
        3.5.2 狐狸TYRP1和PMEL基因启动子缺失片段的PCR扩增
        3.5.3 狐狸TYRP1和PMEL基因启动子缺失片段克隆载体的构建
        3.5.4 狐狸TYRP1和PMEL基因启动子缺失片段报告基因载体的构建
        3.5.5 狐狸TYRP1和PMEL基因启动子缺失片段报告基因载体的测序鉴定
    3.6 狐狸TYRP1和PMEL基因启动子缺失片段活性验证
        3.6.1 瞬时转染的细胞培养
        3.6.2 瞬时转染的最佳条件确定
        3.6.3 狐狸TYRP1基因启动子缺失片段细胞转染活性分析
        3.6.4 狐狸PMEL基因启动子缺失片段细胞转染活性分析
    3.7 狐狸TYRP1和PMEL基因核心启动子区的转录因子结合位点研究
        3.7.1 狐狸TYRP1基因核心启动子区的转录因子结合位点预测
        3.7.2 狐狸PMEL基因核心启动子区的转录因子结合位点预测
        3.7.3 狐狸TYRP1基因核心启动子区突变载体的构建与活性验证
        3.7.4 狐狸PMEL基因核心启动子区突变载体的构建与活性验证
4 讨论
    4.1 启动子片段扩增分析
    4.2 启动子表达载体的构建
    4.3 细胞培养和转染的影响因素
    4.4 狐狸TYRP1基因核心启动子区域分析
    4.5 狐狸PMEL基因核心启动子区域分析
    4.6 转录因子结合位点分析
5 结论
参考文献
作者简历
在读期间发表论文情况
致谢
详细摘要


【参考文献】：
期刊论文
[1]小鼠白细胞介素-10表达载体的构建及其在N9细胞中的表达[J]. 张立娟,游奕菲.  实验科学与技术. 2017(05)
[2]山羊PMEL基因启动子活性及转录调控元件分析[J]. 李丽莎,彭永东,郑晓宁,李祥龙.  畜牧兽医学报. 2017(05)
[3]SP1调控PIWIL1基因启动子转录活性研究[J]. 叶丽萍,顾彬彬,方从诚,朱敏,毛鑫礼,王超.  医学研究杂志. 2016(06)
[4]獭兔酪氨酸酶相关蛋白1（Tyrp1）基因序列分析及外显子多态性研究[J]. 郝晔,施丽娟,闫晓荣,赵博昊,朱杰,陈阳,翁巧琴,吴信生.  安徽农业科学. 2016(09)
[5]CREB及p-CREB在前列腺癌细胞增殖中的作用[J]. 唐海斌,马越云,苏明权,李蕊,常亮,高萌,付晓蕊,杨玉琪,郝晓柯.  中国肿瘤生物治疗杂志. 2016(02)
[6]狐狸人工授精技术研究进展[J]. 张磊,李英杰,张文香,冯敏山,吴建华,张洪伟,刘铮铸,巩元芳,郭秀玲,陆奇玉.  畜牧与兽医. 2016(02)
[7]动物毛色候选基因TYRP1的研究进展[J]. 李丽莎,李祥龙.  河北科技师范学院学报. 2015(04)
[8]狐狸Agouti基因SNPs筛查及其与毛色关联性分析[J]. 李英杰,刘铮铸,巩元芳,徐桂利,张磊,唐家明,段玲欣,刘谢荣,郭秀玲,陆奇玉.  畜牧兽医学报. 2015(09)
[9]毛皮动物毛色调控基因的研究进展[J]. 徐桂利,刘铮铸,巩元芳,冯敏山,段玲欣,吴建华,郭秀玲,陆奇玉.  黑龙江畜牧兽医. 2015(13)
[10]Molecular characterization and expression analysis of Triticum aestivum squamosa-promoter binding protein-box genes involved in ear development[J]. Bin Zhang,Xia Liu,Guangyao Zhao,Xinguo Mao,Ang Li,Ruilian Jing.  Journal of Integrative Plant Biology. 2014(06)

博士论文
[1]北极狐种群遗传多样性及主要生长性状相关基因的研究[D]. 张敏.东北农业大学 2009

硕士论文
[1]牛EL0VL5基因核心启动子的确定及其启动子多态性影响乳质性状的分子机制[D]. 郭鹏程.吉林大学 2017
[2]蓝狐KIT、KITLG及EDNRB基因的克隆及与显性白毛色突变的相关性分析[D]. 侯佳妮.吉林大学 2014
[3]山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究[D]. 郑会芹.河北农业大学 2010



本文编号：3317060